메뉴 건너뛰기




Volumn 6, Issue 2, 1993, Pages 133-147

Computer modelling of enzyme catalysed reaction mechanisms

Author keywords

Computer simulation; Energy profiles; Enzyme mechanisms; MO calculations; Molecular dynamics

Indexed keywords

CARBONATE DEHYDRATASE; CARBOXYPEPTIDASE; LYSOZYME; SERINE PROTEINASE;

EID: 0027506191     PISSN: 02692139     EISSN: 17410134     Source Type: Journal    
DOI: 10.1093/protein/6.2.133     Document Type: Article
Times cited : (69)

References (241)
  • 38
    • 0001048168 scopus 로고
    • Dado, G. P., and Gellman, S. H. (1992) JAm. Chan. Soc., 114, 3138-3139.
    • (1992) , vol.114 , pp. 3138-3139
    • Dado, G.P.1    Gellman, S.H.2
  • 44
    • 2442723289 scopus 로고
    • De Tar, D. F. (1981)J. Am. Chan. Soc., 103, 107-110.
    • (1981) , vol.103 , pp. 107-110
    • De Tar, D.F.1
  • 45
    • 0000050068 scopus 로고
    • Dewar, M. J. S., and Kirschner, S. (1971) JAm. Chem. Soc., 93, 4290-4294.
    • (1971) , vol.93 , pp. 4290-4294
    • Dewar, M.1    Kirschner, S.2
  • 47
    • 37049071015 scopus 로고
    • Dewar, M. J. S., and Storch, D. M. (1989) J. Chem. Soc., Pertin Trans., 877-885.
    • (1989) , pp. 877-885
    • Dewar, M.1    Storch, D.M.2
  • 48
    • 24444468650 scopus 로고
    • Dewar, M. J. S., and Thiel, W. (1977) J.Am. Chem. Soc., 99, 4899-4907.
    • (1977) , vol.99 , pp. 4899-4907
    • Dewar, M.1    Thiel, W.2
  • 52
    • 33845279172 scopus 로고
    • Dorigo, A. E., and Houk, K. N. (1988) J. Org. Chem., 53, 1650-1664.
    • (1988) , vol.53 , pp. 1650-1664
    • Dorigo, A.E.1    Houk, K.N.2
  • 62
    • 84990663458 scopus 로고
    • Garmer, D. R., and Krauss, M. (1992a) Int. J. Quantum Chem., 42, 1469-1477.
    • (1992) Int , vol.42 , pp. 1469-1477
    • Garmer, D.R.1    Krauss, M.2
  • 72
    • 0004214524 scopus 로고
    • MIT Press, Cambridge, MA
    • Haldane, J. B. S. (1930) Enzymes. Longman, Green and Co., London. (1965) MIT Press, Cambridge, MA.
    • (1930) Enzymes , pp. 1965
    • Haldane, J.1
  • 73
    • 0024437534 scopus 로고
    • Havsteen, B. H. (1989)J. Theoret. Bio L, 140, 101-127.
    • (1989) , vol.140 , pp. 101-127
    • Havsteen, B.H.1
  • 74
    • 0017316036 scopus 로고
    • Hayes, D. M., and Kollman, P. A. (1976) J. Am. Chem. Soc., 98, 3335-3345.
    • (1976) , vol.98 , pp. 3335-3345
    • Hayes, D.M.1    Kollman, P.A.2
  • 81
    • 0001015563 scopus 로고
    • Howan LA. E., and Kollman, P. A. (1988) J. Am. Chan. Soc., 110, 7195-7200.
    • (1988) , vol.110 , pp. 7195-7200
    • Howan, L.1    Kollman, P.A.2
  • 89
    • 0026099456 scopus 로고
    • Katritsky, A. R., and Karelson, M. (1991)J. Am. Chem. Soc., 113, 1561-1566.
    • (1991) , vol.113 , pp. 1561-1566
    • Katritsky, A.R.1    Karelson, M.2
  • 90
    • 0000083584 scopus 로고
    • King, G., Lee, F. S., and Warshel, A. (1991) J.Chem. Phys., 96, 4366-4377.
    • (1991) , vol.96 , pp. 4366-4377
    • King, G.1    Lee, F.S.2    Warshel, A.3
  • 92
    • 0001624673 scopus 로고
    • Kollman, P. A., and Hayes, D. M. (1981) J. Am. Chem. Soc., 103, 2955-2961.
    • (1981) , vol.103 , pp. 2955-2961
    • Kollman, P.A.1    Hayes, D.M.2
  • 96
    • 0000480567 scopus 로고
    • Krauss, M., and Garmer, D. R. (1991) J. Am. Chan. Soc., 113, 6426-6435.
    • (1991) , vol.113 , pp. 6426-6435
    • Krauss, M.1    Garmer, D.R.2
  • 97
    • 0025267992 scopus 로고
    • Krauss, M., and Stevens, W. J. (1990) J. Am. Chem. Soc., 112, 1460-1466.
    • (1990) , vol.112 , pp. 1460-1466
    • Krauss, M.1    Stevens, W.J.2
  • 98
    • 0024298964 scopus 로고
    • Kraut J. (1988) Science, 242, 533-540.
    • (1988) Science , vol.242 , pp. 533-540
    • Kraut, J.1
  • 100
    • 84987068223 scopus 로고
    • Lavery, R., and Pullman, B. (1979) Int.J. Quantum Chan.: Quantum Bio L Symp., 6, 467-474.
    • (1979) Int.J , vol.6 , pp. 467-474
    • Lavery, R.1    Pullman, B.2
  • 102
    • 0000115003 scopus 로고
    • Lee, F. S., and Warshel, A. (1992) J. Chan. Phys., 91, 3100-3107.
    • (1992) , vol.91 , pp. 3100-3107
    • Lee, F.S.1    Warshel, A.2
  • 103
    • 84963034614 scopus 로고
    • Blout, E. R., Bovey, F. A., Goodman, N., and Lotan, N, Wiley, New York
    • Levitt, M. (1974) In Blout, E. R., Bovey, F. A., Goodman, N., and Lotan, N. (eds), Peptides, Potypeptides and Proteins. Wiley, New York, pp. 99-113.
    • (1974) Peptides, Potypeptides and Proteins , pp. 99-113
    • Levitt, M.1
  • 112
    • 84986466995 scopus 로고
    • Luzhkov, V., and Warshel, A. (1992) J. Comp. Chem., 13, 199-213.
    • (1992) , vol.13 , pp. 199-213
    • Luzhkov, V.1    Warshel, A.2
  • 114
    • 0025907618 scopus 로고
    • Mc Donak LJJ., and Brooks, C. L. (1991)J. Am Chan. Soc., 113, 2295-2301.
    • (1991) , vol.113 , pp. 2295-2301
    • Mc Donak, L.1    Brooks, C.L.2
  • 117
    • 0012878563 scopus 로고
    • Matsuoka, O. (1991)J. Mol. Struct. (THEOCHEM), 230, 67-71.
    • (1991) , vol.230 , pp. 67-71
    • Matsuoka, O.1
  • 120
    • 0025026406 scopus 로고
    • Merz, K. M. Jr (1990) J. Mol. Biol., 214, 799-802.
    • (1990) , vol.214 , pp. 799-802
    • Merz, K.M.1
  • 121
    • 0026035371 scopus 로고
    • Merz, K. M. Jr (1991) J. Am. Chem. Soc., 113, 406-411.
    • (1991) , vol.113 , pp. 406-411
    • Merz, K.M.1
  • 122
    • 0024397507 scopus 로고
    • Merz, K. M., Jr, Hofrmann, R., and Dewar, M. J. S. (1989) J. Am. Chan. Soc., 111, 5636-5649.
    • (1989) , vol.111 , pp. 5636-5649
    • Merz, K.M.1    Hofrmann, R.2    Dewar, M.3
  • 126
    • 0000392799 scopus 로고
    • Nakagawa, S., and Umeyama, H. (1978) J. Am. Chem. Soc., 100, 7716-7725.
    • (1978) , vol.100 , pp. 7716-7725
    • Nakagawa, S.1    Umeyama, H.2
  • 127
    • 0021692716 scopus 로고
    • Nakagawa, S., and Umeyama, H. (1984) J. Mo L Bio L, 179, 103-123.
    • (1984) , vol.179 , pp. 103-123
    • Nakagawa, S.1    Umeyama, H.2
  • 128
  • 134
    • 0343791148 scopus 로고
    • Onsager, L. (1936) J. Am Chem. Soc., 58, 1486-1493.
    • (1936) , vol.58 , pp. 1486-1493
    • Onsager, L.1
  • 136
    • 0004164846 scopus 로고
    • Page, M. I., and Williams, A, Royal Society of Chemistry, London
    • Page, M. I. (1987) In Page, M. I., and Williams, A. (eds), Enzyme Mechanism. Royal Society of Chemistry, London, pp. 1-13.
    • (1987) Enzyme Mechanism , pp. 1-13
    • Page, M.I.1
  • 140
    • 84912208190 scopus 로고
    • Pauling, L. (1948) Am. Sd., 36, 51-58.
    • (1948) Am. Sd , vol.36 , pp. 51-58
    • Pauling, L.1
  • 141
    • 84986483915 scopus 로고
    • Peymann, A., and Beckhaus, H.-D. (1992) J. Comp. Chan., 13, 541-550.
    • (1992) , vol.13 , pp. 541-550
    • Peymann, A.1    Beckhaus, H.-D.2
  • 142
    • 0001628150 scopus 로고
    • Price, S. L, and Stone, A. J. (1992)J. Chan. Soc., Faraday Trans., 88, 1755-1763.
    • (1992) , vol.88 , pp. 1755-1763
    • Price, S.L.1    Stone, A.J.2
  • 153
    • 84963000184 scopus 로고
    • Richards, W. G. (ed.), IBC Technical Services, London
    • Richards, W. G. (1989) In Richards, W. G. (ed.), Computer-aided Molecular Design. IBC Technical Services, London, pp. 43-50.
    • (1989) Computer-Aided Molecular Design , pp. 43-50
    • Richards, W.G.1
  • 155
    • 84855841658 scopus 로고
    • Rfos, M. A., and Rodriguez, I. (1992) J. Comp. Chan., 13, 860-866.
    • (1992) , vol.13 , pp. 860-866
    • Rfos, M.A.1    Rodriguez, I.2
  • 156
    • 0001277625 scopus 로고
    • Rodgers, K. K., and Sligar, S. G. (1991) J. Am. Chan. Soc., 113, 9419-9421.
    • (1991) , vol.113 , pp. 9419-9421
    • Rodgers, K.K.1    Sligar, S.G.2
  • 159
    • 37049080003 scopus 로고
    • Rzepa, H. S., and Yi, M. (1989) J. Chan. Soc., Chan. Commun., 1502-1504.
    • (1989) , pp. 1502-1504
    • Rzepa, H.S.1    Yi, M.2
  • 160
    • 37049069540 scopus 로고
    • Rzepa, H. S., and Yi, M. (1991) J.Chan. Soc., Perkin Trans., 2, 531-537.
    • (1991) , vol.2 , pp. 531-537
    • Rzepa, H.S.1    Yi, M.2
  • 164
    • 84987157212 scopus 로고
    • Sawaryn, A., and Sokalski, W. A. (1979) Int. J. Quantum Chan., 16, 293-298.
    • (1979) Int , vol.16 , pp. 293-298
    • Sawaryn, A.1    Sokalski, W.A.2
  • 166
    • 0017772364 scopus 로고
    • Scheiner, S., and Lipscomb, W. N. (1977) J. Am. Chan. Soc., 99, 3466-3472.
    • (1977) , vol.99 , pp. 3466-3472
    • Scheiner, S.1    Lipscomb, W.N.2
  • 168
    • 85042336834 scopus 로고
    • Gandour, R. D., and Schowen, R. L, Plenum, New York
    • Schowen. RX. (1978) In Gandour, R. D., and Schowen, R. L. (eds), Transition States of Biochemical Processes. Plenum, New York, pp. 77-114.
    • (1978) Transition States of Biochemical Processes , pp. 77-114
    • Rx, S.1
  • 179
    • 15844423569 scopus 로고
    • Version 3. 1, Department of Pharmaceutical Chemistry, University of California, San Francisco
    • Singh, U. C., Weiner, P. K., Caldwell, J. W., and Kollman, P. A. (1988) AMBER(Version 3. 1). Department of Pharmaceutical Chemistry, University of California, San Francisco.
    • (1988) AMBER
    • Singh, U.C.1    Weiner, P.K.2    Caldwell, J.W.3    Kollman, P.A.4
  • 181
    • 84983967844 scopus 로고
    • Sokalski, W. A. (1981) Int. 7. Quantum Chan., 20, 231-235.
    • (1981) Int , vol.20 , pp. 231-235
    • Sokalski, W.A.1
  • 183
    • 84990652289 scopus 로고
    • Stamato, F. M. L. G., and Tapia, O. (1988) Int. J. Quantum Chan., 33, 187-194.
    • (1988) Int , vol.33 , pp. 187-194
    • Stamato, F.1    Tapia, O.2
  • 189
    • 36749119170 scopus 로고
    • Tapia, O., and Johannin, G. (1981) J. Chan. Phys., 75, 3624-3635.
    • (1981) , vol.75 , pp. 3624-3635
    • Tapia, O.1    Johannin, G.2
  • 200
    • 84990701901 scopus 로고
    • Turi, L., and Naray-Sza W. G. (1992) Int. J. Quantum Chan., 42, 1537-1551.
    • (1992) Int , vol.42 , pp. 1537-1551
    • Turi, L.1    Naray-Sza, W.G.2
  • 205
    • 0025158237 scopus 로고
    • Vedani, A., and Huhta, D. W. (1990) J. Am. Chan. Soc., 112, 4759-4767.
    • (1990) , vol.112 , pp. 4759-4767
    • Vedani, A.1    Huhta, D.W.2
  • 208
  • 212
    • 0023645866 scopus 로고
    • Warshel, A. (1987) Nature, 330, 15-16.
    • (1987) Nature , vol.330 , pp. 15-16
    • Warshel, A.1
  • 217
    • 17044377101 scopus 로고
    • Warshel, A., and Karplus, M. (1972) J. Am. Chan. Soc., 94, 5612-5625.
    • (1972) , vol.94 , pp. 5612-5625
    • Warshel, A.1    Karplus, M.2
  • 219
    • 0017100947 scopus 로고
    • Warshel, A., and Levitt, M. (1976) J. Mol. Biol, 103, 227-249.
    • (1976) , vol.103 , pp. 227-249
    • Warshel, A.1    Levitt, M.2
  • 222
    • 0043141259 scopus 로고
    • Warshel, A., and Weiss, R. M. (1980) J. Am. Chan. Soc., 102, 6218-6226.
    • (1980) , vol.102 , pp. 6218-6226
    • Warshel, A.1    Weiss, R.M.2
  • 229
    • 84986518863 scopus 로고
    • Weiner, P., and Kollman, P. A. (1981) J.Comp. Chan., 2, 287-317.
    • (1981) , vol.2 , pp. 287-317
    • Weiner, P.1    Kollman, P.A.2
  • 230
    • 0003519403 scopus 로고
    • Richards, W. G. (ed.), IBC Technical Services, London
    • Weinstein, H., and Osman, R. (1989) In Richards, W. G. (ed.), Computer-aided Molecular Design. IBC Technical Services, London, pp. 105-118.
    • (1989) Computer-Aided Molecular Design , pp. 105-118
    • Weinstein, H.1    Osman, R.2


* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.