Free Energy Perturbation Studies on Inhibitor Binding to HIV-1 Proteinase

Journal of the American Chemical Society

Volumn 114, Issue 12, 1992, Pages 4447-4452

  Rao, B G ^a,b,c   Tilton, R F ^a,b,d   Singh, U C ^a,b  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^b BAYER AG   (Germany)

^c VERTEX PHARMACEUTICALS   (United States)

^d Miles Research Center ^*  (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTIVIRUS AGENT; PROTEINASE INHIBITOR;

ARTICLE; ENZYME BINDING; STRUCTURE ACTIVITY RELATION;

EID: 0026717932     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja00038a001     Document Type: Article

References (30)

1. Dreyer, G. B.; Metcalf, B. W.; Tomaszek, T. A., Jr.; Carr, T. J.; Chandler, A. C. III; Hyland, L.; Fakhoury, S. A.; Magaard, V. W.; Moore, M. L.; Strickier, J. E.; Debouck, C.; Meek, T. D. Proc. Natl. Acad. Sel. U.S.A. 1989, 86, 9752.
2. Miller, M.; Schneider, J.; Sathyanarayana, B. K.; Toth, M. V.; Marshall, G. R.; Clawson, L.; Selk, L.; Kent, S. B. H.; Wlodawer, A. Science 1989, 246, 1149.
3. Huff, J. R. J. Med. Chem. 1991, 34, 2305.
4. Fitzgerald, P. M. D.; McKeever, B. M.; van Middlesworth, J. F.; Springer, J. P.; Heimback, J. C.; Leu, C.; Herber, W. K.; Dixon, R. A.; Drake, P. L. J. Biol. Chem. 1990, 265, 14209.
5. Swain, A. L.; Miller, H. M.; Green, J.; Rich, D. H.; Schneider, J.; Kent, S.; Wlodawer, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 8805.
6. Jaskolski, M.; Tomaselli, A. G.; Sawyer, T. K.; Staples, D. G.; Heinrikson, R. L.; Schneider, J.; Kent, S. B. H.; Wlodawer, A. Biochemistry 1991, 30, 1600.
7. Davies, D. R. Anna. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1990, 19, 189.
8. Roberts, N. A.; Martin, J. A.; Kinchington, D.; Broadhurst, A. V.; Craig, J. C.; Duncan, I. B.; Galpin, S. A.; Handa, B. K.; Kay, J.; Krohn, A.; Lambert, R. W.; Merrett, J. H.; Mills, J. S.; Parkes, K. E. B.; Redshaw, S.; Ritchie, A. J.; Taylor, D. L.; Thomas, G. I.; Machin, P. J. Science 1990, 248, 358.
9. Rich, D. H.; Sun, C. Q.; Vara Prasad, J. V. N.; Pathiasseril, A.; Toth, M. V.; Marshall, G. R.; Clare, M.; Mueller, R. A.; Houseman, K. J. Med. Chem. 1991, 34, 1222.
10. Rich, D. H. J. Med. Chem. 1985, 28, 263.
11. Beveridge, D. L.; DiCupa, F. M. Anrtu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1989, 18, 431.
12. van Gunsteren, W. F. Protein Eng. 1988, 2, 5.
13. Richards, W. G.; King, P. M.; Reynolds, C. A. Protein Eng. 1989, 2, 319.
14. Jorgensen, W. L. Acc. Chem. Res. 1989, 22, 184.
15. Kollman, P. A.; Merz, K. M., Jr. Acc. Chem. Res. 1990, 23, 246.
16. Engl. Ed. 1990, 29, 992.
17. Karplus, M.; Petsko, G. A. Nature 1990, 347, 631.
18. Rao, B. G.; Singh, U. C. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6735.
19. Tembe, B.; McCammon, J. A. Comput. Chem. 1982, 8, 281.
20. Bash, P. A.; Singh, U. C.; Brown, F. K.; Langridge, R.; Kollman, P. A. Science 1987, 235, 574.
21. Rao, S.; Singh, U. C.; Bash, P. A.; Kollman, P. A. Nature 1987, 328, 551.
22. Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A., University of California, San Francisco, 1986.
23. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ohio, C.; Alagona, G.; Profeta, S.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765.
24. Singh, U. C.; Kollman, P. A., University of California, San Francisco, 1986.
25. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J. Comp. Chem. 1984, 5, 129.
26. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
27. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
28. Merz, K. M.; Murcko, M. A.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 4484.
29. Swaminathan, S.; Harte, W. E.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 2717.
30. Rich, D. H.; Green, J.; Toth, V.; Marshall, G. R.; Kent, S. B. H. J. Med. Chem. 1990, S3, 1288.