Ionic distribution around simple B-DNA models II. Deviations from cylindrical symmetry

Journal of Chemical Physics

Volumn 109, Issue 14, 1998, Pages 6200-6210

  Montoro, Juan Carlos Gil ^a   Abascal, José L F ^a  

^a UNIVERSIDAD COMPLUTENSE DE MADRID   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0013644657     PISSN: 00219606     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1063/1.477249     Document Type: Article

References (74)

1. T. E. Creighton, Proteins: Structure and Molecular Properties (Freeman, New York, 1993).
2. M. H. Werner, A. M. Gronenborn, and G. M. Clore, Science 271, 778 (1996).
3. W. F. Dove and N. Davidson, J. Mol. Biol. 5, 467 (1962).
4. M. T. Record, Jr., S. J. Mazur, P. Melancon, J. H. Roe, S. L. Shaner, and L. Unger, Annu. Rev. Biochem. 50, 997 (1981).
5. F. M. Pohl and T. M. Jovin, J. Mol. Biol. 67, 375 (1972).
6. T. M. Jovin, D. M. Soumpasis, and L. P. McIntosh, Annu. Rev. Phys. Chem. 38, 521 (1987).
7. D. M. Soumpasis and T. M. Jovin, Nucleic Acids and Molecular Biology, Vol. 1 (Springer-Verlag, Berlin, 1987).
8. M. A. Frank-Kamenetskii, V. V. Anshelevich, and A. V. Lukashin, Sov. Phys. Usp. 30, 317 (1987).
9. J. C. Gil Montoro and J. L. F. Abascal, J. Chem. Phys. 106, 8239 (1997).
10. A. R. Rahmouni and R. D. Wells, Science 248, 359 (1989).
11. D. G. Pestov, A. Dayn, E. Y. Siyanova, D. L. George, and S. M. Mirkin, Nucleic Acids Res. 19, 6527 (1991).
12. R. R. Sinden, DNA structure and function (Academic, London, 1994).
13. A. Katchalsky, Pure Appl. Chem. 26, 327 (1971).
14. G. S. Manning, J. Chem. Phys. 51, 924 (1969).
15. G. S. Manning, J. Chem. Phys. 51, 934 (1969).
16. G. S. Manning, J. Chem. Phys. 51, 3249 (1969).
17. G. S. Manning, J. Phys. Chem. 7, 95 (1977).
18. T. L. Hill, Arch. Biochem. Biophys. 57, 229 (1955).
19. R. A. Marcus, J. Chem. Phys. 23, 1057 (1955).
20. P. Mills, C. F. Anderson, and M. T. Record, Jr., J. Phys. Chem. 89, 3984 (1985).
21. C. S. Murthy, R. Bacquet, and P. J. Rossky, J. Phys. Chem. 89, 701 (1985).
22. P. Mills, M. D. Paulsen, C. F. Anderson, and M. T. Record, Jr., Chem. Phys. Lett. 129, 155 (1986).
23. V. Vlachy and A. D. J. Haymet, J. Chem. Phys. 84, 5874 (1986).
24. M. D. Paulsen, B. Richey, C. F. Anderson, and M. T. Record, Jr., Chem. Phys. Lett. 139, 448 (1987).
25. B. Jayaram, F. M. DiCapua, and D. L. Beveridge, J. Am. Chem. Soc. 113, 5211 (1991).
26. J. R. C. van der Maarel, L. C. A. Groot, M. Manderl, W. Jesse, G. Jannink, and V. J. Rodriguez, J. Phys. II 2, 109 (1992).
27. L. C. A. Groot, M. E. Kuil, J. C. Leyte, J. R. C. van der Maarel, J. P. Cotton, and G. Jannink, J. Phys. Chem. 98, 10167 (1994).
28. Y. Morishima, H. Ohgi, and M. Kamachi, Macromolecules 26, 4293 (1993).
29. T. G. Wensel, C. F. Meares, V. Vlachy, and J. B. Matthew, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83, 3267 (1986).
30. T. E. Strzelecka and L. R. Randolph, J. Phys. Chem. 96, 7796 (1992).
31. P. A. Mills, A. Rashid, and T. L. James, Biopolymers 32, 1491 (1992).
32. T. R. Forester and I. R. McDonald, Mol. Phys. 72, 643 (1991).
33. R. A. Friedman and M. Mezei, J. Chem. Phys. 102, 419 (1995).
34. D. L. Beveridge and G. Ravishanker, Curr. Opin. Struct. Biol. 4, 246 (1994).
35. B. Jayaram, N. Aneja, E. Rajasekaran, V. Arora, A. Das, V. Ranganathan, and V. Gupta, J. Sci. Ind. Res. 53, 88 (1994).
36. H. L. Gordon and S. Goldman, J. Phys. Chem. 96, 1921 (1992).
37. F. Gago and W. G. Richards, Molec. Pharmacol. 37, 341 (1990).
38. B. Jayaram, S. Swaminathan, D. L. Beveridge, K. Sharp, and B. Honig, Macromolecules 23, 3156 (1990).
39. L. E. Guldbrand, T. R. Forester, and R. M. Lynden-Bell, Mol. Phys. 67, 473 (1989).
40. J. C. Gil Montoro and J. L. F. Abascal, J. Chem. Phys. 103, 8273 (1995).
41. B. J. Klein and G. R. Pack, Biopolymers 22, 2331 (1983).
42. B. Jayaram, K. A. Sharp, and B. Honig, Biopolymers 28, 975 (1989).
43. G. Lamm, L. Wong, and G. R. Pack, Biopolymers 34, 227 (1994).
44. J. L. Hecht, B. Honig, Y. Shin, and W. L. Hubbell, J. Chem. Phys. 99, 7782 (1995).
45. V. K. Misra and B. Honig, Biochemistry 35, 1115 (1996).
46. W. Saenger, Principles of Nucleic Acid Structure (Springer-Verlag, New York, 1984).
47. S. Arnott and D. W. Hukins, Biochem. Biophys. Res. Commun. 47, 1504 (1972).
48. P. J. Rossky, J. B. Dudowick, B. L. Tembe, and H. L. Friedman, J. Chem. Phys. 73, 3372 (1980).
49. P. N. Vorontsov-Velyaminov and A. P. Lyubartsev, Mol. Simul. 9, 285 (1992).
50. F. Bresme and J. L. F. Abascal, J. Chem. Phys. 99, 9037 (1993).
51. J. L. F. Abascal, F. Bresme, and P. Turq, Mol. Phys. 81, 143 (1994).
52. J. C. Gil Montoro, F. Bresme, and J. L. F. Abascal, J. Chem. Phys. 101, 10892 (1994).
53. D. M. York, T. Darden, D. Deerfield II, and L. G. Pedersen, Int. J. Quantum Chem. 19, 145 (1992).
54. W. F. van Gunsteren, H. J. Berendsen, R. G. Guersten, and H. R. Zwinderman, Ann. (N.Y.) Acad. Sci. 482, 287 (1986).
55. J. Conrad, M. Troll, and B. H. Zimm, Biopolymers 27, 1711 (1988).
56. C. Tanford and J. G. Kirkwood, J. Am. Chem. Soc. 79, 5348 (1957).
57. G. M. Torrie and J. P. Valleau, J. Chem. Phys. 73, 5807 (1980).
58. J. C. Gil Montoro and J. L. F. Abascal, Mol. Simul. 14, 313 (1995).
59. J. C. Gil Montoro and J. L. F. Abascal, Mol. Phys. 89, 1071 (1996).
60. J. D. Jackson, Classical Electrodynamics (Wiley, New York, 1967).
61. R. M. Fuoss, A. Katchalsky, and S. Lifson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 37, 579 (1951).
62. A. Brunger, C. L. Brooks, and M. Karplus, Chem. Phys. Lett. 105, 495 (1984).
63. C. L. Brooks, B. M. Pettitt, and M. Karplus, J. Chem. Phys. 83, 5897 (1985).
64. H. L. Gordon and S. Goldman, Mol. Simul. 3, 213 (1989).
65. A. Nicholls and B. Honig, J. Comput. Chem. 12, 435 (1991).
66. M. Gilson, K. A. Sharp, and B. Honig, J. Comput. Chem. 9, 327 (1988).
67. T. R. Forester, Ph.D. thesis, University of Cambridge, 1988.
68. M. Troll, D. Roitman, J. Conrad, and B. H. Zimm, Macromolecules 19, 1186 (1986).
69. J. B. Matthew and F. M. Richards, Biopolymers 23, 2743 (1984).
70. G. R. Pack and B. J. Klein, Biopolymers 23, 2801 (1984).
71. J. A. Schellman and D. Stigter, Biopolymers 16, 1415 (1977).
72. V. N. Bartenev, E. I. Golovamov, K. A. Kapitonova, M. A. Mokulskii, L. I. Volkova, and I. Y. Skuratovskii, J. Mol. Biol. 169, 217 (1983).
73. J. C. Gil Montoro, Ph.D. thesis, Univ. Complutense de Madrid, 1997.
74. M. A. Young, B. Jayaram, and D. L. Beveridge, J. Am. Chem. Soc. 119, 59 (1997).