Macromolecular TLS Refinement in REFMAC at Moderate Resolutions

Methods in Enzymology

Volumn 374, Issue , 2003, Pages 300-321

  Winn, Martyn D ^b   Murshudov, Garib N ^a   Papiz, Miroslav Z ^b  

^a UNIVERSITY OF YORK   (United Kingdom)

^b DARESBURY LABORATORY   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MANNITOL DEHYDROGENASE;

ACINETOBACTER; AGARICUS BISPORUS; MACROMOLECULE; MOLECULAR MODEL; NONHUMAN; PARAMETER; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; REVIEW; RNA TRANSLATION; ROTATION; STRUCTURE ANALYSIS; X RAY DIFFRACTION;

ACINETOBACTER; AGARICUS; AGARICUS BISPORUS;

EID: 0013461295     PISSN: 00766879     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1016/S0076-6879(03)74014-2     Document Type: Article

References (46)

1. B. T. M. Willis and A. W. Pryor, "Thermal Vibrations in Crystallography." Cambridge University Press, Cambridge, 1975.
2. K. N. Trueblood, H.-B. Bürgi, H. Burzlaff, J. D. Dunitz, C. M. Gramaccioli, H. H. Schulz, U. Shmueli, and S. C. Abrahams, Acta Crystallogr. A 52, 770 (1996).
3. V. Schomaker and K. N. Trueblood, Acta Crystallogr. B 24, 63 (1968).
4. R. Diamond, Acta Crystallogr. A 46, 425 (1990).
5. A. Kidera and N. Go, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 3718 (1990).
6. A. Kidera and N. Go, J. Mol. Biol. 225, 457 (1992).
7. T. Haliloglu, I. Bahar, and B. Erman, Phys. Rev. Lett. 79, 3090 (1997).
8. A. R. Atilgan, S. R. Durell, R. L. Jernigan, M. C. Demirel, O. Keskin, and I. Bahar, Biophys. J. 80, 505 (2001).
9. M. M. Tirion, Phys. Rev. Lett. 77, 1905 (1996).
10. S. R. Holbrook, and S. Kim, J. Mol. Biol. 173, 361 (1984).
11. S. R. Holbrook, R. E. Dickerson, and S. Kim, Acta Crystallogr. B 41, 255 (1985).
12. H. Driessen, M. I. J. Haneef, G. W. Harris, B. Howlin, G. Khan, and D. S. Moss, J. Appl. Crystallogr. 22, 510 (1989).
13. Collaborative Crystallographic Project No. 4, Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 50, 760 (1994).
14. B. Howlin, D. S. Moss, and G. W. Harris, Acta Crystallogr. A 45, 851 (1989).
15. G. W. Harris, R. W. Pickersgill, B. Howlin, and D. S. Moss, Acta Crystallogr. B 48, 67 (1992).
16. A. Šali, B. Veerapandian, J. B. Cooper, D. S. Moss, T. Hofmann, and T. L. Blundell, Proteins Struct. Funct. Genet. 12, 158 (1992).
17. B. Stec, R. Zhou, and M. M. Teeter. Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 51, 663 (1995).
18. M. A. Wilson, and A. T. Brunger, J. Mol. Biol. 301, 1237 (2000).
19. G. N. Murshudov, A. A. Vagin, and E. J. Dodson, Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 53, 240 (1997).
20. M. D. Winn, M. N. Isupov, and G. N. Murshudov, Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 57, 122 (2001).
21. B. Howlin, S. A. Butler, D. S. Moss, G. W. Harris, and H. P. C. Driessen, J. Appl. Crystallogr. 26, 622 (1993).
22. V. Schomaker, and K. N. Trueblood, Acta Crystallogr. B 54, 507 (1998).
23. G. N. Murshudov, A. A. Vagin, A. Lebedev, K. S. Wilson, and E. J. Dodson, Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 55, 247 (1999).
24. D. Goetz, M. A. Holmes, N. Borregaard, M. E. Bluhm, K. N. Raymond, Strong RK Mol. Cell. 10, 1033 (2002).
25. J. Kuriyan and W. I. Weis, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88, 2773 (1991).
26. M. D. Winn, CCP4 Newsletter, No. 39 (2001).
27. M. Z. Papiz, S. M. Prince, T. Howard, R. J. Cagdell, N. W. Isaacs, J. Mol. Biol. 326, 1523 (2003).
28. M. Rudolph, et al., unpublished work (2001).
29. S. Hayward and H. J. C. Berendsen, Proteins Struct. Funct. Genet. 30, 144 (1998).
30. T. R. Schneider, Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 56, 714 (2000).
31. R. E. Rosenfield, K. N. Trueblood, and J. D. Dunitz, Acta Crystallogr. A 34, 828 (1978)
32. C. P. Brock, W. B. Schweizer, and J. D. Dunitz, J. Am. Chem. Soc. 107, 6964 (1985).
33. T. R. Schneider, in "Proceedings of the CCP4 Study Weekend," p. 133 (1996).
34. S. Hörer, J. Stoop, H. Mooibroek, U. Baumann, and J. Sassoon, J. Biol. Chem. 276, 27555 (2001).
35. M. N. Burnett and C. K. Johnson, "ORTEP-III: Oak Ridge Thermal Ellipsoid Plot Program for Crystal Structure Illustrations." Oak Ridge National Laboratory Report ORNL-6895 (1996).
36. P. J. Kraulis, J. Appl. Crystallogr. 24, 946 (1991).
37. M. N. Isupov, T. M. Fleming, A. R. Dalby, G. S. Crowhurst, P. C. Bourne, and J. A. Littlechild, J. Mol. Biol. 291, 651 (1999).
38. V.M-A. Ducros, R. J. Lewis, C. S. Verma, E. J. Dodson, G. Leonard, J. P. Turkenburg, G. N. Murshudov, A. J. Wilkinson, and J. A. Brannigan, J. Mol. Biol. 306, 759 (2001).
39. E. A. Merritt and D. J. Bacon, Methods Enzymol. 277, 505 (1997).
40. G. McDermott, S. M. Prince, A. A. Freer, A. M. Hawthornethwaite-Lawless, M. Z. Papiz, R. J. Cogdell, and N. W. Isaacs, Nature 374, 517 (1995).
41. M. G. Rudolph, J. A. Speir, A. Brunmark, N. Mattsson, M. R. Jackson, P. A. Peterson, L. Teyton, and I. A. Wilson, Immunity 14, 231 (2001).
42. O. V. Moroz, A. A. Antson, G. N. Murshudov, N. J. Maitland, G. G. Dodson, K. S. Wilson, I. Skibshoj, E. M. Lukanidin, and I. B. Bronstein, Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 57, 20 (2001).
43. A. Karlsson, Z. M. Beharry, D. M. Eby, E. D. Coulter, E. L. Neilde, D. M. Kurtz, H. Eklund, S. Ramaswamy, Journal of Molecular Biology 318, 261 (2002).
44. N. Keep, H. Garavini, K. Reinto, J. P. Phelan, M. S. B. McAlister, and A. J. Ridley, Biochemistry 41, 6303 (2002).
45. T. Schwartz, J. Behlke, K. Lowenhaupt, U. Heinemann, and A. Rich, Nat. Struct. Biol. 8, 761 (2001).
46. T. Sandalova, L. Zhong, Y. Lindqvist, A. Holmgren, and G. Schneider, Proc. Natl. Acad. Sci. 98, 9533 (2001).