Domain motions in phosphoglycerate kinase using hierarchical NEIMO molecular dynamics simulations

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 104, Issue 11, 2000, Pages 2375-2383

  Vaidehi, Nagarajan ^a   Goddard III, William A ^a  

^a CALIFORNIA INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0012169872     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp991985d     Document Type: Article

References (22)

1. Jain, A.; Vaidehi, N.; Rodriguez, G. J. Comput. Phys. 1993, 106, 258.
2. A.Mathiowetz, A. M. Jain, A., Karasawa, N., and Goddard, W. A., III Proteins: Struct., Funct. and Genet. 1994, 20, 227.
3. Vaidehi, N.; Jain A.; Goddard, W. A., III J. Phys. Chem. 1996, 100, 10508.
4. Bertsch, R. A.; Vaidehi, N.; Chan, S. I.; Goddard, W. A., III Proteins: Struct., Fund., Genet. 1998, 33, 1.
5. Blake, C. C. F.; Evans, P. R. J. Mol. Biol. 1974, 84, 585.
6. Watson, H. C.; Walker, N. P. C.; Shaw, P. J.; Bryant, T. N.; Wendell, P. L.; Fothergill, R. L.; Perkins, R. E.; Conroy, S. C.; Dobson, M. J.; Tuite, M. F.; Kingsman, A. J.; Kingsman, S. M. EMBO J. 1982, 1, 1635.
7. Davies, G. J.; Gamblin, S. J.; Littlechild J. A.; Watson, H. C. Acta Crystallogr. 1994, D50, 202.
8. Harlos, K.; Vas M.; Blake, C. F. Proteins: Struct., Fund., Genet. 1992, 12, 133.
9. McPhillips, T. M.; Hsu, B. T.; Sherman, M. A.; Mas, M. T.; Rees, D. C. Biochemistry 1996, 35, 4118.
10. Bernstein, B. E.; Michels, P. A. M.; Hol, W. G. J. Nature 1997, 385, 275.
11. Bernstein, B. E.; Williams, D. M.; Bressi, J. C.; Kuhn, P.; Gelb, M. H.; Blackburn, G. M.; Hol, Wm. G. J. Mol. Biol., 1998, 279, 1137.
12. Auerbach, G.; Huber, R.; Grattinger M.; Zaiss, K.; Schurig, H.; Jaenicke, R.; Jacob, U. Structure, 1997, 5, 1475.
13. Banks, R. D.; Blake, C. C. F.; Evans, P. R.; Haser, R.; Rice, D. W.; Hardy, G. W.; Merett, M.; Phillips, A. W. Nature 1979, 279, 773.
14. Mazur, A.; Abagayan, R. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 6, 815.
15. Lim, K. T.; Brunett, S.; Iotov, M.; McClurg, B.; Vaidehi, N.; Dasgupta, S.; Taylor, S.; Goddard, W. A., III J. Comput.Chem. 1997, 18, 501.
16. Ding, H. Q.; Karasawa, N.; Goddard, W. A., III J. Chem. Phys. 1992, 97, 4309.
17. Nosé, S. J. Chem. Phys. 1984, 81, 511.
18. Hoover, W. G. Phys. Rev: 1985, A31, 1695.
19. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Gio, C.; Alagona, G.; Profeta, S., Jr.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765.
20. Mayo, S.; Olafson, B. D.; Goddard, W. A., III J. Phys. Chem. 1990, 94, 8897.
21. Rappé A.; Goddard, W. A., III J. Phys. Chem. 1991, 95, 3358.
22. Tannor, D. J.; Marten, B.; Murphy, R.; Friesner, R. A.; Sitkoff, D.; Nocholls, A.; Ringnalda, M. N.; Goddard, W. A., III; Honig, B. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11875.