Time-dependent rate coefficients from brownian dynamics simulations

Journal of Physical Chemistry

Volumn 100, Issue 12, 1996, Pages 5149-5154

  Potter, Michael J ^a   Luty, Brock ^b   Zhou, Huan Xiang ^c   McCammon, J Andrew ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b ETH ZURICH   (Switzerland)

^c HONG KONG UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY   (Hong Kong)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0012076948     PISSN: 00223654     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp953229n     Document Type: Article

References (37)

1. Zhou, H.-X. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8794.
2. Northrup, S. H.; Allison, S. A.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 1984, 80, 1517.
3. McCammon, J. A.; Harvey, S. C. Dynamics of Proteins and Nucleic Acids; Cambridge University Press: Cambridge, 1987.
4. Zhou, H.-X. J. Chem. Phys. 1990, 92, 3092.
5. McCammon, J. A. Curr. Biol. 1992, 2, 585.
6. Allison, S. A.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. 1985, 89, 1072.
7. Allison, S. A.; Ganti, G.; McCammon, J. A. Biopolymers 1985, 24, 1323.
8. Sharp, K.; Fine, R.; Honig, B. Science 1987, 236, 1460.
9. Allison, S. A.; Bacquet, R. J.; McCammon, J. A. Biopolymers 1988, 27, 251.
10. Sines, J. J.; Allison, S. A.; McCammon, J. A. Biochemistry 1990, 29, 9403.
11. Getzoff, E. D.; Cabelli, D. E.; Fisher, C. L.; Parge, H. E. Nature 1992, 358, 347.
12. Sergi, A.; Ferrario, M.; Polticelli, F.; O'Neill, P.; Desideri, A. J. Phys. Chem. 1994, 98, 10554.
13. McCord, J. M.; Fridovich, I. Free Radical Biol. Med. 1988, 5, 363.
14. Bannister, J. V.; Bannister, W. H.; Rotilio, G. CRC Crit. Rev. Biochem. 1988, 22, 111.
15. Zhou, H.-X. Biophys. J. 1993, 64, 1711.
16. Zhou, H.-X.; Szabo, A. J. Phys. Chem., in press.
17. Smoluchowski, M. Z. Phys. Chem. 1917, 92, 129.
18. Rice, S. A. In Comprehensive Chemical Kinetics; Bamford, C. H., Tipper, C. F. H., Compton, R. G., Eds.; Elsevier: Amsterdam, 1985; Vol. 25.
19. Collins, F. C.; Kimball, G. E. J. Colloid Sci. 1949, 4, 425.
20. Onsager, L. Phys. Rev. 1938, 54, 554.
21. Tachiya, M. J. Chem. Phys. 1978, 69, 2375.
22. Ermak, D. L.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 1978, 69, 1352.
23. Szabo, A. J. Phys. Chem. 1989, 93, 6929.
24. Zhou, H.-X.; Szabo, A. J. Chem. Phys. 1990, 92, 3874.
25. Wilemski, G.; Fixman, M. J. Chem. Phys. 1973, 58, 4009.
26. Northrup, S. H.; Hynes, J. T. J. Stat. Phys. 1978, 18, 91.
27. Davis, M. E.; Madura, J. D.; Luty, B. A.; McCammon, J. A. Comput. Phys. Commun. 1991, 62, 187.
28. Tainer, J. A.; Getzoff, E. D.; Beem, K. M.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. J. Mol. Biol. 1982, 160, 187.
29. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminatham, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1982, 4, 187.
30. Madura, J. D.; Davis, M. E.; Gilson, M. K.; Wade, R. C.; Luty, B. A.; McCammon, J. A. Rev. Comput. Chem. 1994, 5, 229.
31. van Gunsteren, W. F. GROMOS Molecular Dynamics Package.
32. Shen, J.; Wong, C. F.; Subramaniam, S.; Albright, T. A.; McCammon, J. A. J. Comput. Chem. 1990, 11, 346.
33. Shen, J.; McCammon, J. A. Chem. Phys. 1991, 15, 191.
34. Bray, R. C.; Cockle, S. A.; Fielden, E. M.; Roberts, P. B.; Rotilio, G.; Calabrese, L. Biochem. J. 1974, 139, 43.
35. Fielden, E. M.; Roberts, P. B.; Bray, R. C.; Lowe, D. J.; Mautner, G. N.; Rotilio, G.; Calabrese, L. Biochem. J. 1974, 139, 49.
36. McAdam, M. E. Biochem. J. 1977, 161, 697.
37. Luty, B. A.; Elamrani, S.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 11874-11877.