Molecular dynamics simulations of L-lactate dehydrogenase: Conformation of a mobile loop and influence of the tetrameric protein environment

Journal of Molecular Modeling

Volumn 5, Issue 9, 1999, Pages 153-168

  Schmidt, Rebecca K ^a   Gready, Jill E ^a  

^a Biology and Environment   (Australia)

Author keywords

Hydrogen bond; L lactate dehydrogenase; Loop; Molecular dynamics; Protein electrostatics

Indexed keywords

EID: 0011152387     PISSN: 16102940     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1007/s008940050115     Document Type: Article

References (40)

1. Cortes, A.; Emery, D. C.; Halsall, D. J.; Jackson, R. M.; Clarke, A. R.; Holbrook, J. J. Prot. Sci. 1992, 1, 892.
2. Burgner, J. W. I.; Ray, W. J. J. Biochemistry 1984, 23, 3636.
3. Eventoff, W.; Rossman, M. G.; Taylor, S. S.; Torff, H.-J.; Meyer, H.; Keil, W.; Kiltz, H.-H. Proc. Natl Acad. Sci. USA 1977, 74, 2677.
4. Demchenko, A. P.; Rusyn, O. I.; Saburova, E. A. Biochim. Biophys. Acta 1989, 998, 196.
5. Gerstein, M.; Chothia, C. J. Mol. Biol 1991, 220, 133.
6. Waldman, A. D. B.; Hart, K. W.; Clarke, A. R.; Wigley, D. B.; Barstow, D. A.; Atkinson, T.; Chia, W. N.; Holbrook, J. J. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1988, 150, 752.
7. Philippopoulos, M.; Xiang, Y.; Lim, C. Prot. Eng. 1995, 8, 565.
8. Wilks, H.; Hart, K.; Feeney, R.; Dunn, K.; Muirhead, H.; Chia, W.; Barstow, D.; Atkinson, T.; Clarke, A.; Holbrook, J. Science 1988, 242, 1541.
9. Wilks, H. M.; Halsall, D. J.; Atkinson, T.; Chia, W. N.; Clarke, A. R.; Holbrook, J. J. Biochemistry 1990, 29, 8587.
10. Deng, H.; Zheng, J.; Clarke, A.; Holbrook, J. J.; Callender, R.; Burgner, J. W. I. Biochemistry 1994, 33, 2297.
11. Hart, K. W.; Clarke, A. R.; Wigley, D. B.; Chia, W. N.; Barstow, D. A.; Atkinson, T.; Holbrook, J. J. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1987, 146, 346.
12. Hart, K. W.; Clarke, A. W.; Wigley, D. B.; Waldman, A. D. B.; Chia, W. N.; Barstow, D. A.; Atkinson, T.; Jones, J. B.; Holbrook, J. J. Biochim. Biophys. Acta 1987, 914, 294.
13. Sakowicz, R.; Kallwass, H.; Parris, W.; Gold, M.; Jones, J. B. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1992, 182, 1309.
14. Clarke, A. R.; Atkinson, T.; Holbrook, J. J. TIBS 1989, 14, 101.
15. Clarke, A. R.; Atkinson, T.; Holbrook, J. J. TIBS 1989, 14, 145.
16. Norris, K. E.; Bacskay, G. B.; Gready, J. E. J. Comput. Chem. 1993, 14, 699.
17. Norris, K. E.; Gready, J. E. J. Mol. Struct. (Theochem) 1993, 279, 99.
18. Andres, J.; Moliner, V.; Krechl, J.; Silla, E. Bioorg. Chem. 1993, 21, 260.
19. Wilkie, J.; Williams, I. H. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 5423.
20. Ranganathan, S.; Gready, J. E. J. Chem. Soc. Faraday Trans. 1994, 90, 2047.
21. Andres, J.; Moliner, V.; Krechl, J.; Silla, E. J. Chem. Soc. Perkin Trans. 2 1995, 1551.
22. Gelpi, J. L.; Jackson, R. M.; Holbrook, J. J. J. Chem. Soc. Faraday Trans. 1993, 89, 2707.
23. Dafforn, T. R.; Badcoe, I. G.; Sessions, R. B.; El Hawrani, A. S.; Holbrook, J. J. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1997, 29, 228.
24. van der Spoel, D.; Vogel, H. J.; Berendsen, H. J. C. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1996, 24, 450.
25. van Beek, J.; Callender, R.; Gunner, M. R. Biophys. J. 1997, 72, 619.
26. Ranganathan, S.; Gready, J. E. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5614.
27. White, J. L.; Hackert, M. L.; Buehner, M.; Adams, M. J.; Ford, G. D.; Lentz, P. J.; Smiley, I. E.; Steindel, S. J.; Rossmann, M. G. J. Mol. Biol. 1976, 102, 759.
28. Schar, H. P.; Zuber, H. Hoppe-Seyler's Z. Physiol. Chem. 1979, 360, 795.
29. Creighton, T. E. Proteins: Structures and Molecular Properties; W.H. Freeman Co.: New York, 1984.
30. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E.; Ferguson, D. M.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P K.; Kollman, P. A. (1995), AMBER 4.1, University of California, San Francisco.
31. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
32. Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 335.
33. Cummins, P. L.; Ramnarayan, K.; Singh, U. C.; Gready, J. E. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 8247.
34. Caves, L. S. D.; Evanseck, J. D.; Karplus, M. Prot. Sci. 1998, 7, 649.
35. Fox, T.; Kollman, P. A Proteins: Struct. Funct. Genet. 1996, 25, 315.
36. Guenot, J.; Kollman, P. A. Prot. Sci. 1992, 1, 1185.
37. Clarke, A. R.; Wigley, D. B.; Chia, W. N.; Barstow, D. A.; Atkinson, T.; Holbrook, J. J. Nature 1986, 324, 699.
38. Foley, C. K.; Pedersen, L. G.; Charifson, P. S.; Darden, T. A.; Wittinghofer, A.; Pai, E. F.; Anderson, M. W. Biochemistry 1992, 31, 4951.
39. Guenot, J.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 295.
40. Kraulis, P J. J. Appl. Cryst. 1991, 24, 946.