Conformation of the flavin adenine dinucleotide cofactor FAD in DNA-photolyase: A molecular dynamics study

Journal of Molecular Modeling

Volumn 4, Issue 2, 1998, Pages 73-82

  Hahn, Jutta ^a   Michel Beyerle, Maria Elisabeth ^a   Rösch, Notker ^a  

^a TECHNICAL UNIVERSITY OF MUNICH   (Germany)

Author keywords

FAD; Molecular dynamics; Photolyase

Indexed keywords

EID: 0003079347     PISSN: 16102940     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1007/s008940050133     Document Type: Article

References (40)

1. Park, H.-W.; Kim, S.-T.; Sancar, A.; Deisenhofer, J. Science 1995, 268, 1866.
2. Sancar, A. Biochemistry 1994, 33, 2.
3. Heelis, P. F.; Hartman, R. F.; Rose, S. D. J. Photochem. Photobiol. A. Chem. 1996, 95, 89.
4. (a) Voityuk, A. A.; Michel-Beyerle, M.-E.; Rösch, N. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 9750.
5. (b) Voityuk, A. A.; Rösch, N. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 8335.
6. Djordjevic, S.; Pace, C. P.; Stankovich, M. T.; Kim, J. J. P. Biochemistry 1995, 34, 2163.
7. Hecht, H. J.; Kalisz, H. M.; Hendle, J.; Schmid, R. D.; Schomburg, D. J. Mol. Biol. 1993, 229, 153.
8. Mittl, P. R. E.; Schulz, G. E. Protein Sci. 1994, 3, 799.
9. Karplus, P. A.; Schulz, G. E. J. Mol. Biol. 1989, 210, 163.
10. Gatti, D. L.; Entsch, B.; Ballou, D. P.; Ludwig, M. L. Biochemistry 1995, 35, 567.
11. Mattevi, A.; Obmolova, G.; Kalk, K. H.; van Berkel, W. J. H.; Hol, W. G. J. J. Mol. Biol. 1993, 250, 1200.
12. Mattevi, A.; Obmolova, G.; Sokatch, J. R.; Betzel, C.; Hol, W. G. J. Proteins Struct. Funct. 1992, 13, 336.
13. Lantwin, C. B.; Schlichting, I.; Kabsch, W.; Pai, E. F.; Krauth-Siegel, R. L. Proteins Struct. Funct. 1994, 18, 161.
14. Stehle, T.; Ahmed, S. A.; Claiborne, A.; Schulz, G. E. J. Mol. Biol. 1991, 221, 1325.
15. Schreuder, H. A.; Prick, P. A. J.; Wierenga, R. K.; Vriend, G.; Wilson, K. S.; Hol, W. G. J.; Drenth, J. J. Mol. Biol. 1989, 208, 679.
16. Schreuder, H. A.; van der Laan, J. M.; Hol, W. G. J.; Drenth, J. J. Mol. Biol. 1988, 199, 637.
17. Lah, M. S.; Palfey, B. A.; Schreuder, H. A.; Ludwig, M. L. Biochemistry 1994, 33, 1555.
18. Waksman, G.; Krishna, T. S. R.; Williams, C. H. J.; Kuriyan, J. J. Mol. Biol. 1994, 256, 800.
19. Kuriyan, J.; Krishna, T. S. R.; Wong, L.; Guenther, B.; Pahler, A.; Williams, C. H. J.; Model, P. Nature 1991, 552, 172.
20. Bailey, S.; Smith, K.; Fairlamb, A. H.; Hunter, W. N. Eur. J. Biochem. 1993, 213, 67.
21. Bailey, S.; Smith, K.; Fairlamb, A. H.; Hunter, W. N. Acta Cryst. D. 1994, 50, 139.
22. Stehle, T.; Claiborne, A.; Schulz, G. E. Eur. J. Biochem. 1993, 211, 221.
23. Kuriyan, J.; Kong, X. P.; Krishna, T. S. R.; Sweet, R. M.; Murgolo, N. J.; Field, H.; Cerami, A.; Henderson, G. B. Proc. Nat. Acad. Sci. USA 1991, 88, 8764.
24. Karplus, P. A.; Schulz, G. E. J. Mol. Biol. 1987, 195, 701.
25. Mattevi, A.; Schierbeek, A. J.; Hol, W. G. J. J. Mol. Biol. 1991, 220, 975.
26. Kim, J.-J. P.; Wang, M.; Paschke, R. Proc. Nat Acad. Sci. USA 1993, 90, 7523.
27. Watt, W.; Tulinsky, A.; Swenson, R. P.; Watenpaugh, K. O. J. Mol. Biol. 1991, 218, 195.
28. Weiner, S. J.; Kollmann, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ohio, C.; Alagona, G.; Profeta, S. J.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765.
29. Weiner, S. J.; Kollmann, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comp. Chem. 1986, 7, 230.
30. Discover User Guide, October 1995. San Diego: Biosym/ MSI, 1995.
31. Stewart, J. J. P. MOPAC 6.0, Quantum Chemistry Program Exchange no. 455.
32. Stewart, J. J. P. J. Comp. Chem. 1989, 10, 209, 221.
33. Greengard, L.; Rokhlin, V. I. J. Comp. Phys. 1987, 73, 325.
34. Schmidt, K. E.; Lee, M. A. J. Stat. Phys. 1991, 63, 1223.
35. Ding, H. Q.; Karasawa, N.; Goddard, W. A. J. Chem. Phys. 1992, 97, 4309.
36. Press, W. H.; Teukolsky, S. A.; Vetterling, W. T.; Flannery, B. P. Numerical Receipes 2nd ed., Cambridge University Press, Cambridge, 1992.
37. Keller, E. Program Schakal96, Kristallographisches Institut der Universität Freiburg, Germany, 1996.
38. Meyer, M.; Hartwig, H.; Schomburg, D. J. Mol. Struct. (Theochem) 1996, 364, 139.
39. Hall, L. H.; Bowers, M. L.; Durfor, C. N. Biochemistry 1987, 26, 7401.
40. Hahn, J.; Michel-Beyerle, M.-E.; Rösch, N. to be published.