Solvation parameters for amino acids

Journal of Computational Chemistry

Volumn 20, Issue 4, 1999, Pages 428-442

  Smith, Brian J ^a  

^a CSIRO   (Australia)

Author keywords

Amino acids; Atomic radii; Electrostatics; Ligand interaction; Solvation; Solvent interaction potential

Indexed keywords

EID: 0002680478     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1096-987X(199903)20:4<428::AID-JCC4>3.0.CO;2-1     Document Type: Article

References (45)

1. Sharp, K. A. Curr Opin Struct Biol 1994, 4, 234.
2. Orozco, M.; Alhambra, C; Barril, X.; López, J. M.; Busquets, M. A.; Luque, F. J. J Mol Model 1996, 2, 1.
3. Tomasi, J.; Perisco, M. Chem Rev 1994, 94, 2027.
4. Sharp, K.; Honig, B. Annu Rev Biophys Biophys Chem 1990, 19, 301.
5. Rashin, A. A.; Namboodiri, K. J Phys Chem 1987, 91, 6003. Zauhar, R. J.; Morgan, R. S. J Comput Chem 1988, 9, 171. Juffer, A. H.; Botta, E. F. F.; van Keulen, B. A. M.; van der Ploeg, A.; Berendsen, H. J. C. J Comput Phys 1991, 97, 144. Rashin, A. A.; Young, L.; Topol, I. A. Biophys Chem 1994, 51, 359. Juffer, A. H.; Argosa, P.; Vogel, H. J. J Phys Chem 1997, 101, 7664.
6. Rashin, A. A.; Namboodiri, K. J Phys Chem 1987, 91, 6003. Zauhar, R. J.; Morgan, R. S. J Comput Chem 1988, 9, 171. Juffer, A. H.; Botta, E. F. F.; van Keulen, B. A. M.; van der Ploeg, A.; Berendsen, H. J. C. J Comput Phys 1991, 97, 144. Rashin, A. A.; Young, L.; Topol, I. A. Biophys Chem 1994, 51, 359. Juffer, A. H.; Argosa, P.; Vogel, H. J. J Phys Chem 1997, 101, 7664.
7. Rashin, A. A.; Namboodiri, K. J Phys Chem 1987, 91, 6003. Zauhar, R. J.; Morgan, R. S. J Comput Chem 1988, 9, 171. Juffer, A. H.; Botta, E. F. F.; van Keulen, B. A. M.; van der Ploeg, A.; Berendsen, H. J. C. J Comput Phys 1991, 97, 144. Rashin, A. A.; Young, L.; Topol, I. A. Biophys Chem 1994, 51, 359. Juffer, A. H.; Argosa, P.; Vogel, H. J. J Phys Chem 1997, 101, 7664.
8. Rashin, A. A.; Namboodiri, K. J Phys Chem 1987, 91, 6003. Zauhar, R. J.; Morgan, R. S. J Comput Chem 1988, 9, 171. Juffer, A. H.; Botta, E. F. F.; van Keulen, B. A. M.; van der Ploeg, A.; Berendsen, H. J. C. J Comput Phys 1991, 97, 144. Rashin, A. A.; Young, L.; Topol, I. A. Biophys Chem 1994, 51, 359. Juffer, A. H.; Argosa, P.; Vogel, H. J. J Phys Chem 1997, 101, 7664.
9. Rashin, A. A.; Namboodiri, K. J Phys Chem 1987, 91, 6003. Zauhar, R. J.; Morgan, R. S. J Comput Chem 1988, 9, 171. Juffer, A. H.; Botta, E. F. F.; van Keulen, B. A. M.; van der Ploeg, A.; Berendsen, H. J. C. J Comput Phys 1991, 97, 144. Rashin, A. A.; Young, L.; Topol, I. A. Biophys Chem 1994, 51, 359. Juffer, A. H.; Argosa, P.; Vogel, H. J. J Phys Chem 1997, 101, 7664.
10. Sitkoff, D.; Sharp, K. A.; Honig, B. J Phys Chem 1994, 98, 1978.
11. Smith, B. J.; Hall, N. E. J Comput Chem 1998, 19, 1482.
12. The radii used to obtain γ and b in ref. 4 were not the radii determined here.
13. York, D. M.; Lee, T.-S.; Yang, W. Chem Phys Lett. 1996, 263, 297.
14. Hehre, W. J.; Radom, L.; Schleyer, P. v. R.; Pople, J. A. Ab Initio Molecular Orbital Theory; Wiley: New York, 1986.
15. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, J. D.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. GAUSSIAN-94, Revision C.3, Gaussian, Inc., Pittsburgh, PA, 1995.
16. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J Comput Chem 1993, 14, 1347.
17. Breneman, C. M.; Wiberg, K. B. J Comput Chem 1990, 3, 361.
18. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J Phys Chem 1993, 97, 10269.
19. DELPHI, Version 2.50; Biosym Technologies: San Diego, CA, 1993.
20. Nina, M.; Beglov, D.; Roux, B. J Phys Chem B 1997, 101, 5239.
21. (a) Bartmess, J. E., In NIST Standard Reference Database Number 69, Mallard, W. G.; Lindstrom, P. J., Eds; National Institute of Standards and Technology: Gaithersburg, MD, August 1997.
22. (b) Hunter, E. P.; Lias, S. G. In NIST Standard Reference Database Number 69, Mallard, W. G.; Linstrom, P. J., Eds., National Institute of Standards and Technology: Gaithersburg, MD, August 1997 (http://webbook.nist.gov).
23. Hine, J.; Mookerjee, P. K. J Org Chem 1975, 40, 292.
24. Wagman, D. D.; Parker, V. B. P.; Schumm, R. H.; Halow, I.; Bailey, S. M.; Churney, K. L.; Nuttall, R. L. J Phys Chem Ref Data 1982, 11, Suppl. 2.
25. Lim, C.; Bashford, D.; Karplus, M. J Phys Chem 1991, 95, 5610.
26. Albert, A.; Sergeant, E. P. Ionization Constants of Acids and Bases; Metheun: London, 1962.
27. Pearson, R. G. J Am Chem Soc 1986, 108, 6109.
28. Maitland, G. C.; Rigby, M.; Smith, E. B.; Wakeham, W. A. Intermolecular Forces; Clarendon: Oxford, 1981.
29. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J Comput-Aided Mol Des 1992, 6, 629.
30. Wolfenden, R.; Anderson, L.; Cullis, P. M.; Southgate, C. C. B. Biochemistry 1981, 20, 849.
31. Nina, M.; Beglov, D.; Roux, B. J Phys Chem B 1997, 101, 5239.
32. Mares-Guia, M.; Nelson, D. L.; Rogana, E. J Am Chem Soc 1977, 99, 2331.
33. Bode, W.; Schwager, P. J Mol Biol 1975, 98, 693.
34. Náray-Szabó, G. J Am Chem Soc 1984, 106, 4584.
35. Luty, B. A.; Wasserman, Z. R.; Stouten, P. F. W.; Hodge, C. N.; Zacharias, M.; McCammon, J. A. J Comput Chem 1995, 16, 454.
36. Åqvist, J. J Comput Chem 1996, 17, 1587.
37. Wong, C. F.; McCammon, J. A. J Am Chem Soc 1986, 108, 3830.
38. Resat, H.; Marrone, T. J.; McCammon, J. A. Biophys J 1997, 72, 522.
39. Essex, J. W.; Severance, D. L.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J Phys Chem B 1997, 101, 9663.
40. Gilson, M. K.; Honig, B. Proteins 1988, 4, 7.
41. Takamatsu, Y.; Itai, A. Proteins 1998, 33, 62, and references therein.
42. Markley, J. L.; Porubcan, M. A. J Mol Biol 1976, 102, 487. Porubcan, M. A.; Neves, D. E.; Rausch, S. K.; Markley, J. L. Biochemistry 1978, 17, 4640. Sakiyama, F.; Kawata, Y. J Biochem 1983, 94, 1661.
43. Markley, J. L.; Porubcan, M. A. J Mol Biol 1976, 102, 487. Porubcan, M. A.; Neves, D. E.; Rausch, S. K.; Markley, J. L. Biochemistry 1978, 17, 4640. Sakiyama, F.; Kawata, Y. J Biochem 1983, 94, 1661.
44. Markley, J. L.; Porubcan, M. A. J Mol Biol 1976, 102, 487. Porubcan, M. A.; Neves, D. E.; Rausch, S. K.; Markley, J. L. Biochemistry 1978, 17, 4640. Sakiyama, F.; Kawata, Y. J Biochem 1983, 94, 1661.
45. DISCOVER 2.9.8, Molecular Simulations, San Diego, 1996. The charge on the amidinium carbon was set at +1.0.