Global Optimization: Quantum Thermal Annealing with Path Integral Monte Carlo

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 104, Issue 1, 2000, Pages 86-95

  Lee, Yong Han ^a   Berne, B J ^a  

^a Columbia University ^*  (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0002304341     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp991868i     Document Type: Article

References (57)

1. Kirkpatrick, S.; Gelatt, C. D., Jr.; Vecchi, M. P. Science 1983, 220, 671.
2. Holland, J. SIAM J. Comput. 1973, 2, 88.
3. Davis, L., Ed. Handbook of Genetic Algorithms; van Nostrand Reinhold: New York, 1991.
4. Li, Z.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 6611.
5. Wales, D. J.; Doye, J. P. K. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 5111.
6. Maranas, C. D.; Floudas, C. A. J. Chem. Phys. 1994, 100, 1247.
7. Maranas, C. D.; Floudas, C. A. J. Global Optim. 1994, 4, 135.
8. Standley, D. M.; Eyrich, V. A.; Felts, A. K.; Friesner, R. A.; McDermott, A. E. J. Mol. Biol. 1999, 285, 1691.
9. Eyrich, V. A.; Standley, D. M.; Felts, A. K.; Friesner, R. A. Proteins: Struct. Fund. Genet. 1999, 35, 41.
10. Berg, B. A.; Neuhaus, T. Phys. Lett. B 1991, 267, 249.
11. Hansmann, U. H. E.; Okamoto, Y. Physica A 1994, 212, 415.
12. Stillinger, F. H. Phys. Rev. B 1985, 32, 3134.
13. Stillinger, F. H.; Weber, T. A. J. Stat. Phys. 1988, 52, 1429.
14. Piela, L.; Kostrowicki, J.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1989, 93, 3339.
15. Li, Z.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 15.
16. Ma, J.; Straub. J. E. J. Chem. Phys. 1994, 101, 533.
17. Amara, P.; Straub, J. E. J. Phys. Chem. 1995, 99, 14840.
18. Shalloway, D. Global Optim. 1992, 2, 281.
19. Shalloway, D. Variable-scale coarse-graining in macromolecular global optimization. In Large-Scale Optimization with Applications, Part III: Molecular Structure and Optimization; Biegler, L. T., Coleman, T. F., Conn, A. R., Santosa, F. N., Eds.; Springer Verlag; New York, 1997,
20. Amara. P.; Hsu D.; Straub, J, E. J. Phys. Chem. 1993, 97, 6715.
21. Finnila, A. B.; Gomez, M. A,: Sebenik, C.; Stenson, C.; Doll, J. D. Chem. Phys. Lett. 1994, 219, 343.
22. Kadowaki, T.; Nishimori, H. Phys. Rev. E 1998, 58, 5355.
23. Brooke. J.; Bitko, D.; Rosenbaum, T. F.; Aeppli, G. Science 1999, 284, 779.
24. Honeycutt, J. D.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 3526.
25. Honeycutt, J. D.; Thirumalai, D. Biopolymers 1992, 32, 695.
26. Nymeyer, H.; García, A. E.; Onuchic, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 5921.
27. Guo, Z.; Thirumalai, D.; Honeycutt, J. D. J. Chem. Phys. 1992, 97, 525.
28. Guo, Z.; Thirumalai, D. Biopolymers 1994, 35, 137.
29. Feynman, R. P.; Hibbs, A. R. Quantum mechanics and path integrals; McGraw-Hill: New York, 1965.
30. Feynman, R. P. Statistical mechanics; Benjamin: New York, 1972.
31. Berne, B. J.; Thirumalai, D. Annu. Rev. Phys. Chem. 1986, 37, 401.
32. Ceperley, D. M. Rev. Mod. Phys. 1995, 67, 279.
33. Jordon, H. F.; Fosdick, L. D. Phys. Rev. 1968, 171, 128.
34. Barker, J. A. J. Chem. Phys. 1979, 70, 2914.
35. Tuckerman, M. E.; Berne, B. J.; Martyna, G. J.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1993, 99, 2796.
36. Shankar, R. Principles of quantum mechanics, 2nd ed.; Plenum Press: New York, 1994.
37. Chandler, D.; Wolynes, P. G. J. Chem. Phys. 1981, 74, 4078.
38. Scheraga, H. A. Biophys. Chem. 1996, 59, 329.
39. Purisima, E. O.; Scheraga, H. A. Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 2782.
40. Purisima, E. O.; Scheraga, H. A. J. Mol. Biol. 1987, 196, 697.
41. Veitshans, T.; Klimov, D.; Thirumalai, D. Folding Des. 1996, 2, 1.
42. Herman, M. F.; Bruskin, E. J.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1982, 76, 5150.
43. Thirumalai, D.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1983, 79, 5029.
44. Doll, J. D.; Freeman, D. L. J. Chem. Phys. 1984, 80, 2239.
45. Freeman, D. L.; Doll, J. D. J. Chem. Phys. 1984, 80, 5709.
46. Pollock, E. L.; Ceperley, D. M. Phys. Rev. B 1984, 30, 2555.
47. Raedt, B. D.; Sprik, M.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1984, 80, 5719.
48. Parrinello, M.; Rahman, A. J. Chem. Phys. 1984, 80, 860.
49. Hetényi, B.; Müser, M. H.; Berne, B. J. Phys. Rev. Lett., submitted for publication.
50. Liu, Z.; Berne, B. J. J Chem. Phys. 1993, 99, 6071.
51. Zhou, R.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1997, 107, 9185.
52. Frantz, D. D.; Freeman, D. L.; Doll, J. D. J. Chem. Phys. 1990, 93, 2769.
53. Xu. H.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1999, 110, 10299.
54. Bernasconi, J. J. Physique 1987, 48, 559.
55. Krauth, W.; Mezard, M. Z. Phys. B 1995, 97, 127.
56. Dittes, F.-M. Phys. Rev. Lett. 1996, 76, 4651.
57. Wenzel, W.; Hamacher, K. Phys. Rev. Lett. 1999, 82, 3003.