Protein structure prediction using a combination of sequence homology and global energy minimization: II. Energy functions

Journal of Computational Chemistry

Volumn 19, Issue 5, 1998, Pages 548-573

  Dudek, Michael J ^a   Ramnarayan, K ^a   Ponder, Jay W ^b  

^a Structural Bioinformatics Inc   (United States)

^b WASHINGTON UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

Atomic multipoles; Energy functions; Global energy minimization; Hydration free energy; Structure prediction; Surface loops

Indexed keywords

EID: 0002067212     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1096-987X(19980415)19:5<548::AID-JCC7>3.0.CO;2-M     Document Type: Article

References (45)

1. M. J. Dudek and H. A. Scheraga, J. Comput. Chem., 11, 121 (1990).
2. M. J. Dudek and J. W. Ponder, J. Comput. Chem., 16, 791 (1995).
3. T. A. Halgren, J. Am. Chem. Soc., 114, 7827 (1992).
4. A. A. Rashin and K. Namboodiri, J. Phys. Chem., 91, 6003 (1987).
5. J. A. Grant and B. T. Pickup, J. Phys. Chem., 99, 3503 (1995).
6. E. Benedetti, In Peptides, M. Goodman and J. Meinhofer, Eds., Wiley, New York, 1977, p. 257.
7. F. A. Momany, R. F. McGuire, A. W. Burgess, and H. A. Scheraga, J. Phys. Chem., 79, 2361 (1975).
8. SPARTAN Version 2.0, Wavefunction, Inc., Irvine, CA.
9. S. L. Price, J. S. Andrews, C. W. Murray, and R. D. Amos, J. Am. Chem. Soc., 114, 8268 (1992).
10. A. J. Stone, Chem. Phys. Lett., 83, 233 (1981).
11. M. Waldman and A. T. Hagler, J. Comput. Chem., 14, 1077 (1993).
12. G. J. H. van Nes and A. Vos, Acta Crystallogr., B34, 1947 (1978).
13. A. M. Merle, M. Lamotte, S. Risemberg, C. Hauw, J. Gaultier, and J. P. Grivet, Chem. Phys., 22, 207 (1977).
14. E. G. Cox, D. W. J. Cruickshank, and J. A. S. Smith, Prof. R. Soc. A, 247 (1958).
15. G. de With, S. Harkema, and D. Feil, Acta Crystallogr., B32, 3178 (1976).
16. E. D. Stevens, Acta Crystallogr., B34, 544 (1978).
17. G. de With and S. Harkema, Acta Crystallogr., B33, 2367 (1977).
18. S. Swammathan, B. M. Craven, and R. K. McMullan, Acta Crystallogr., B40, 300 (1984).
19. G. Valle, V. Busetti, M. Mammi, and G. Carazzolo, Acta Crystallogr., B25, 1432 (1969).
20. P. G. Jonsson, Acta Crystallogr., B27, 893 (1971).
21. J. S. Chickos, In Molecular Structure and Energetics, Vol. 2, J. F. Liebman and A. Greenberg, Eds., VCH Publishers Inc., New York, 1987, p. 67.
22. H. G. M. de Wit, J. C. van Miltenburg, and C. G. de Kruif, J. Chem. Thermodyn., 15, 651 (1983).
23. M. W. Schmidt, K. K. Baldridge, J. A. Boatz, S. T. Elbert, M. S. Gordon, J. H. Jensen, S. Koseki, N. Matsunaga, K. A. Nguyen, S. J. Su, T. L. Windus, M. Dupuis, and J. A. Montgomery, J. Comput. Chem., 14, 1347 (1993).
24. K. T. No, O. Y. Kwon, S. Y. Kim, K. H. Cho, C. N. Yoon, Y. K. Kang, K. D. Gibson, M. S. Jhon, and H. A. Scheraga, J. Phys. Chem., 99, 13019 (1995).
25. Y. K. Kang, G. Némethy, and H. A. Scheraga, J. Phys. Chem., 91, 4105 (1987).
26. K. D. Gibson and H. A. Scheraga, Mol. Phys., 62, 1247 (1987).
27. C. E. Kundrot, J. W. Ponder, and F. M. Richards, J. Comput. Chem., 12, 402 (1991).
28. S. Cabani, P. Gianni, V. Mollica, and L. Lepori, J. Solution Chem., 10, 563 (1981).
29. R. Wolfenden, L. Andersson, P. M. Cullis, and C. C. B. Southgate, Biochemistry, 20, 849 (1981).
30. M. L. Connolly, J. Appl. Crystallorg., 16, 548 (1983).
31. R. J. Zauhar and R. S. Morgan, J. Mol. Biol., 186, 815 (1985).
32. R. J. Zauhar and R. S. Morgan, J. Comput. Chem., 9, 171 (1988).
33. A. A. Rashin, J. Phys. Chem., 94, 1725 (1990).
34. R. Bharadwaj, A. Windemuth, S. Sridharan B. Honig, and A. Nicholls, J. Comput. Chem., 16, 898 (1995).
35. W. C. Still, A. Tempczyk, R. C. Hawley, and T. Hendrickson, J. Am. Chem. Soc., 112, 6127 (1990).
36. A. A. Rashin, Proteins, 13, 120 (1992).
37. K. C. Smith and B. Honig, Proteins, 18, 119 (1994).
38. R. Abagyan and M. Totrov, J. Mol. Biol., 235, 983 (1994).
39. J. N. Scarsdale, C. Van Alsenoy, V. J. Klimkowski, L. Schafer, and F. A. Momany, J. Am. Chem. Soc., 105, 3438 (1983).
40. S. J. Weiner, U. C. Singh, T. J. O'Donnell, and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 106, 6243 (1984).
41. A. G. Anderson and J. Hermans, Protiens, 3, 262 (1988).
42. J. A. Grant, R. L. Williams, and H. A. Scheraga, Biopolymers, 30, 929 (1990).
43. T. Head-Gordon, M. Head-Gordon, M. J. Frisch, C. L. Brooks III, and J. A. Pople, J. Am. Chem. Soc., 113, 5989 (1991).
44. H. S. Shang and T. Head-Gordon, J. Am. Chem. Soc., 116, 1528 (1994).
45. T. J. Marrone, M. K. Gilson, and J. A. McCammon, J. Phys. Chem., 100, 1439 (1996).