Monte Carlo study of ligand-protein binding energy landscapes with the weighted histogram analysis method

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 73, Issue 2, 1999, Pages 113-121

  Bouzida, Djamal ^a   Rejto, Paul A ^a   Verkhivker, Gennady M ^a  

^a AGOURON PHARMACEUTICALS INC   (United States)

Author keywords

Binding energy landscapes; Kinetic partitioning mechanism; Ligand protein docking; Molecular recognition; Weighted histogram analysis method

Indexed keywords

EID: 0001576820     PISSN: 00207608     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1097-461X(1999)73:2<113::AID-QUA6>3.0.CO;2-9     Document Type: Article

References (33)

1. Knutz, L D. Science 1992, 257, 1078-1082.
2. Miller, D. W.; Dill, K. A. Protein Sci. 1997, 6, 2166-2179.
3. Bryngelson, J. D.; Onuchic, J, N.; Socci, N. D.; Wolynes, P. G. Proteins 1995, 21, 167-195.
4. Dill, K. A.; Bromberg, S.; Yue, K.; Fiebig, K. M.; Yee, D. P.; Thomas, P. D.; Chan, H. S, Protein Sci 1995, 4, 561-602.
5. Goldstein, R. A.; Lutney-Schulten, Z. A.; Wolynes, P. G. Proc Nat Acad Sci USA 1992, 89, 9029-9033.
6. Gutin, A. M.; Abkevich, V. L; Shakhnovich, E. I. Proc Nat Acad Sci USA 1995, 92, 1282-1286.
7. Shan, H. S.; Dill K. A. J Chem Phys 1994, 100, 9238-9257.
8. Hao, M.-R; Scheraga, H. A. Proc Nat Acad Sci USA 1996, 93, 4984-4989.
9. Cherfils, J.; Janin, J. Curr Opin Struct Biol 1993, 3, 265-269.
10. Verkhivker, G. M.; Rejto, P. A.; Gehlhaar, D. G.; Freer, S. T. Proteins 1996, 25, 342-353.
11. Rejto, P. A.; Verkhivker, G. M. Proc Nat Acad Sci USA 1996, 93, 8945-8950.
12. Schreiber, S. L. Science 1991, 251, 283-287.
13. Van Duyne, G. D.; Standaert, R. F.; Karplus, P. A.; Schreiber, S. L.; Clardy, J. Science 1991, 252, 839-842.
14. Van Duyne, G. D.; Standaert, R. F.; Karplus, P, A.; Schreiber, S. L.; Clardy, J. J Mol Biol 1993, 229, 105-124.
15. Wilson, K. P.; Yamashita, M. M.; Sintchak, M. D.; Rotstein, S. H.; Murcko, M. A.; Boger, J.; Thomson, J. A.; Fitzgibbon, M. J.; Black, J. R.; Navia, M. A. Acata Crystallogr 1995, D51, 511-521.
16. Mayo, S. L.; Olafson, B. D.; Goddard III, W. A. J Phys Chem 1990, 94, 8897-8909.
17. Gehlhaar, D. G.; Verkhivker, G. M.; Rejto, P. A.; Sherman, C. J.; Fogel, D. B.; Fogel, L. J.; Freer, S. T. Chem Biol 1995, 2, 317-324.
18. Bouzida, D.; Kumar, S.; Swendsen, R. H. Phys Rev A 1992, 45, 8894-8901.
19. Salsburg, Z. W.; Jackson, J. D.; Fickett, W.; Wood, W. W. J Chem Phys 1959, 30, 65-68.
20. Ferrenberg, A. M.; Swendsen, R. H. Phys Rev Lett 1988, 61, 2635-2638.
21. Ferrenberg, A. M.; Swendsen, R. H. Phys Rev Lett 1989, 63, 1195-1198.
22. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J Comp Chem 1992, 13, 1011-1021.
23. Kumar, S.; Rosenberg, J. M.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A. J Comp Chem 1995, 16, 1339-1350.
24. Socci, N. D.; Onuchic, J. N. J Chem Phys 1995, 103, 4732-4744.
25. Sali, A.; Shakhnovich, E.; Karplus, M. Nature 1994, 369, 248-251.
26. Roux, B. Comp Phys Comm 1995, 91, 275-282.
27. Mirny, L. A.; Abkevich, V.; Shakhnovich, E. I. Folding Design 1996, l, 103-116.
28. Veitshans, T.; Klimov, D. K.; Thirumalai, D. Folding Design 1997, 2, 1-22.
29. Fersht, A. R. Proc Natl Acad Sci USA 1995, 92, 10869-10873.
30. Abkevich, V. L, Gutin, A. M.; Shakhnovich, E, I. Biochemistry 1994, 33, 10026-10036.
31. Leopold, P. E.; Montai, M.; Onuchic, J. N. Proc Nat Acad Sci USA 1992, 89, 8721-8725.
32. Ebeling, M.; Nadler, W. Proc Nat Acad Sci USA 1995, 92, 8798-8802.
33. Hansmann, U. H. E.; Masuya, M.; Okamato, Y. Proc Nat Acad Sci USA 1997, 94, 10652-10656.