A protein structure comparison methodology

Computers and Chemistry

Volumn 20, Issue 3, 1996, Pages 359-380

  Brown, Nigel P ^a   Orengo, Christine A ^b   Taylor, William R ^c  

^a IMPERIAL CANCER RESEARCH FUND   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

^c NATIONAL INSTITUTE FOR MEDICAL RESEARCH   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001547102     PISSN: 00978485     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1016/0097-8485(95)00062-3     Document Type: Article

References (113)

1. Abagyan R. A. & Maiorov V. N. (1988) J. Biomol. Struct. Dynam. 5, 1267.
2. Abagyan R. A. & Maiorov V. N. (1989) J. Biomol. Struct. Dynam. 6, 1045.
3. Alexandrov N. N. & Gō N. (1994) Prot. Sci. 3, 866.
4. Alexandrov N. N., Takahashi K. & Gō N. (1992) J. Mol. Biol. 225, 5.
5. Artymiuk P. J., Rice D. W., Mitchell E. M. & Willett P. (1990) Prot. Eng. 4, 39.
6. Artymiuk P. J., Bath P. A., Grindley H. M., Pepperrell C. A., Poirrette A. R., Rice D. W., Thorner D. A., Wild D. J., Willett P., Allen F. H. & Taylor R. (1992a) J. Chem. Inf. Comput. Sci. 32, 617.
7. Artymiuk P. J., Grindley H. M., Park J. E., Rice D. W. & Willett P. (1992b) FEBS Lett. 303, 48.
8. Bachar O., Fischer D., Nussinov R. & Wolfson H. (1993) Prot. Eng. 6, 279.
9. Barakat M. T. & Dean P. M. (1990) J. Comput.-Aided Mol. Des. 4, 295.
10. Barton G. J. & Sternberg M. J. E. (1988) J. Mol. Graph. 6, 190.
11. Barton G. J. & Sternberg M. J. E. (1990) J. Mol. Biol. 212, 389.
12. Blundell T. L. & Johnson M. S. (1993) Prot. Sci. 2, 877.
13. Bowie J. U., Lüthy R. & Eisenberg D. (1991) Science 253, 164.
14. Brint A. T., Davies H. M., Mitchell E. M. & Willett P. (1989) J. Mol. Graph. 7, 48.
15. Brown N. P. (1992a) In Patterns in Protein Sequence and Structure (Edited by Taylor W. R.), Springer Series in Biophysics, Vol. 1, p. 127. Springer-Verlag, Heidelberg.
16. Brown N. P. (1992b) PhD Thesis, National Institute for Medical Research, Mill Hill, London, U.K.
17. Chothia C. & Lesk A. M. (1986) EMBO J. 5, 823.
18. Cohen F. E. & Sternberg M. J. E. (1980) J. Mol. Biol. 138, 321.
19. Diamond R. (1976) Acta Crystallogr. A32, 1.
20. Diamond R. (1988) Acta Crystallogr. A44, 211.
21. Diamond R. (1992) Prot. Sci. 1, 279.
22. Ding D. F., Qian J. A. & Feng Z. K. (1994) Bull. Math. Biol. 56, 923.
23. Factor A. D. & Mehler E. L. (1991) Prot. Eng. 4, 421.
24. Fischel-Ghodsian F., Mathiowitz G. & Smith T. F. (1990) Prot. Eng. 3, 577.
25. Fischer D., Bachar O., Nussinov R. & Wolfson H. (1992) J. Biomol. Struct. Dynam. 9, 769.
26. Fischer D., Norel R., Wolfson H. & Nussinov R. (1993) Prot. Struct. Funct. Genet. 16, 278.
27. Gerber, P. R. & Müller K. (1987) Acta Crystallogr. A43, 426.
28. Grindley H. M., Artymiuk P. J., Rice D. W. & Willett P. (1993) J. Mol. Biol. 229, 707.
29. Hadwiger M. A. (1994) Prot. Eng. 7, 1283.
30. Hendrickson W. A. (1979) Acta Crystallogr. A35, 158.
31. Holm L. & Sander C. (1993) J. Mol. Biol. 233, 123.
32. Holm L., Ouzounis C., Sander C., Tuparev G. & Vriend G. (1992) Prot. Sci. 1, 1691.
33. Honzatko R. B. (1986) Acta Crystallogr. A42, 172.
34. Huang E. S., Rock E. P. & Subbiah S. (1993) Curr. Biol. 3, 740.
35. Johnson M. S. (1991) Curr. Opin. Struct. Biol. 1, 334.
36. Jones D. T., Taylor W. R. & Thornton J. M. (1992) Nature 358, 86.
37. Kabsch W. (1976) Acta Crystallogr. A32, 922.
38. Kabsch W. (1978) Acta Crystallogr. A34, 827.
39. Karpen M. E., de Haseth P. L. & Neet K. E. (1989) Prot. Struct. Funct. Genet. 6, 155.
40. Kearsley S. K. (1989) Acta Crystallogr. A45, 208.
41. Kearsley S. K. (1990) J. Comp. Chem. 11, 1187.
42. Kenknight C. E. (1984) Acta Crystallogr. A40, 708.
43. Lesk A. M. (1979) Comm. ACM 22, 219.
44. Lesk A. M. (1986) Acta Crystallogr. A42, 110.
45. Lessel U. & Schomburg D. (1994) Prot. Eng. 7, 1175.
46. Levine M., Stuart D. & Williams J. (1984) Acta Crystallogr. A40, 600.
47. Levitt M. (1976) J. Mol. Biol. 104, 59.
48. Liebman M. N. (1982) In Molecular Structure and Biological Activity (Edited by Griffin J. F. & Duax W. L.), p. 193. Elsevier, New York.
49. Luo Y., Lai L., Xu X. & Tang Y. (1993) Prot. Eng. 6, 373.
50. Mackay A. L. (1984) Acta Crystallogr. A40, 165.
51. Maiorov V. & Crippen G. M. (1994) J. Mol. Biol. 235, 625.
52. Matthews B. W. & Rossmann M. G. (1985) Methods Enzymol. 115, 397.
53. Matthews B. W., Remington S. J., Grütter M. G. & Anderson W. F. (1981) J. Mol. Biol. 147, 545.
54. May A. C. W. & Johnson M. S. (1994) Prot. Eng. 7, 475.
55. McLachlan A. D. (1972) Acta Crystallogr. A28, 656.
56. McLachlan A. D. (1979) J. Mol. Biol. 128, 49.
57. McLachlan A. D. (1982) Acta Crystallogr. A38, 871.
58. McLachlan A. D. (1984) Biopolymers 23, 1325.
59. Mitchell E. M., Artymiuk P. J., Rice D. W. & Willett P. (1989) J. Mol. Biol. 212, 151.
60. Muirhead H., Cox J. M., Mazzarella L. & Perutz M. F. (1967) J. Mol. Biol. 28, 117.
61. Murthy M. R. N. (1984) FEBS Lett. 168, 97.
62. Needleman S. B. & Wunsch C. D. (1970) J. Mol. Biol. 48, 443.
63. Nishikawa K. & Ooi T. (1974) J. Theor. Biol. 43, 351.
64. Nishikawa K., Kubota Y. & Ooi T. (1983a) Jap. J. Biochem. 94, 981.
65. Nishikawa K., Kubota Y. & Ooi T. (1983b) Jap. J. Biochem. 94, 997.
66. Nussinov R. & Wolfson H. J. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88, 10495.
67. Orengo C. A. & Taylor W. R. (1990) J. Theor. Biol. 147, 517.
68. Orengo C. A. & Taylor W. R. (1993) J. Mol. Biol. 233, 488.
69. Orengo C. A., Brown N. P. & Taylor W. R. (1992) Prot. Struct. Funct. Genet. 14, 139.
70. Orengo C. A., Flores T. P., Taylor W. R. & Thornton J. M. (1993) Prot. Eng. 6, 485.
71. Orengo C. A. (1992) In Patterns in Protein Sequence and Structure (Edited by Taylor W. R.), Springer Series in Biophysics, Vol. 7, p. 159. Springer-Verlag, Heidelberg.
72. Orengo C. A. (1994) Curr. Opin. Struct. Biol. 4, 429.
73. Overington J. P., Zhu Z., Šali A., Johnson M. S., Sowdhamini R., Louie G. V. & Blundell T. L. (1993) Biochem. Soc. Trans. 21, 597.
74. Padlan E. A. & Davies D. R. (1975) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 72, 819.
75. Pastore A., Atkinson R. A., Saudek V. & Williams R. J. P. (1991) Prot. Struct. Funct. Genet. 10, 22.
76. Phillips D. E. (1970) British Biochemistry, Past and Present, p. 11. London Biochem. Soc. Symp., Academic Press.
77. Rackovsky S. & Goldstein D. A. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85, 777.
78. Rackovsky S. & Scheraga H. A. (1978) Macromolecules 11, 1168.
79. Rackovsky S. & Scheraga H. A. (1980) Macromolecules 13, 1440.
80. Rackovsky S. & Scheraga H. A. (1984) Acc. Chem. Res. 17, 209.
81. Rackovsky R. (1990) Prot. Struct. Funct. Genet. 7, 378.
82. Rao S. T. & Rossmann M. G. (1973) J. Mol. Biol. 76, 241.
83. Rawlings C. J., Taylor W. R., Nyakairu J., Fox J. & Sternberg M. J. E. (1985) J. Mol. Graph. 3, 151.
84. Remington S. J. & Matthews B. W. (1978) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 75, 2180.
85. Remington S. J. & Matthews B. W. (1980) J. Mol. Biol. 140, 77.
86. Richards F. M. & Kundrot C. E. (1988) Prot. Struct. Funct. Genet. 3, 71.
87. Rippmann F. & Taylor W. R. (1991) J. Mol. Graph. 9, 169.
88. Rose J. & Eisenmenger F. (1991) J. Mol. Evol. 32, 340.
89. Rossmann M. G. & Argos P. (1975) J. Biol. Chem. 250, 7525.
90. Rossmann M. G. & Argos P. (1976) J. Mol. Biol. 105, 75.
91. Rossmann M. G. & Argos P. (1977) J. Mol. Biol. 109, 99.
92. Rufino S. D. & Blundell T. L. (1994) J. Comput.-Aided Mol. Design 8, 5.
93. Russell R. B. & Barton G. J. (1992) Prot. Struct. Funct. Genet. 14, 309.
94. Šali A. & Blundell T. L. (1990) J. Mol. Biol. 212, 403.
95. Schulz G. E. (1977) J. Mol. Evol. 9, 339.
96. Schulz G. E. (1980) J. Mol. Biol. 138, 335.
97. Shapiro A., Botha J. D., Pastore A. & Lesk A. M. (1992) Acta Crystallogr. A48, 11.
98. Sheridan R. P., Dixon J. S. & Venkataraghavan R. (1985a) Int. J. Peptide Protein Res. 25, 132.
99. Sheridan R. P., Dixon J. S., Venkataraghavan R., Kuntz I. D. & Scott K. P. (1985b) Biopolymers 24, 1995.
100. Sippl M. J. (1982) J. Mol. Biol. 156, 359.
101. Smith T. F. & Waterman M. S. (1981) J. Mol. Biol. 147, 195.
102. Subbarao N. & Haneef I. (1991) Prot. Eng. 4, 877.
103. Subbiah S., Laurents D. V. & Levitt M. (1993) Curr. Biol. 3, 141.
104. Sutcliffe M. J., Haneef I., Carney D. & Blundell T. L. (1987) Prot. Eng. 1, 377.
105. Taylor W. R. (1988) J. Mol. Evol. 28, 161.
106. Taylor W. R. & Orengo C. A. (1989a) Prot. Eng. 2, 505.
107. Taylor W. R. & Orengo C. A. (1989b) J. Mol. Biol. 208, 1.
108. Taylor W. R., Flores T. P. & Orengo C. A. (1994) Prot. Sci. 3, 1858.
109. Vriend G. & Sander C. (1991) Prot. Struct. Funct. Genet. 11, 52.
110. Yee D. P. & Dill K. A. (1993) Prot. Sci. 2, 884.
111. Zhu Z.-Y., Šali A. & Blundell T. L. (1992) Prot. Eng. 5, 43.
112. Zintzaras E., Brown N. P. & Kowald A. (1994) CABIOS 10, 263.
113. Zuker M. & Somorjai R. L. (1989) Bull. Math. Biol. 15, 55.