Multiplex dsDNA Fragment Sizing Using Dimeric Intercalation Dyes and Capillary Array Electrophoresis: Ionic Effects on the Stability and Electrophoretic Mobility of DMA-Dye Complexes

Analytical Chemistry

Volumn 69, Issue 7, 1997, Pages 1355-1363

  Clark, Steven M ^a   Mathies, Richard A ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001508904     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac960866g     Document Type: Article

References (62)

1. Huang, X. C.; Quesada, M. A.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 1992, 64, 967-972.
2. Kambara, H.; Takahashi, S. Nature 1993, 361, 565-566.
3. Clark, S. M.; Mathies, R. A. Anal. Biochem. 1993, 215, 163-170.
4. Lu, X. D.; Yeung, E. S. Appl. Spec. 1995, 49, 605-609.
5. Wang, Y.; Ju, J.; Carpenter, B. A.; Atherton, J. M.; Sensabaugh, G. F.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 1995, 67, 1197-1203.
6. Wang, Y.; Wallin, J. M.; Ju, J.; Sensabaugh, G. F.; Mathies, R. A. Electrophoresis 1996, 17, 1485-1490.
7. Guttman, A. Handbook of Capillary Electrophoresis; CRC Press: Boca Raton, FL, 1994.
8. Zhu, H.; Clark, S. M.; Benson, S. C.; Rye, H. S.; Glazer, A. N.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 1994, 66, 1941-1948.
9. Sudor, J.; Novotny, M. V. Anal. Chem. 1994, 66, 2446-2450.
10. Sudor, J.; Novotny, M. Nucleic Acids Res. 1995, 23, 2538-2543.
11. Heller, C.; Pakleza, C.; Viovy, J. L. Electrophoresis 1995, 16, 1423-1428.
12. Kim, Y.; Morris, M. D. Anal. Chem. 1995, 67, 784-786.
13. van der Schans, M. J.; Allen, J. K.; Wanders, B. J.; Guttman, A. J. Chromatogr. A 1994, 650, 511-516.
14. Butler, J. M.; McCord, B. R.; Jung, J. M.; Wilson, M. R.; Budowle, B.; Allen, R. O. J. Chromatogr., B 1994, 658, 271-280.
15. Williams, P. E.; Marino, M. A.; Del Rio, S. A.; Turni, L. A.; Devaney, J. M. J. Chromatogr., A 1994, 650, 525-540.
16. Srinivasan, K.; Morris, S. C.; Girard, J. E.; Kline, M. C.; Reeder, D. J. Appl. Theor. Electrophor. 1993, 3, 235-239.
17. Srinivasan, K.; Girard, J. E.; Williams, P.; Roby, R. K.; Weedn, V. W.; Morris, S. C.; Kline, M. C.; Reeder, D. J. J. Chromatogr. 1993, 652, 83-91.
18. Ju, J.; Glazer, A. N.; Mathies, R. A. Nature Med. 1996, 2, 246-249.
19. Kheterpal, I.; Scherer, J. R.; Clark, S. M.; Radhakrishnan, A.; Ju, J.; Ginther, C. L; Sensabaugh, G. F.; Mathies, R. A. Electrophoresis 1996, 17, 1852-1859.
20. Lamerdin, J. E.; Carrano, A. V. BioTechniques 1993, 15, 294-302.
21. Glazer, A. N.; Rye, H. S. Nature 1992, 359, 859-861.
22. Benson, S. C.; Singh, P.; Glazer, A. N. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 5727-5735.
23. Zeng, Z. X.; Benson, S. C.; Glazer, A. N. Anal. Biochem. 1995, 231, 256-260.
24. Benson, S. C.; Mathies, R A.; Glazer, A. N. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 5720-5726.
25. Benson, S. C.; Zeng, Z. X.; Glazer, A. N. Anal. Biochem. 1995, 232, 247-255.
26. Schwartz, H. E.; Ulfelder, K. J. Anal. Chem. 1992, 64, 1737-1740.
27. Kim, Y.; Morris, M. D. Anal. Chem. 1994, 66, 1168-1174.
28. Figeys, D.; Arriaga, E.; Renborg, A.; Dovichi, N. J. J. Chromatogr., A 1994, 669, 205-216.
29. Huang, X. C.; Quesada, M. A.; Mathies, R. A. Anal. Chem. 1992, 64, 2149-2154.
30. Mathies, R. A.; Scherer, J. R.; Quesada, M. A.; Rye, H. S.; Glazer, A. N. Rev. Sci. Instrum. 1994, 65, 807-812.
31. Lee, L. G.; Chen, C.-H.; Chiu, L. A. Cytometry 1986, 7, 508-517
32. Rye, H. S.; Quesada, M. A.; Peck, K.; Mathies, R. A.; Glazer, A. N. Nucleic Acids Res. 1990, 19, 327-333.
33. Rye, H. S.; Yue, S.; Wemmer, D. E.; Quesada, M. A.; Haugland, R. P.; Mathies, R. A.; Glazer, A. N. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 2803-2812.
34. Woolley, A. T.; Hadley, D.; Landre, P.; deMello, A. J.; Mathies, R. A.; Northrup, M. A. Anal. Chem. 1996, 68, 4081-4086.
35. The fluorescence intensity per base pair (F) was determined by the relation F = A/(tN), where A is the peak area, t is the peak detection time, and N is the fragment length in base pairs.
36. G/R signifies the ratio of peak heights obtained in the green and red channels for the N baseline-resolved peaks of this separation. In this case, G/R = 0.10 ± 0.02, N = 7.
37. pBR322:YOYO G/R(alone) = 12 ± 1, N = 17; G/R(together) = 11 ± 2, N = 15; ΦX174:TOED2 G/R(alone) = 0.10 ± 0.02, N = 10; G/R(together) = 0.20 ± 0.07, N = 7.
38. Berka, J.; Pariat, Y. F.; Muller, O.; Hebenbrock, K.; Heiger, D. N.; Foret, F.; Karger, B. L. Electrophoresis 1995, 16, 377-388.
39. Harrington, R. E. Electrophoresis 1993, 14, 732-746.
40. Haran, T. E.; Kahn, J. D.; Crothers, D. M. J. Mol. Biol. 1994, 244, 135-143.
41. Braunlin, W. H.; Anderson, C. F.; Record, M. T. J. Biochemistry 1987, 26, 7724-7731.
42. Mascotti, D. P.; Lohman, T. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 3142- 3146.
43. Padmanabhan, S.; Richey, B.; Anderson, C. F.; Record, M. T. J. Biochemistry 1988, 27, 4367-4376.
44. Fried, M. G.; Stickle, D. F. Eur. J. Biochem. 1993, 218, 469-475.
45. Ha, J. H.; Capp, M. W.; Hohenwalter, M. D.; Baskerville, M.; Record, M. T. J. J. Mol. Biol. 1992, 228, 252-264.
46. Paulsen, M. D.; Anderson, C. F.; Record, M. T. J. Biopolymers 1988, 27, 1249-1265.
47. Record, M. T. J., personal communication.
48. Nightingale, E. R. J. Phys. Chem. 1959, 63, 1381-1387.
49. Davies, C. W. Ion Association; Butterworth & Co. Ltd.: Washington DC, 1962.
50. Lamm, G.; Wong, L.; Pack, G. R. Biopolymers 1994, 34, 227-237.
51. Hansen, L. F.; Jensen, L. K.; Jacobsen, J. P. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 859-867.
52. Spielmann, H. P.; Wemmer, D. E.; Jacobsen, J. P. Biochemistry 1995, 34, 8542-8553.
53. Jacobsen, J. P.; Pedersen, J. B.; Hansen, L. F.; Wemmer, D. E. Nucleic Acids Res. 1995, 23, 753-760.
54. Zeng, Z. X.; Glazer, A. N., manuscript in preparation.
55. Delville, A.; Laszlo, P.; Schyns, R. Biophys. Chem. 1986, 24, 121-133.
56. Chatterjee, R.; Chattoraj, D. K. Biopolymers 1979, 18, 147-166.
57. Hayakawa, K.; Santerre, J. P.; Kwak, J. C. T. Biophys. Chem. 1983, 17, 175-181.
58. Delviile, A. Chem. Phys. Lett. 1985, 118, 617-621.
59. Hayakawa, K.; Kwak, J. C. T. J. Phys. Chem. 1982, 86, 3866-3870.
60. Shirahama, K.; Yuasa, H.; Sugimoto, S. Bull. Chem. Soc. Japan 1981, 54, 375-377.
61. Delviile, A.; Laszlo, P.; Stockis, A. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 5991- 5998.
62. Shizuya, H.; Birren, B.; Kim, U. J.; Mancino, V.; Slepak, T.; Tachiiri, Y.; Simon, M. Proc. Natl. Acad. Sci U.S.A. 1992, 89, 8794-8797.