Statistical thermodynamic approach for evaluating the writhe transformations in circular DNAs

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 102, Issue 29, 1998, Pages 5704-5714

  Anselmi, C ^a   Bocchinfuso, G ^a   De Santis, P ^a   Fua M ^a   Scipioni, A ^a   Savino, M ^a  

^a SAPIENZA UNIVERSITY OF ROME   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001448835     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp981552v     Document Type: Article

References (35)

1. Fuller, F. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1971, 68, 814-819.
2. Crick, F. H. C. Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. 1976, 73, 2639-2643.
3. Ptashne, M. Nature 1986, 322, 697-701.
4. Gralla, J. D. Cell 1989, 57, 193-195.
5. Benham, C. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1977, 74, 2397-2401.
6. Le Bret, M. Biopolymers 1979, 18, 1709-1725.
7. Le Bret, M. Biopolymers 1984, 23, 1835-1867.
8. Shimada, J.; Yamakawa, H. J. Mol. Biol. 1985, 184, 319-329.
9. Levene, S. D.; Crothers, D. M. J. Mol. Biol. 1986, 189, 73-83.
10. Olson, W. K. Curr. Opin. Struct. Biol. 1996, 6, 242-256.
11. Hao, M. H.; Olson, W. K. Macromolecules 1989, 22, 3292-3303.
12. Schlick, T.; Olson, W. K.; Westcott, T.; Greenberg, J. P. Biopolymers 1994, 34, 565-597.
13. Westcott, T. P.; Tobias, I.; Olson, W. K. J. Phys. Chem. 1995, 99, 17926-17935.
14. Bauer, W. R.; Lund; R. A.; White; J. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 833-837.
15. White, J. H.; Lund, R. A.; Bauer, W. R. Biopolymers 1996, 38, 235-250.
16. Gebe, J. A.; Schurr, J. M. Biopolymers 1996, 38, 495-503.
17. Sprous, D.; Tan, R. K. Z.; Harvey, S. C. Biopolymers 1996, 39, 243-258.
18. Marko, J. F.; Siggia, E. D. Science 1994, 265, 506-508.
19. Laundon, C. H.; Griffith, J. Cell 1988, 52, 545.
20. Lobel, R. B.; Schleif, R. F. Science 1990, 250, 528-532.
21. Klenin, K. V.; Frank-Kamenetskii, M. D.; Langowski, J. Biophys. J. 1995, 68, 81-88.
22. Chirico, G.; Langowski, J. Biophys. J. 1996, 71, 955-971.
23. De Santis, P.; Fuà, M.; Savino, M.; Anselmi, C.; Bocchinfuso, G. J. Phys. Chem. 1996, 100, 9968-9976.
24. De Santis, P.; Palleschi, A.; Savino, M.; Scipioni, A. Biophys. Chem. 1988, 32, 305-317.
25. Boffelli, D.; De Santis, P.; Palleschi, A.; Scipioni, A. Int. J. Quantum Chem. 1992, 42, 1409-1426.
26. De Santis, P.; Fuà, M.; Palleschi, A.; Savino, M. Biophys. Chem. 1995, 55, 261-271.
27. De Santis, P.; Palleschi, A.; Savino, M.; Scipioni, A. Biochemistry 1990, 29, 9269-9273.
28. Bracewell, R. In The Fourier Transform and Its Applications; McGraw-Hill Book Co.: New York, 1965.
29. Calagareanu, G. Czech. Math. J. 1961, 11, 588-593.
30. Spiegel, M. R. In Fourier Analysis; McGraw-Hill Book Co.: New York, 1974.
31. Vologodskii, A. V.; Levene, S. D.; Klenin, K. V.; Frank-Kamenetskii, M. D.; Cozzarelli, N. R. J. Mol. Biol. 1992, 227, 1224-1243.
32. Tan, R. K. Z.; Harvey, S. C.; Di Mauro, E.; Camilloni, G.; Venditti, P. J. Biomol. Struct. Dynam. 1996, 13, 855-872.
33. Koo, H. S.; Wu, H. M.; Crothers, D. M. Nature 1986, 320, 501-503.
34. Schultz, S. C.; Shields, G. C.; Steitz, T. A. Science 1991, 253, 1001-1007.
35. Kahn, J. D.; Crothers, D. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 6343-6347.