Simulation of liquid amides using a polarizable intermolecular potential function

Journal of Physical Chemistry

Volumn 100, Issue 7, 1996, Pages 2689-2697

  Gao, Jiali ^a   Pavelites, Joseph J ^a   Habibollazadeh, Dariush ^a  

^a UNIVERSITY AT BUFFALO   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001379843     PISSN: 00223654     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp9521969     Document Type: Article

References (99)

1. Gao, J.; Xia, X. Science 1992, 258, 631.
2. (a) Barnes, P.; Finney, J. L.; Nicholas, J. D.; Quinn, J. E. Nature 1979, 282, 459.
3. (b) Stillinger, F. H.; David, C. W. J. Chem. Phys. 1978, 69, 1473.
4. (c) Rullman, J. A. C.; van Duijnen, P. Th. Mol. Phys. 1988, 63, 451.
5. (d) Niesar, U.; Corongiu, G.; Clementi, E.; Kneller, G. R.; Bhattacharya, D. K. J. Phys. Chem. 1990, 94, 7949.
6. (e) Halley, J. W.; Rustad, J. R.; Rahman, A. J. Chem. Phys. 1993, 98, 4110.
7. (a) van Belle, D.; Couplet, I.; Prevost, M.; Wodak, S. J. J. Mol. Biol. 1987, 198, 721.
8. (b) Kuwajima, S.; Warshel, A. J. Phys. Chem. 1990, 94, 460.
9. (c) Straatsma, T. P.; McCammon, J. A. Chem. Phys. Lett. 1991, 177, 433.
10. (d) Cao, J.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1993, 99, 6998.
11. Ding, Y.; Bernardo, D. N.; Krogh-Jespersen, K.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. 1995, 99, 11575.
12. Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1995, 99, 6208.
13. (a) Bernardo, D. N.; Dng, Y.; Krogh-Jespersen, K.; Levy, R. M. J. Phys. Chem. 1994, 98, 4180.
14. (b) Rick, S. E.; Stuart, S. J.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1994, 101, 6141.
15. (c) Wallqvist, A.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. 1993, 97, 13841.
16. (d) Caldwell, J.; Dang, L. X.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9144.
17. (e) Ahlstrom, P.; Wallqvist, A.; Engstrom, S.; Jonsson, B. Mol. Phys. 1989, 63, 563.
18. (f) Sprik, M.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1988, 89, 7556.
19. Gao, J. In Reviews in Computational Chemistry; Lipkowitz, K. B., Boyd, D. B. Eds.; VCH: New York, 1995; Vol. 7, pp 119-185.
20. (b) Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 700.
21. (a) Gao, J.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Chem. Phys. 1993, 98, 2975.
22. (b) Orozco, M.; Luque, F. J.; Habibollahzadeh, D.; Gao, J. J. Chem. Phys. 1995, 102, 6145.
23. (a) Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227.
24. (b) Luzhkov, V.; Warshel, A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 199.
25. (a) Gao, J. Proc. - Indian Acad. Sci., Chem. Sci. 1994, 106, 507.
26. (b) Gao, J. Biophys. Chem. 1994, 51, 253.
27. Gao, J.; Habibollahzadeh, D.; Shao, L. J. Phys. Chem. 1995, 99, 16460.
28. Jorgensen, W. L.; Swenson, C. J. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 569.
29. (a) Momany, F. A.; McQuire, R. F.; Burgess, A. W.; Scheraga, H. A. J. Phys.Chem. 1975, 79, 2361.
30. (b) Nemenoff, R. A.; Snir, J.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1978, 82, 2504.
31. (c) Snir, J.; Nemenoff, R. A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. 1978, 82, 2527.
32. (a) Hagler, A. T.; Huler, E.; Lifson, S. J. Am. Chem. Soc. 1974, 96, 5319.
33. (b) Hagler, A. T.; Lifson, S. J. Am. Chem. Soc. 1974, 96, 5327.
34. Clementi, E.; Cavallone, F.; Scordamaglia, R. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 5531.
35. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ohio, C.; Alagona, G.; Profeta, S., Jr.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765.
36. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
37. Schoester, P. C.; Zeidler, M. D.; Bopp, P. A. Z. Naturforsch. 1995, 50, 38.
38. Benedetti, E. In Proceedings of the Fifth American Peptide Symposium; Goodman, M., Meienhofer, J., Eds.; Wiley: New York, 1977; p 257.
39. (a) Hirota, E.; Sugisaki, R.; Nielsen, C. J.; Sorensen, G. O. J. Mol. Spectrosc. 1974, 49, 251.
40. (b) Kitano, M.; Kuchitsu, K. Bull Chem. Soc. Jpn. 1974, 47, 67.
41. (a) Kitano, M.; Kuchitsu, K. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1974, 47, 631.
42. (b) Kitano, M.; Fukuyama, T.; Kuchitsu, K. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1973, 46, 384.
43. Schultz, G.; Hargittai, I. J. Phys. Chem. 1993, 97, 4966.
44. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulations of Lquids; Oxford University Press: London, 1987.
45. Bottcher, C. J. Theory of Electric Poliarzaton; Elsevier: Amsterdam, 1973.
46. (a) Thole, B. T. Chem. Phys. 1981, 59, 341.
47. (b) Applequist, J. B.; Carl, J. R.; Fung, K.-K. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 2952.
48. (c) Silberstein, L. Philos. Mag. 1917, 33, 92, 215, 521.
49. (d) Rowell, R. L.; Stein, R. S. J. Chem. Phys. 1967, 47, 2985.
50. New, M. H.; Berne, B. J. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 7172.
51. de Vries, A. H.; van Duijnen, P. Th.; Juffer, A. H.; Rullmann, J. A. C.; Dijkman, J. P.; Merenga, H.; Thole, B. T. J. Comput. Chem. 1995, 16, 37.
52. Bernardo, D. N.; Ding, Y.; Krogh-Jespersen, K.; Levy, R. M. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1141.
53. Gao, J.; Habibollahzadeh, D. Manuscript in preparation.
54. (a) Kurland, R. J.; Wilson, E. B., Jr. J. Chem. Phys. 1957, 27, 585.
55. (b) Meighan, R. M.; Cole, R. H. J. Phys. Chem. 1964, 68, 503.
56. (c) Pralat, K.; Jadzyn, J.; Balanicka, S. J. Phys. Chem. 1983, 87, 1385.
57. (d) Rodrigo, M. M.; Tarazona, M. P.; Saiz, E. J. Phys. Chem. 1986, 90, 2236.
58. (e) McClellan, A. L. Tables of Experimental Dipole Moments; Rahara Enterprises: El Cerrito, CA, 1989.
59. (a) Vogel, A. I. J. Chem. Soc. 1948, 1833.
60. (b) Hirschfelder, J. O.; Curtiss, C. E.; Bird, R. B. Molecular Theory of Gases and Liquids; John Wiley & Sons: New York, 1964.
61. (c) Additive model.
62. (d) Stout, J. M.; Dykstra, C. E. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5127.
63. Le Fevre, R. J. W. Dipole Moments: Their Measurement and Application in Chemistry; John Wiley: New York, 1953.
64. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902.
65. (a) Wei, D.; Salahub, D. R. Chem. Phys. Lett. 1994, 224, 291.
66. (b) Stanton, R. V.; Hartsough, D. S.; Merz, K. M., Jr. J. Phys. Chem. 1993, 97, 11868.
67. (c) Thompson, M. A.; Schenter, G. K. J. Phys. Chem. 1995, 99, 6374.
68. (a) Drakenberg, T.; Forsen, S. J. Phys. Chem. 1970, 74, 1.
69. (b) Drakenberg, T.; Forsen, S. J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1971, 1404.
70. (c) Barker, R. H.; Boudreaux, G. J. Spectrochim. Acta, Part A 1967, 23, 727.
71. (d) Ross, B. D.; True, N. S. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 2451.
72. Gao, J. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 2930.
73. (a) Casulleras, J.; Guardia, E. Mol. Simul. 1992, 8, 273.
74. (b) Jorgensen, W. L.; Madura, J. D. Mol. Phys. 1985, 56, 1381.
75. (a) Ladell, J.; Post, B. Acta Crystallogr. 1954, 7, 559.
76. (b) Katz, J. L.; Post, B. Acta Crystallogr. 1960, 13, 624.
77. (c) Hamzaoui, F.; Baert, F. Acta Crystallogr. C 1994, 757.
78. Florian, J.; Johnson, B. G. J. Phys. Chem. 1995, 99, 5899.
79. (a) Daubert, T. E.; Bartakovits, R. Ind. Eng. Chem. Res. 1989, 28, 641.
80. (b) Reid, R. C.; Prausnitz, J. M.; Poling, B. E. The Properties of Gases and Liquids, 4th ed.; McGraw-Hill: New York, 1987; pp 42, 97, 136-143, 209.
81. (a) Somsen, G.; Coops, J. Rev. Trav. Chim. 1965, 84, 985.
82. (b) Lemire, R. J.; Sears, P. G. Top. Curr. Chem. 1978, 74, 45.
83. (c) CRC Handbook of Chemistry and Physics, 74th ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 1994.
84. (d) DMF Product Bulletin; E. I. duPont, Inc.: Wilmington, DE, 1971.
85. (a) Radzicka, A.; Wolfenden, R. Biochemistry 1988, 27, 1664.
86. (b) Drakenberg, T.; Dahlqvist, K.-I.; Forsen, S. J. Chem. Phys. 1972, 76, 2178.
87. Bensen, S. W. Thermochemical Kinetics; Wiley: New York, 1976.
88. Benson, S. W.; Cruickshank, F. R.; Golden, D. M.; Hugen, G. R. Chem. Rev. 1969, 69, 279.
89. Skold, R.; Suurkuusk, J.; Wadso, I. J. Chem. Thermodyn. 1976, 8, 1075.
90. Roje, L.; Hvidt, A. J. Chem. Thermodyn. 1971, 3, 663.
91. Ding, Y. Personal communication.
92. (a) Kalman, E.; Serke, I.; Palinkas, G.; Zeidler, M. D.; Wiesmann, F. J.; Bertagnolli, H.; Chieuz, P. Z. Naturforsch. 1983, 38A, 231.
93. (b) DeSando, R. J.; Brown, G. H. J. Phys. Chem. 1968, 72, 1088.
94. (c) Ohtaki, H.; Funaki, A.; Rode, B. M.; Reibnegger, G. J. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1983, 56, 2116.
95. (a) Siegbahn, H.; Asplund, L.; Kelfve, P.; Hamrin, K.; Karlsson, L.; Siegbahn, K. J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 1974, 5, 1059.
96. Filiaux, F.; Fontaine, J. P.; Baron, M. H. Chem. Phys. 1993, 176, 249.
97. Ohtaki, H.; Itoh, S.; Yamaguchi, T.; Ishiguro, S.; Rode, B. M. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1983, 56, 3406.
98. (a) Firman, P.; Eyring, E. M.; Xu, M.; Marchetti, A.; Petrucci, S. J. Phys. Chem. 1992, 96, 41.
99. (b) Liu, Y.; Czarnecki, M. A.; Ozaki, Y. Appl. Spectrosc. 1994, 48, 1095.