Interactions of phosphatidylinositol 3-kinase Src homology 3 domain with its ligand peptide studied by absorption, circular dichroism, and UV resonance Raman spectroscopies

Biopolymers - Biospectroscopy Section

Volumn 57, Issue 4, 2000, Pages 208-217

  Okishio, Nobuyuki ^a   Nagai, Masako ^a   Fukuda, Ryuji ^a   Nagatomo, Shigenori ^b   Kitagawa, Teizo ^b  

^a KANAZAWA UNIV SCHOOL OF MEDICINE   (Japan)

^b INSTITUTE FOR MOLECULAR SCIENCE   (Japan)

Author keywords

Circular dichroism; Molecular recognition; Phosphatidylinositol 3 kinase; Src homology 3 domain; UV resonance Raman

Indexed keywords

HYDROPHOBICITY; RAMAN SPECTROSCOPY; ULTRAVIOLET SPECTROSCOPY;

HOMOLOGY; MOLECULAR RECOGNITION; PHOSPHATIDYLINOSITOL KINASE;

PROTEINS;

LIGAND; PHOSPHATIDYLINOSITOL 3 KINASE;

ANIMAL CELL; ARTICLE; CIRCULAR DICHROISM; CONTROLLED STUDY; MOLECULAR RECOGNITION; NONHUMAN; PROTEIN BINDING; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; RAMAN SPECTROMETRY; SEQUENCE HOMOLOGY; SPECTROSCOPY;

1-PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE; ABSORPTION; CIRCULAR DICHROISM; HUMANS; LIGANDS; PEPTIDES; SPECTROPHOTOMETRY, ULTRAVIOLET; SPECTRUM ANALYSIS; SPECTRUM ANALYSIS, RAMAN; SRC HOMOLOGY DOMAINS;

ANIMALIA;

EID: 0001319025     PISSN: 00063525     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/1097-0282(2000)57:4<208::AID-BIP2>3.0.CO;2-K     Document Type: Article

References (54)

1. Mayer, B. J.; Hamaguchi, M.; Hanafusa, H. Nature 1988, 332, 272-275.
2. Feng, S.; Chen, J. K.; Yu, H.; Simon, J. A.; Schreiber, S. L. Science 1994, 266, 1241-1247.
3. Lim, W. A.; Richards, F. M.; Fox, R. O. Nature 1994, 372, 375-379.
4. Musacchio, A.; Saraste, M.; Wilmanns, M. Nat Struct Biol 1994, 1, 546-551.
5. Wittekind, M.; Mapelli, C.; Farmer II, B. T.; Suen, K.-L.; Goldfarb, V.; Tsao, J.; Lavoie, T.; Barbacid, M.; Meyers, C. A.; Mueller, L. Biochemistry 1994, 33, 13531-13539.
6. Escobedo, J. A.; Navankasattusas, S.; Kavanaugh, W. M.; Milfay, D.; Fried, V. A.; Williams, L. T. Cell 1991, 65, 75-82.
7. Skolnik, E. Y.; Margolis, B.; Mohammadi, M.; Lowenstein, E.; Fischer, R.; Drepps, A.; Ullrich, A.; Schlessinger, J. 1991, Cell 65, 83-90.
8. Otsu, M.; Hiles, I.; Gout, I.; Fry, M. J.; Ruiz-Larrea, F.; Panayotou, G.; Thompson, A.; Dhand, R.; Hsuan, J.; Totty, N.; Smith, A. D.; Morgan, S. J.; Courtneidge, S. A.; Parker, P. J.; Waterfield, M. D. Cell 1991, 65, 91-104.
9. Hiles, I. D.; Otsu, M.; Volinia, S.; Fry, M. J.; Gout, I.; Dhand, R.; Panayotou, G.; Ruiz-Larrea, F.; Thompson, A.; Totty, N. F.; Hsuan, J. J.; Courtneidge, S. A.; Parker, P. J.; Waterfield, M. D. Cell 1992, 70, 419-429.
10. Hu, P.; Mondino, A.; Skolnik, E. Y.; Schlessinger, J. Mol Cell Biol 1993, 13, 7677-7688.
11. Dhand, R.; Hiles, I.; Panayotou, G.; Roche, S.; Fry, M. J.; Gout, I.; Totty, N. F.; Truong, O.; Vicendo, P.; Yonezawa, K.; Kasuga, M.; Courtneidge, S. A.; Waterfield, M. D. EMBO J 1994, 13, 522-533.
12. Lam, K.; Carpenter, C. L.; Ruderman, N. B.; Friel, J. C.; Kelly, K. L. J Biol Chem 1994, 269, 20648-20652.
13. Kapeller, R.; Cantley, L. C. Bioessays 1994, 16, 565-576.
14. Varticovski, L.; Druker, B.; Morrison, D.; Cantley, L.; Roberts, T. Nature 1989, 342, 699-702.
15. Gout, I.; Dhand, R.; Hiles, I. D.; Fry, M. J.; Panayotou, G.; Das, P.; Truong, O.; Totty, N. F.; Hsuan, J.; Booker, G. W.; Campbell, I. D.; Waterfield, M. D. Cell 1993, 75, 25-36.
16. Barfod, E. T.; Zheng, Y.; Kuang, W. J.; Hart, M. J.; Evans, T.; Cerione, R. A.; Ashkenazi, A. J Biol Chem 1993, 268, 26059-26062.
17. Harrison-Findik, D.; Šuša, M.; Varticovski, L. Oncogene 1995, 10, 1385-1391.
18. Zhang, Q.-X.; Davis, I. D.; Baldwin, G. S. Biochim Biophys Acta 1996, 1312, 207-214.
19. Chen, J. K.; Lane, W. S.; Brauer, A. W.; Tanaka, A.; Schreiber, S. L. J Am Chem Soc 1993, 115, 12591-12592.
20. Rickles, R. J.; Botfield, M. C.; Weng, Z.; Taylor, J. A.; Green, O. M.; Brugge, J. S.; Zoller, M. J. EMBO J 1994, 13, 5598-5604.
21. Yu, H.; Chen, J. K.; Feng, S.; Dalgarno, D. C.; Brauer, A. W.; Schreiber, S. L. Cell 1994, 76, 933-945.
22. Rickles, R. J.; Botfield, M. C.; Zhou, X.-M.; Henry, P. A.; Brugge, J. S.; Zoller, M. J. Proc Natl Acad Sci USA 1995, 92, 10909-10913.
23. Harada, I.; Takeuchi, H. In Spectroscopy of Biological Systems; Clark, R. J. H., Hester, R. E., Eds.; Wiley: New York, 1986; pp 113-175.
24. Kitagawa, T. Prog Biophys Mol Biol 1992, 58, 1-18.
25. Austin, J. C.; Rodgers, K. R.; Spiro, T. G. Methods Enzymol 1993, 226, 374-396.
26. Kaminaka, S.; Ogura, T.; Kitagawa, T. J Am Chem Soc 1990, 112, 23-27.
27. Rodgers, K. R.; Su, C.; Subramaniam, S.; Spiro, T. G. J Am Chem Soc 1992, 114, 3697-3709.
28. Rodgers, K. R.; Spiro, T. G. Science 1994, 265, 1697-1699.
29. Nagai, M.; Kaminaka, S.; Ohba, Y.; Nagai, Y.; Mizutani, Y.; Kitagawa, T. J Biol Chem 1995, 270, 1636-1642.
30. Nagai, M.; Imai, K.; Kaminaka, S.; Mizutani, Y.; Kitagawa, T. J Mol Struct 1996, 379, 65-75.
31. Koyama, S.; Yu, H.; Dalgarno, D. C.; Shin, T. B.; Zydowsky, L. D.; Schreiber, S. L. FEBS Lett 1993, 324, 93-98.
32. Koyama, S.; Yu, H.; Dalgarno, D. C.; Shin, T. B.; Zydowsky, L. D.; Schreiber, S. L. Cell 1993, 72, 945-952.
33. Gill, S. C.; von Hippel, P. H. Anal Biochem 1989, 182, 319-326.
34. Kaminaka, S.; Kitagawa, T. Appl Spectrosc 1992, 46, 1804-1808.
35. Bailey, J. E.; Beaven, G. H.; Chignell, D. A.; Gratzer, W. B. Eur J Biochem 1968, 7, 5-14.
36. Lin, S. W.; Sakmar, T. P. Biochemistry 1996, 35, 11149-11159.
37. Woody, R. W. Methods Enzymol 1995, 246, 34-71.
38. Kelly, S. M.; Price, N. C. Biochim Biophys Acta 1997, 1338, 161-185.
39. Strickland, E. H. CRC Crit Rev Biochem 1974, 2, 113-175.
40. Jordan, T.; Mukerji, I.; Wang, Y.; Spiro, T. G. J Mol Struct 1996, 379, 51-64.
41. Okishio, N.; Fukuda, R.; Nagai, M.; Nagai, Y.; Nagatomo, S.; Kitagawa, T. J Raman Spectrosc 1998, 29, 31-39.
42. Fodor, S. P. A.; Copeland, R. A.; Grygon, C. A.; Spiro, T. G. J Am Chem Soc 1989, 111, 5509-5518.
43. Sweeney, J. A.; Asher, S. A. J Phys Chem 1990, 94, 4784-4791.
44. Ludwig, M.; Asher, S.A. J Am Chem Soc 1988, 110, 1005-1011.
45. Matsuno, M.; Takeuchi, H. Bull Chem Soc Jpn 1998, 71, 851-857.
46. Miura, T.; Takeuchi, H.; Harada, I. Biochemistry 1988, 27, 88-94.
47. Chi, Z.; Asher, S. A. J Phys Chem B 1998, 102, 9595-9602.
48. Strickland, E. H.; Billups, C.; Kay, E. Biochemistry 1972, 11, 3657-3662.
49. Cho, N.; Song, S.; Asher, S. A. Biochemistry 1994, 33, 5932-5941.
50. Booker, G. W.; Gout, I.; Downing, A. K.; Driscoll, P. C.; Boyd, J.; Waterfield, M. D.; Campbell, I. D. Cell 1993, 73, 813-822.
51. Hashimoto, S.; Yabusaki, T.; Takeuchi, H.; Harada, I. Biospectroscopy 1995, 1, 375-385.
52. Viguera, A. R.; Arrondo, J. L. R.; Musacchio, A.; Saraste, M.; Serrano, L. Biochemistry 1994, 33, 10925-10933.
53. Feng, S.; Kasahara, C.; Rickles, R. J.; Schreiber, S. L. Proc Natl Acad Sci USA 1995, 92, 12408-12415.
54. Borchert, T. V.; Mathieu, M.; Zeelen, J. P.; Courtneidge, S. A.; Wierenga, R. K. FEBS Lett 1994, 341, 79-85.