Dynamics of ligand escape from the heme pocket of myoglobin

Journal of the American Chemical Society

Volumn 110, Issue 23, 1988, Pages 7690-7697

  Kottalam, J ^a   Case, David A ^a  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001276779     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja00231a018     Document Type: Article

References (25)

1. Austin, R. H.; Beeson, K. W.; Eisenstein, L.; Frauenfelder, H.; Gunsalus, I. C. Biochemistry 1975, 14, 5355.
2. (a) Henry, E. R.; Sommer, J. H.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. J. Mol. Biol. 1983, 166, 443. (b) Gibson, Q. H.; Olson, J. S.; McKinnie, R. E.; Rohlfs, R. J. J. Biol. Chem. 1986, 261, 10228. (c) Olson, J. S.; Rohlfs, R. J.; Gibson, Q. H. J. Biol. Chem. 1987, 262, 12930. (d) Jongeward, K. A.; Magde, D.; Taube, D. J.; Marsters, J. C.; Traylor, T. G.; Sharma, V. S. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 380.
3. Findsen, E. W.; Scott, T. W.; Chance, M. R.; Freidman, J. M.; Ondrias, M. R. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3355. Sassaroli, M.; Rousseau, D. L. Biochemistry 1987, 26, 3092.
4. Flamingo, F. G.; Alben, J. O. Biochemistry 1985, 24, 7964. Kuriyan, J.; Wilz, S.; Karplus, M.; Petsko, G. J. Mol. Biol. 1986, 192, 133. Ansari, A.; Dilorio, E. E.; Dlott, D. D.; Frauenfelder, H.; lben, I. E. T.; Langer, P.; Roder, H.; Sauke, T. B.; Shyamsunder, E. Biochemistry 1986, 25, 3139.
5. Sassaroli, M.; Rousseau, D. L. J. Biol. Chem. 1986, 261, 16292.
6. Case, D. A.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1979, 132, 343. Tilton, R. F., Jr.; Singh, U. C.; Weiner, S. J.; Connolly, M. L.; Kuntz, I. D., Jr.; Kollman, P. A.; Max, N.; Case, D. A. J. Mol. Biol. 1986, 192, 443.
7. Perutz, M. F.; Matthews, F. S. J. Mol. Biol. 1966, 21, 199.
8. Ringe, D.; Petsko, G. A.; Kerr, D.; Ortiz de Montellano, P. R. Biochemistry 1984, 23, 2.
9. Kuriyan, J. A.; Wilz, S.; Karplus, M.; Petsko, G. A. J. Mol. Biol. 1986, 192, 133. Kuriyan, J.; Karplus, M.; Petsko, G. A. Proteins: Str., Func. Gen. 1987, 2, 1.
10. Case, D. A.; McCammon, J. A. Proc. N.Y. Acad. Sci. 1986, 482, 222.
11. Brooks, C. L., III; Brunger, A,; Karplus, M. Biopolymers 1985, 24, 843.
12. VanGunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C.; Rullmann, J. A. C. Mol. Phys. 1982, 45, 637.
13. Singh, U. C.; Caldwell, J.; Kollman, P. A. Amber 3.0 Programs, University of California, San Francisco.
14. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta, A., Jr.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765.
15. Giammona, D. A, Ph.D. Thesis, University of California, Davis, 1985.
16. Duddell, D. A.; Morris, R. J.; Muttucumaru, N. J.; Richards, J. T. Photochem. Photobiol. 1980, 31, 479.
17. Bennett, C. H. Algorithms for Chemical Computation (ACS Symposium Series); Christofferson, R. E., Ed.; American Chemical Society: Washington, DC, 1977; No. 46, Chapman, S.; Hornstein, S. M.; Miller, W. H. J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 892.
18. Chandler, D. J. Chem. Phys. 1978, 68, 2959.
19. Pangali, C.; Rao, M.; Berne, B. J. Chem. Phys. 1979, 71, 2975. For a review, see: Mezei, M.; Beveridge, D. L. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1986, 482, 1.
20. Elber, R.; Karplus, M., personal communication.
21. Westrick, J. A.; Goodman, J. L.; Peters, K. S. Biochemistry 1987, 26, 8313.
22. Martin, J. L.; Migus, A.; Poyart, C.; Lecarpentier, Y.; Antonetti, A.; Orszag, A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1982, 107, 803. Hutchison, J. A.; Noe, L. J. IEEE J. Quantum Electron. 1984, QE-20, 1353. Lack of picosecond recombination of dioxygen to Mb was reported by: Cornelius, P. A.; Steele, A. W.; Chernoff, D. A.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1981, 78, 7526.
23. Chance, B.; Fischetti, R.; Powers, L. Biochemistry 1983, 22, 3820. Powers, L.; Sessler, J. L.; Woolery, G. L.; Chance, B. Biochemistry 1984, 23, 5519. Teng, T.-Y.; Huang, H. W.; Olah, G. A. Biochemistry 1987, 26, 8066. Fiamingo, F. G.; Alben, J. O. Biochemistry 1985, 24, 7964.
24. Northrup, S. H.; Pear, M. R.; Lee, C.-Y.; McCammon, J. A.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 4035. McCammon, J. A.; Lee, C.-Y.; Northrup, S. H. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 2232.
25. Cotes, N. J.; Sceats, M. G. Chem. Phys. Lett. 1987, 141, 405.