Intrinsic Size Parameters for Val, Ile, Leu, Gln, Thr, Phe, and Trp Residues from Ion Mobility Measurements of Polyamino Acid Ions

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 103, Issue 41, 1999, Pages 8780-8785

  Henderson, Sheila C ^a   Li, Jianwei ^a   Counterman, Anne E ^a   Clemmer, David E ^a  

^a INDIANA UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001070559     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp991783h     Document Type: Article

References (67)

1. For a review of sequence/structure predictions, see: Benner, S. A.; Cannarozzi, G.; Gerloff, D.; Turcotte, M.; Chelvanayagam, G. Chem. Rev. 1997, 97, 2725.
2. Shoemaker, K. R.; Kim, P. S.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Nature 1987, 326, 563. Marqusee, S.; Robbins, V. H.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 5286. Millhauser, G. L.; Stenland, C. J.; Bolin, K. A.; van de Ven, J. M. J. Biomol. NMR 1996, 7, 331.
3. Shoemaker, K. R.; Kim, P. S.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Nature 1987, 326, 563. Marqusee, S.; Robbins, V. H.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 5286. Millhauser, G. L.; Stenland, C. J.; Bolin, K. A.; van de Ven, J. M. J. Biomol. NMR 1996, 7, 331.
4. Shoemaker, K. R.; Kim, P. S.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Nature 1987, 326, 563. Marqusee, S.; Robbins, V. H.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 5286. Millhauser, G. L.; Stenland, C. J.; Bolin, K. A.; van de Ven, J. M. J. Biomol. NMR 1996, 7, 331.
5. Lundberg, K. M.; Stenland, C. J.; Cohen, F. E.; Prusiner, S. B.; Millhauser, G. L. Chem. Biol. 1997, 4, 345. Kelly, J. W. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 101. Chiti, F.; Webster, P.; Taddei, N.; Clark, A.; Stefani, M.; Ramponi, G.; Dobson, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 3590.
6. Lundberg, K. M.; Stenland, C. J.; Cohen, F. E.; Prusiner, S. B.; Millhauser, G. L. Chem. Biol. 1997, 4, 345. Kelly, J. W. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 101. Chiti, F.; Webster, P.; Taddei, N.; Clark, A.; Stefani, M.; Ramponi, G.; Dobson, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 3590.
7. Lundberg, K. M.; Stenland, C. J.; Cohen, F. E.; Prusiner, S. B.; Millhauser, G. L. Chem. Biol. 1997, 4, 345. Kelly, J. W. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 101. Chiti, F.; Webster, P.; Taddei, N.; Clark, A.; Stefani, M.; Ramponi, G.; Dobson, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 3590.
8. (a) Karas, M.; Hillenkamp, F. Anal. Chem. 1988, 60, 2299.
9. (b) Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64.
10. (a) Wolynes, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 2426.
11. (b) For a recent review, see: Hoaglund-Hyzer, C. S.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Chem. Rev., in press.
12. (a) Winger, B. E.; Light-Wahl, K. J.; Rockwood, A. L.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 5897.
13. (b) Suckau, D.; Shi, Y.; Beu, S. C.; Senko, M. W.; Quinn, J. P.; Wampler, F. M., III; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 790.
14. (c) Gard, E.; Green, M. K.; Bregar, J.; Lebrilla, C. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 623.
15. (d) Wood, T. D.; Chorush, R. A.; Wampler, F. M., III; Little, D. P.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 2451.
16. (e) Campbell, S.; Rodgers, M. T.; Marzluff, E. M.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 12840.
17. McLuckey, S. A.; Van Berkel, G. J.; Glish, G. L. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 5668. Ogorzalek Loo, R. R.; Winger, B. E.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 1064. Zhang, X.; Cassady, C. J. J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 1996, 7, 1211. Williams, E. R. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 831.
18. McLuckey, S. A.; Van Berkel, G. J.; Glish, G. L. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 5668. Ogorzalek Loo, R. R.; Winger, B. E.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 1064. Zhang, X.; Cassady, C. J. J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 1996, 7, 1211. Williams, E. R. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 831.
19. McLuckey, S. A.; Van Berkel, G. J.; Glish, G. L. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 5668. Ogorzalek Loo, R. R.; Winger, B. E.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 1064. Zhang, X.; Cassady, C. J. J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 1996, 7, 1211. Williams, E. R. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 831.
20. McLuckey, S. A.; Van Berkel, G. J.; Glish, G. L. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 5668. Ogorzalek Loo, R. R.; Winger, B. E.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 1064. Zhang, X.; Cassady, C. J. J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 1996, 7, 1211. Williams, E. R. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 831.
21. Klassen, J. S.; Blades, A. T.; Kebarle, P. J. Phys. Chem. 1995, 99, 15509. Rodriguez-Cruz, S. E.; Klassen, J. S.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spec. 1997, 8, 565. Stephenson, J. L.; McLuckey, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 1688. Woenckhaus, J.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9586. Fye, J. L.; Woenckhaus, J.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1327. Lee, S.-W.; Freivogel, P.; Schindler, T.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11758.
22. Klassen, J. S.; Blades, A. T.; Kebarle, P. J. Phys. Chem. 1995, 99, 15509. Rodriguez-Cruz, S. E.; Klassen, J. S.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spec. 1997, 8, 565. Stephenson, J. L.; McLuckey, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 1688. Woenckhaus, J.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9586. Fye, J. L.; Woenckhaus, J.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1327. Lee, S.-W.; Freivogel, P.; Schindler, T.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11758.
23. Klassen, J. S.; Blades, A. T.; Kebarle, P. J. Phys. Chem. 1995, 99, 15509. Rodriguez-Cruz, S. E.; Klassen, J. S.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spec. 1997, 8, 565. Stephenson, J. L.; McLuckey, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 1688. Woenckhaus, J.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9586. Fye, J. L.; Woenckhaus, J.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1327. Lee, S.-W.; Freivogel, P.; Schindler, T.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11758.
24. Klassen, J. S.; Blades, A. T.; Kebarle, P. J. Phys. Chem. 1995, 99, 15509. Rodriguez-Cruz, S. E.; Klassen, J. S.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spec. 1997, 8, 565. Stephenson, J. L.; McLuckey, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 1688. Woenckhaus, J.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9586. Fye, J. L.; Woenckhaus, J.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1327. Lee, S.-W.; Freivogel, P.; Schindler, T.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11758.
25. Klassen, J. S.; Blades, A. T.; Kebarle, P. J. Phys. Chem. 1995, 99, 15509. Rodriguez-Cruz, S. E.; Klassen, J. S.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spec. 1997, 8, 565. Stephenson, J. L.; McLuckey, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 1688. Woenckhaus, J.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9586. Fye, J. L.; Woenckhaus, J.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1327. Lee, S.-W.; Freivogel, P.; Schindler, T.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11758.
26. Klassen, J. S.; Blades, A. T.; Kebarle, P. J. Phys. Chem. 1995, 99, 15509. Rodriguez-Cruz, S. E.; Klassen, J. S.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spec. 1997, 8, 565. Stephenson, J. L.; McLuckey, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 1688. Woenckhaus, J.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9586. Fye, J. L.; Woenckhaus, J.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1327. Lee, S.-W.; Freivogel, P.; Schindler, T.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11758.
27. Kaltashov, I. A.; Fenselau, C. Proteins: Structure, Function and Genetics 1997, 27, 165. Li, A.; Fenselau, C.; Kaltashov, I. A. Proteins: Structure, Function and Genetics; Wiley: New York, 1998; Suppl. 1, p 22.
28. Kaltashov, I. A.; Fenselau, C. Proteins: Structure, Function and Genetics 1997, 27, 165. Li, A.; Fenselau, C.; Kaltashov, I. A. Proteins: Structure, Function and Genetics; Wiley: New York, 1998; Suppl. 1, p 22.
29. Sullivan, P. A.; Axelsson, J.; Altman, S.; Quist, A. P.; Sunqvist, U. R.; Reimann, C. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 329. Sullivan, P. A.; Axelsson, J.; Altmann, S.; Quist, A. P.; Sundqvist, B. U. R.; Reimann, C. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 329. Reimann, C. T.; Sullivan, P. A.; Axelsson, J.; Quist, A. P.; Altman, S.; Roepstorff, P.; Velazquez, I.; Tapia, O. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 7608.
30. Sullivan, P. A.; Axelsson, J.; Altman, S.; Quist, A. P.; Sunqvist, U. R.; Reimann, C. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 329. Sullivan, P. A.; Axelsson, J.; Altmann, S.; Quist, A. P.; Sundqvist, B. U. R.; Reimann, C. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 329. Reimann, C. T.; Sullivan, P. A.; Axelsson, J.; Quist, A. P.; Altman, S.; Roepstorff, P.; Velazquez, I.; Tapia, O. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 7608.
31. Sullivan, P. A.; Axelsson, J.; Altman, S.; Quist, A. P.; Sunqvist, U. R.; Reimann, C. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 329. Sullivan, P. A.; Axelsson, J.; Altmann, S.; Quist, A. P.; Sundqvist, B. U. R.; Reimann, C. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 329. Reimann, C. T.; Sullivan, P. A.; Axelsson, J.; Quist, A. P.; Altman, S.; Roepstorff, P.; Velazquez, I.; Tapia, O. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 7608.
32. Covey, T.; Douglas, D. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 616. Collings, B. A.; Douglas, D. J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 4488.
33. Covey, T.; Douglas, D. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 616. Collings, B. A.; Douglas, D. J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 4488.
34. (a) von Helden, G.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Science 1995, 267, 1483.
35. (b) Wyttenbach, T.; von Helden, G.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8355.
36. (a) Clemmer, D. E.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10141.
37. (b) Shelimov, K. B.; Clemmer, D. E.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2240.
38. (c) Shelimov, K. B.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2987.
39. (d) Hudgins, R. R.; Woenckhaus, J.; Jarrold, M. F. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997, 165/766, 497.
40. (a) Valentine, S. J.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 3558.
41. (b) Valentine, S. J.; Anderson, J.; Ellington, A. E.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 3891.
42. Li, J.; Taraszka, J. A.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1999, 185/186/187, 37.
43. Hoaglund, C. S.; Valentine, S. J.; Sporleder, C. R.; Reilly, J. P.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 1998, 70, 2236.
44. (a) Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Hoaglund-Hyzer, C. S.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 1203.
45. (b) Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom., in press.
46. Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4031.
47. Schnier, P. D.; Price, W. D.; Jockusch, R. A.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7178.
48. Wyttenbach, T.; Bushnell, J. E.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 5098.
49. Hudgins, R. R.; Mao, Y.; Ratner, M. A.; Jarrold, M. F. Biophys. J. 1999, 76, 1591.
50. Samuelson, S.; Martyna, G. J. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 1752.
51. Cooks, R. G.; Kaiser, R. E., Jr. Acc. Chem. Res. 1990, 23, 213. March, R. E. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 351. Michael, S. M.; Chien, M.; Lubman, D. M. Rev. Sci. Instrum. 1992, 63, 4277.
52. Cooks, R. G.; Kaiser, R. E., Jr. Acc. Chem. Res. 1990, 23, 213. March, R. E. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 351. Michael, S. M.; Chien, M.; Lubman, D. M. Rev. Sci. Instrum. 1992, 63, 4277.
53. Cooks, R. G.; Kaiser, R. E., Jr. Acc. Chem. Res. 1990, 23, 213. March, R. E. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 351. Michael, S. M.; Chien, M.; Lubman, D. M. Rev. Sci. Instrum. 1992, 63, 4277.
54. Tou, J. C.; Boggs, G. U. Anal. Chem. 1976, 48, 1351. Hagan, D. F. Anal. Chem. 1979, 51, 870. Hill, H. H.; Siems, W. F.; St. Louis, R. H. Anal. Chem. 1990, 62, 1201 A. Jarrold, M. F.; Clemmer, D. E. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 577.
55. Tou, J. C.; Boggs, G. U. Anal. Chem. 1976, 48, 1351. Hagan, D. F. Anal. Chem. 1979, 51, 870. Hill, H. H.; Siems, W. F.; St. Louis, R. H. Anal. Chem. 1990, 62, 1201 A. Jarrold, M. F.; Clemmer, D. E. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 577.
56. Tou, J. C.; Boggs, G. U. Anal. Chem. 1976, 48, 1351. Hagan, D. F. Anal. Chem. 1979, 51, 870. Hill, H. H.; Siems, W. F.; St. Louis, R. H. Anal. Chem. 1990, 62, 1201 A. Jarrold, M. F.; Clemmer, D. E. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 577.
57. Tou, J. C.; Boggs, G. U. Anal. Chem. 1976, 48, 1351. Hagan, D. F. Anal. Chem. 1979, 51, 870. Hill, H. H.; Siems, W. F.; St. Louis, R. H. Anal. Chem. 1990, 62, 1201 A. Jarrold, M. F.; Clemmer, D. E. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 577.
58. Henderson, S. C.; Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 1999, 71, 291.
59. A collision cross section determined from an ion mobility measurement is strictly a measure of a collision integral, which depends on the dynamics of momentum transfer for all ion-buffer gas collisions.
60. Mason, E. A.; McDaniel, E. W. Transport Properties of Ions in Gases; Wiley: New York, 1988.
61. D, it is necessary to correct for flight time of ions in the mass spectrometer and the time required for ions to travel through other portions of the instrument. The correction time is small (80-140 μs).
62. Insight II; Biosym/MSI: San Diego, CA, 1995.
63. See, for example: von Helden, G.; Hsu, M.-T.; Gotts, N.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8182. The hard-sphere impact parameters used for the projection calculations were 2.38 Å for H and 3.02 Å for C, N, and O, as given in ref 20.
64. Shvartsburg, A. A.; Jarrold, M. F. Chem. Phys. Lett. 1996, 261, 86.
65. Mesleh, M. F.; Hunter, J. M.; Shvartsburg, A. A.; Schatz, G. C.; Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16082.
66. 2. Jarrold, M. F. Personal communication.
67. Hudgins, R. R.; Ratner, M. A.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 12974.