Structure-Based Molecular Design

Accounts of Chemical Research

Volumn 27, Issue 5, 1994, Pages 117-123

  Kuntz, Irwin D ^a   Meng, Elaine C ^a   Shoichet, Brian K ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001016942     PISSN: 00014842     EISSN: 15204898     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ar00041a001     Document Type: Article

References (82)

1. Fischer, E. Chem. Ber. 1894, 27, 2985–2993
2. Ehrlich, P. Chem. Ber. 1907, 42, 17
3. Kuntz, I. D. Science 1992, 257, 1078–1082
4. Reich, S. H.; Fuhry, M. A. M.; Nguyen, D.; Pino, M. J.; Welsh, K. M.; Webber, S.; Janson, C. A.; Jordan, S. R.; Matthews, D. A.; Smith, W. W.; Bartlett, C. A.; Booth, C. L. J.; Herrmann, S. M.; Howland, E. F.; Morse, C. A.; Ward, R. W.; White, J. J. Med. Chem. 1992, 35, 847–858
5. Koshland, D. E., Jr. Pure Appl. Chem. 1971, 25, 119–133
6. Schulz, G. E.; Muller, C. W.; Diederichs, K. J. Mol. Biol. 1990, 213, 627–630
7. Jorgensen, W. L. Science 1991, 254, 954–955
8. Cohen, N. C.; Blaney, J. M.; Humblet, C.; Gund, P.; Barry, D. C. J. Med. Chem. 1990, 33, 883–894
9. Johnson, M. A.; Maggiora, G. M. Concepts and Applications of Molecular Similarity; John Wiley & Sons, Inc: New York, 1990
10. Mezey, P. G. Rev. Comput. Chem. 1990, 1, 265
11. Salomaa, A. Theor. Comput. Sci. 1991, 88, 127–138
12. Ullman, J. R. J. Assoc. Comput. Mach. 1976, 16, 31
13. Sedgewick, R. Algorithms; Addison-Wesley: London, 1984
14. Abola, E. E.; Bernstein, F. C.; Bryant, S. H.; Koetzle, T. F.; Weng, J.; Allen, F. H.; Bergerhoff, G.; Seivers, R. Protein Data Bank; Data Commission of the International Union of Crystallography: Bonn/ Cambridge/Chester, 1987; pp 107–132
15. Chambers, J. L.; Stroud, R. M. Acta Crystallogr. 1979, B35, 1861–1874
16. Billeter, M. Q. Rev. Biophys. 1992, 25, 325–377
17. Chothia, C.; Lesk, A. M. EMBO J. 1986, 5, 823–826
18. Frauenfelder, H.; Hartmann, H.; Karplus, M.; Kuntz, I. D., Jr.; Kuriyan, J.; Parak, F.; Petsko, G. A.; Ringe, D.; Tilton, R. F., Jr.; Connolly, M. L.; Max, N. Biochemistry 1987, 26, 254–261
19. Karplus, M.; McCammon, J. A. Annu. Rev. Biochem. 1983, 52, 263–300
20. Weiner, P. K.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1981, 2, 287–303
21. Bash, P. A.; Pattabiraman, N.; Huang, C.; Ferrin, T. E.; Langridge, R. Science 1983, 222, 1325–1327
22. Richards, F. M. Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1977, 6, 151–176
23. Connolly, M. L. Science 1983, 221, 709–713
24. Kuntz, I. D.; Blaney, J. M.; Oatley, S. J.; Langridge, R.; Ferrin, T. E. J. Mol. Biol. 1992, 161, 269–288
25. Bartlett, P. A.; Shea, G. T.; Telfer, S. T.; Waterman, S. CAVEAT: A Program to Facilitate the Structure-derived Design of Biologically Active Molecules; Roberts, S. M., Ed.; Royal Society of Chemistry: London, 1989; pp 182–196
26. Allen, F. H.; Bellard, S.; Brice, M. D.; Cartwright, B. A.; Doubleday, A.; Higgs, H.; Hummelink, T.; Hummelink-Peters, B. G.; Kennard, O.; Motherwell, W. D. S.; Rodgers, J. R.; Watson, D. G. Acta Crystallogr., Sect. B 1979, B35, 2331–2339
27. Fisanick, W. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1990, 30, 145–154
28. Marshall, G. R.; Barry, C. D.; Bosshard, H. E.; Dammkoehler, R. A.; Dunn, D. A. The conformational parameter in drug design: The active analog approach. In Computer-Assisted Drug Design; Olson, E. C., Christoffersen, R. E., Eds.; American Chemical Society: Washington, DC, 1979; Vol. 112, pp 205–206
29. Allinger, N. L.; Yuh, Y. H.; Lii, J. J. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8551–8566
30. Rusinko, A.; Sheridan, R. P.; Nilakatan, R.; Haraki, K. S.; Bauman, N.; Venkataghavan, R. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1989, 29, 251–255
31. Dolata, D. P.; Leach, A. R.; Prout, K. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1987, 1, 73–85
32. Leach, A. R.; Prout, K. J. Comput. Chem. 1990, 11, 1193
33. Jorgensen, W. L.; Nguyen, T. B. J. Comput. Chem. 1993, 14, 195–205
34. Straatsma, T. P.; McCammon, J. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 1992, 43, 407–435
35. Daggett, V.; Kollman, P. A.; Kuntz, I. D. Biopolymers 1991, 31, 285–304
36. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Science 1992, 256, 213–217
37. Dill, K. A. Biochemistry 1990, 29, 7133–7155
38. Chothia, C. Nature 1974, 248, 338–339
39. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127–6129
40. Nichols, A.; Sharp, K. A.; Honig, B. Proteins 1991, 11, 281–296
41. Eisenberg, D.; McLachlan, A. D. Nature 1986, 319, 199–203
42. Ponder, J. W.; Richards, F. M. J. Mol. Biol. 1987, 193, 775–791
43. Wilson, C.; Mace, J. E.; Agard, D. J. Mol. Biol. 1991, 220, 495–506
44. Meng, E. C.; Shoichet, B. K.; Kuntz, I. D. J. Comput. Chem. 1992, 13, 505–524
45. Leach, A. R.; Kuntz, I. D. J. Comput. Chem. 1992, 13, 730–748
46. Shoichet, B. K.; Kuntz, I. D. Protein Eng., in press
47. Shoichet, B. K.; Kuntz, I. D. J. Mol. Biol. 1991, 221, 327–346
48. DesJarlais, R. L.; Seibel, G. L.; Kuntz, I. D.; Ortiz de Montellano, P. R.; Furth, P. S.; Alvarez, J. C.; DeCamp, D. L.; Babé, L. M.; Craik, C. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 6644–6648
49. Schoichet, B. K.; Stroud, R. M.; Santi, D. V.; Kuntz, I. D.; Perry, K. M. Science 1993, 259, 1445–1450
50. DesJarlais, R.; Sheridan, R. P.; Seibel, G. L.; Dixon, J. S.; Kuntz, I. D.; Venkataraghavan, R. J. Med. Chem. 1988, 31, 722–729
51. Shoichet, B. K.; Bodian, D. L.; Kuntz, I. D. J. Comput. Chem. 1992, 13, 380–397
52. Ho, C. M. W.; Marshall, G. R. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1993, 7, 3–22
53. Lawrence, M. C.; Davis, P. C. Proteins 1992, 12, 31–41
54. Goodford, P. J. J. Med. Chem. 1985, 28, 849–857
55. Bacon, D. J.; Moult, J. J. Mol. Biol. 1992, 225, 849–858
56. Kasinos, N.; Lilley, G. A.; Subbarao, N.; Haneef, I. Protein Eng. 1992, 5, 69–75
57. Smellie, A. S.; Crippen, G. M.; Richards, W. G. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 386
58. Yue, S. Y. Protein Eng. 1990, 4, 177–184
59. Connolly, M. L. Biopolymers 1985, 25, 1229–1247
60. Wodak, S. J.; Janin, J. J. Mol. Biol. 1978, 124, 323–342
61. Wodak, S. J.; De Crombrugghe, M.; Janin, J. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1987, 49, 29–63
62. Cherfils, J.; Duquerroy, S.; Janin, J. Proteins 1991, 11, 271–280
63. Jiang, F.; Kim, S. H. J. Mol. Biol. 1991, 219, 79–102
64. Wang, H. J. Comput. Chem. 1991, 12, 746
65. Moon, J. B.; Howe, J. W. Proteins 1991, 11, 314–328
66. Howe, W. J.; Moon, J. B. Preprint
67. Miranker, A.; Karplus, M. Proteins 1991, 11, 29–34
68. Hart, T. N.; Read, R. J. Proteins 1992, 13, 206–222
69. Lewis, R. A.; Roe, D. C.; Huang, C.; Ferrin, T. E.; Langridge, R.; Kuntz, I. D. J. Mol. Graphics 1992, 10, 66–78
70. Bohm, H. J. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1992, 6, 593–606
71. Goodsell, D. S.; Olson, A. J. Proteins 1990, 8, 195–202
72. Stoddard, B. L.; Koshland, D. E. Nature 1992, 358, 774–776
73. Caflisch, A.; Niederer, P.; Anlinker, M. Proteins 1992, 13, 223–230
74. Silver, M.; Go, H.; Strominger, J.; Wiley, D. Nature 1992, 360, 367–369
75. Rutenber, E.; Fauman, E. B.; Keenan, R. J.; Fong, S.; Furth, P. S.; Ortiz de Montellano, P. R.; Meng, E.; Kuntz, I. D.; DeCamp, D. L.; Salto, R.; Rosé, J. R.; Craik, C.; Stroud, R. M. J. Biol. Chem. 1993, 268, 15343–15346
76. Kerwin, S. M.; Kuntz, I. D.; Kenyon, G. L. Med. Chem. Res. 1991, 1, 361–368
77. Bodian, D. L.; Yamasaki, R. B.; Buswell, R. L.; Stearns, J. F.; White, J. M.; Kuntz, I. D. Biochemistry 1993, 32, 2967–2978
78. McGregor, M.; Cohen, F. E.; Kuntz, I. D. Unpublished results
79. Ring, C. S.; Sun, E.; McKerrow, J. H.; Lee, G. K.; Rosenthal, P. J.; Kuntz, I. D.; Cohen, F. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 3583–3587
80. Montgomery, J. A.; Niwas, S.; Rose, J. D.; Secrist, J. A.; Babu, Y. S.; Bugg, C. E.; Erion, M. D.; Guida, W. C.; Ealick, S. E. J. Med. Chem. 1993, 36, 55–69
81. Ghosh, A. K.; Thompson, W. J.; Lee, H. Y.; McKee, S. P.; Munson, P. M.; Duong, T. T.; Darke, P. L.; Zugay, J. A.; Emini, E. A.; Schleif, W. A.; Huff, J. R.; Anderson, P. S. J. Med. Chem. 1993, 36, 924–927
82. Lam, P. Y. S.; Jadhav, P. K.; Eyermann, C. J.; Hodge, C. N.; Ru, Y.; Bacheier, L. T.; Meek, J. L.; Otto, M. J.; Rayner, M. M.; Wong, Y. N.; Chang, C.-H.; Weber, P. C.; Jackson, D. A.; Sharpe, T. R.; Erickson-Viitanen, S. Science 1994, 263, 380–384