Density Functional Study for Stacking Energy of Cytosine Dimer: Ab initio MO Calculations Based on Slater-Type Basis Set

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 76, Issue 6, 2000, Pages 677-685

  Kurita, Noriyuki ^a   Araki, Masahiro ^b   Nakao, Kenji ^b   Kobayashi, Kinya ^c  

^a TOYOHASHI UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Japan)

^b UNIVERSITY OF TSUKUBA   (Japan)

^c HITACHI LTD   (Japan)

Author keywords

Ab initio molecular orbital calculation; Density functional theory; DNA base stacking energy; MP2 method; Slater type basis set

Indexed keywords

EID: 0000916453     PISSN: 00207608     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1097-461X(2000)76:6<677::AID-QUA1>3.0.CO;2-C     Document Type: Article

References (49)

1. Aida, M.; Nagata, C. Chem Phys Lett 1982, 86, 44-46.
2. Aida, M. J Theor Biol 1988, 130, 327-335.
3. Shinoda, T.; Shima, N.; Tsukada, M. J Theor Biol 1991, 151, 433-466.
4. Hobza, P.; Sponer, J.; Polasek, M. J Am Chem Soc 1995, 117, 792-798.
5. Hohenberg, P.; Kohn, W. Phys Rev 1964, 136, B864-871; Kohn, W.; Sham, L. J. Ibid. 1965, 140, A1133-1138.
6. Hohenberg, P.; Kohn, W. Phys Rev 1964, 136, B864-871; Kohn, W.; Sham, L. J. Ibid. 1965, 140, A1133-1138.
7. Møller, C.; Plesset, M. S. Phys Rev 1934, 46, 618-622.
8. Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J Comput Chem 1996, 17, 841-850.
9. Aamouche, A.; Ghomi, M.; Grajcar, L.; Baron, M. H.; Romain, F.; Baumruk, V.; Stepanek, J.; Coulombeau, C.; Jobic, H.; Berthier, G. J Phys Chem A 1997, 101, 10063-10074.
10. Kobayashi, K.; Kurita, N.; Tago, K. Phys Rev A 1996, 53, 1903-1906.
11. Kobayashi, K.; Kurita, N.; Kumahora, H.; Tago, K. Phys Rev B 1992, 45, 11299-11304.
12. Kobayashi, K.; Kurita, N.; Kumahora, H.; Tago, K.; Ozawa, K. Phys Rev B 1992, 45, 13690-13693.
13. Kurita, N.; Kobayashi, K.; Kumahora, H.; Tago, K.; Ozawa, K. J Phys Soc Jpn 1993, 62, 2279-2284.
14. Nakao, K.; Kurita, N.; Fujita, M. Phys Rev B 1994, 49, 11415-11420.
15. Inomata, D.; Kurita, N.; Suzuki, S.; Nakao, K. Phys Rev B 1995, 51, 4533-4540.
16. Kurita, N.; Kobayashi, K.; Kumahora, H.; Tago, K.; Ozawa, K. Chem Phys Lett 1992, 198, 95-99.
17. Kurita, N.; Kobayashi, K.; Kumahora, H.; Tago, K. Phys Rev B 1993, 48, 4850-4854.
18. Kobayashi, K.; Kurita, N. Phys Rev Lett 1993, 70, 3542-3544.
19. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T. A.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 94 (Revision B.3), Gaussian, Pittsburgh, 1995.
20. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98 (Revision A.1), Gaussian, Pittsburgh, 1998.
21. Perdew, J. P.; Wang, Y. Phys Rev B 1992, 45, 13244-13249.
22. Becke, A. D. Phys Rev A 1988, 38, 3098-3100.
23. Becke, A. D. J Chem Phys 1993, 98, 5648-5652.
24. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys Rev B 1988, 37, 785-789.
25. Miehlich, B.; Savin, A.; Stoll, H.; Preuss, H. Chem Phys Lett 1989, 157, 200-206.
26. Perdew, J. P.; Chevary, J. A.; Vosko, S. H.; Jackson, K. A.; Pederson, M. R.; Singh, D. J.; Fiolhais, C. Phys Rev B 1992, 46, 6671-6687; Ibid. 1993, 48, 4978(E).
27. Perdew, J. P.; Chevary, J. A.; Vosko, S. H.; Jackson, K. A.; Pederson, M. R.; Singh, D. J.; Fiolhais, C. Phys Rev B 1992, 46, 6671-6687; Ibid. 1993, 48, 4978(E).
28. Adamo, C.; Barone, V. Chem Phys Lett 1997, 274, 242-250.
29. van Duijneveldt, F. B.; van Duijneveldt-van de Rijdt, J. G. C. M.; van Lenthe, J. Chem Rev 1994, 94, 1873-1885.
30. Chalasinsky, G.; Szczesniak, M. M. Chem Rev 1994, 94, 1723-1765.
31. Perdew, J. P. Phys Rev B 1986, 33, 8822-8824.
32. Perdew, J. P.; Wang, Y. Phys Rev B 1986, 33, 8800-8802.
33. Perdew, J. P.; Zunger, A. Phys Rev B 1981, 23, 5048-5079.
34. Becke, A. D. J Chem Phys 1988, 88, 2547-2553.
35. Baerends, E. J.; Ellis, D. E.; Ros, P. Chem Phys 1973, 2, 41-51; Boerrigter, P. M.; Te Velde, G.; Baerends, E. J. Int J Quant Chem 1988, 33, 87-113.
36. Baerends, E. J.; Ellis, D. E.; Ros, P. Chem Phys 1973, 2, 41- 51; Boerrigter, P. M.; Te Velde, G.; Baerends, E. J. Int J Quant Chem 1988, 33, 87-113.
37. Delley, B.; J Chem Phys 1990, 92, 508-517.
38. Kurita, N.; Araki, M.; Nakao, K.; Kobayashi, K. Chem Phys Lett, to appear.
39. Sponer, J.; Hobza, P. J Chem Phys 1994, 98, 3161-3164.
40. Dunning, Jr., T. H. J Chem Phys 1989, 90, 1007-1023.
41. Arnott, S.; Dover, S. D.; Wonacott, A. J. Acta Cryst B 1969, 25, 2192-2206.
42. Kobayashi, K.; Kurita, N.; Kumahora, H.; Tago, K. Phys Rev A 1991, 43, 5810-5813.
43. Wesolowski, T. A.; Parisel, O.; Ellinger, Y.; Weber, J. J Phys Chem A 1997, 101, 7818-7825.
44. Alagona, G.; Ghio, C.; Giolitti, A.; Monti, S. Theor Chem Acc 1999, 101, 143-150.
45. Kendall, R. A.; Dunning, Jr., T. H.; Harrison, R. J. J Chem Phys 1992, 96, 6796-6806; Woon, D. E.; Dunning, Jr., T. H. J Chem Phys 1993, 98, 1358-1371.
46. Kendall, R. A.; Dunning, Jr., T. H.; Harrison, R. J. J Chem Phys 1992, 96, 6796-6806; Woon, D. E.; Dunning, Jr., T. H. J Chem Phys 1993, 98, 1358-1371.
47. Patton, D. C.; Pederson, M. R. Phys Rev A 1997, 56, 2495-2498.
48. Fan, L.; Ziegler, T. J Chem Phys 1991, 94, 6057-6063.
49. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys Rev Lett 1996, 77, 3865-3868.