Conformation and Dynamics of DNA and Protein-DNA Complexes by 31P NMR

Chemical Reviews

Volumn 94, Issue 5, 1994, Pages 1315-1338

  Gorenstein, David G ^a  

^a PURDUE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0000826192     PISSN: 00092665     EISSN: 15206890     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr00029a007     Document Type: Article

References (235)

1. Gorenstein, D. G. Phosphorus-31 NMR: Principles and Applications; Gorenstein, D. G., Ed.; Academic Press; Orlando, 1984; pp 1-604.
2. Gait, M. J. Oligonucleotide Synthesis: a Practical Approach; IRL Press; Oxford, 1984.
3. Scaringe, S. A.; Francklyn, C.; Usman, N. Nucleic Acids Res. 1990, 18, 5433-5441.
4. Feigon, J.; Leupin, W.; Denny, W. A.; Kearns, D. R. Biochemistry 1983, 22, 5943-5951.
5. Feigon, J.; Leupin, W.; Denny, W. A.; Kearns, D. R. Biochemistry 1983 22 5943-5951.
6. Hare, D. R.; Wemmer, D. E.; Chou, S. H.; Drobny, G.; Reid, B. J. Mol. Biol. 1983,171, 319.
7. Schroeder, S. A.; Fu, J. M.; Jones, C. R.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1987, 26, 3812-3821.
8. Kearns, D. R. Crit. Rev. Biochem. 1984, 15, 237-290.
9. Frechet, D.; Cheng, D. M.; Kan, L. S.; Ts'O, P. O. P. Biochemistry 1983, 22, 5194-5200.
10. Broido, M. A.; Zon, G.; James, T. L. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1984, 119, 663-670.
11. Scheek, R. M.; Boelens, R.; Russo, N.; van Boom, J. H.; Kaptein, R. Biochemistry 1984, 23, 1371-1376.
12. Schroeder, S.; Jones, C.; Fu, J.; Gorenstein, D. G. Bull. Magn. Reson. 1986, 8, 137-146.
13. Pardi, A.; Walker, R.; Rapoport, H.; Wider, G.; Wüthrich, J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 1652.
14. Lai, K.; Shah, D. O.; Derose, E.; Gorenstein, D. G. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1984, 121, 1021.
15. Gorenstein, D. G. Phosphorus-31 NMR: Principles and Applications; Gorenstein, D. G., Ed.; Academic Press; Orlando, 1984; pp 7-36.
16. Gorenstein, D. G. Annu. Rev. Biophys. Bioengin. 1981, 10, 355.
17. Gorenstein, D. G.; Findlay, J. B.; Momii, R. K.; Luxon, B. A.; Kar, D. Biochemistry 1976, 15, 3796-3803.
18. Gorenstein, D. G. Chem. Rev. 1987, 87, 1047-1077.
19. Gorenstein, D. G. DNA Structures, Methods in Enzymology; Lilley, D. M., Dahlberg, J. E., Eds.; Academic Press, Inc.: Orlando, FL, 1992; pp 254-286.
20. Gorenstein, D. G.; Schroeder, S. A.; Fu, J. M.; Metz, J. T.; Roongta, V. A.; Jones, C. R. Biochemistry 1988, 27, 7223-7237.
21. Powers, R.; Jones, C. R.; Gorenstein, D. G. J. Biomol. Struct. Dyn. 1990, 8, 253-294.
22. Sundaralingam, M. Biopolymers 1969, 7, 821-860.
23. Powers, R.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1990, 29, 9994-10008.
24. Nikonowicz, E. P.; Meadows, R. P.; Fagan, P.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1991, 30, 1323-1334.
25. Wisniowski, P.; Karslake, C.; Piotto, M. E.; et al. Structure & Function; Sarma, R. H., Sarma, M. H., Eds.; Adenine Press: Schenectady, NY, 1992; pp 17-54.
26. van de Ven, F. J. M.; Hilbers, C. W. Eur. J. Biochem. 1988, 178.
27. Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1983, 166, 419-441.
28. Dickerson, R. E.; Drew, H. R. J. Mol. Biol. 1981, 149, 761-786.
29. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure; Springer-Verlag: New York, 1984.
30. Kennard, O.; Hunter, W. N. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1991, 30, 1254-1277.
31. Rinkel, L. J.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Altona, C. Eur. J. Biochem. 1987, 163, 275-286.
32. Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Brunger, A. T.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1985, 186, 435-455.
33. Patel, D. J.; Kozlowski, S. A.; Bhatt, R. Proc. Natl. Acad. Sci. 1983, 80, 3908-3912.
34. Assa-Munt, N.; Kearns, D. R. Biochemistry 1984, 23, 791.
35. Patel, D. J.; Shapiro, L.; Hare, D. Biophys. Chem. 1987, 16, 423-454.
36. Landschulz, W. H.; Johnson, P. F.; McKnight, S. L. Science 1988, 240, 1759-1764.
37. Matthews, B. W. Nature 1988, 335, 294-295.
38. Klug, A.; Viswamitra, M. A.; Kennard, O.; Shakked, Z.; Steitz, T. A. J. Mol. Biol. 1979, 131, 669-680.
39. Wolberger, C.; Dong, Y.; Ptashne, M.; Harrison, S. C. Nature 1988, 335, 789-795.
40. Jordan, S. R.; Pabo, C. O. Science 1988, 242, 893-899.
41. Otwinowski, Z.; Schevitz, R. W.; Zhang, R. G.; Lawson, C. L.; Joachimiak, A.; Marmorstein, R. Q.; Luisi, B. F.; Sigler, P. B. Nature 1988, 335, 321.
42. Beamer, L. J.; Pabo, C. O. J. Mol. Biol. 1992, 227, 177-196.
43. Somers, W. S.; Phillips, S. E. V. Nature 1992, 359, 387-393.
44. Pavletich, N. P.; Pabo, C. O. Science 1993, 261, 1701-1707.
45. Staacke, D.; Walter, B.; Kisters-Woike, B.; Wilken-Bergmann, B.; Muller-Hill, B. EMBO J. 1990, 9, 1963-1967.
46. Marmorstein, R. Q.; Sprinzl, M.; Sigler, P. B. Biochemistry 1991, 30, 1141-1148.
47. Haran, T.E.; Joachimiak, A.; Sigler, P.B. EMBO J. 1992,11,3021-3030.
48. Schultz, S. C.; Shields, G. C.; Steitz, T. A. Science 1991, 253, 1001-1007.
49. Chen, C. W.; Cohen, J. S. Phosphorus-31: NMR Principles and Applications; Gorenstein, D. G., Ed.; Academic Press, Inc.: Orlando, 1984; pp 233-263.
50. Gorenstein, D. G.; Meadows, R. P.; Metz, J. T.; Nikonowicz, E. P.; Post, C. B. Advances in Biophysical Chemistry; Bush, C. A., Ed.; JAI Press: Greenwich, 1990; pp 47-124.
51. Gorenstein, D. G.; Goldfield, E. M.Phosphorus-31 NMR: Principles and Applications; Gorenstein, D. G., Ed.; Academic Press: Orlando, 1984; pp 299-316.
52. Tsai, M. D. Phosphorus-31 NMR: Principles and Applications; Gorenstein, D. G., Ed.; Academic Press: Orlando, 1984; pp 175—197.
53. Hart, P. A. Phosphorus-31 NMR: Principles and Applications; Gorenstein, D. G., Ed.; Academic Press: Orlando, 1984; pp 317—347.
54. James, T. L. Phosphorus-31 NMR: Principles and Applications; Gorenstein, D. G., Ed.; Academic Press: Orlando, 1984; pp 349-400.
55. Harris, R. K. Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy; Pitman Books; London, 1983; pp 1-250.
56. Shindo, H. Phosphorus-31 NMR: Principles and Applications; Gorenstein, D. G., Ed.; Academic Press: Orlando, 1984.
57. Herzfeld, J.; Griffin, R. G.; Haberkorn, R. A. Biochemistry 1978, 17, 2711.
58. Kohler, S. J.; Klein, M. P. Biochemistry 1976, 15, 967.
59. Tutunjian, P.; Tropp, J.; Waugh, J. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 4848-4849.
60. Cheetham, A. K.; Clayden, N. J.; Dobson, C. M.; Jakeman, R. J. B. J. Chem. Soc. Chem. Commun. 1986, 195-197.
61. Ye, H.; Fung, B. M. J. Magn. Reson. 1983, 51, 313-317.
62. Letcher, J. H.; Van Wazer, J. R. J. Chem. Phys. 1966, 44, 815-529.
63. Letcher, J. H.; Van Wazer, J. R. Top. Phosphorus Chem. 1967, 5, 75-266.
64. Rajzmann, M.; Simon, J. C. Org. Magn. Reson. 1975, 7, 334-338.
65. Wolff, R.; Radeglia, V. R. Z. Phys. Chem. (Leipzig) 1980, 261, 726-744.
66. Weller, T.; Deininger, D.; Lochman, R. Z. Chem. 1981, 21, 105-106.
67. Bemard-Moulin, P.; Pouzard, G. J. Chim. Phys. 1979, 76, 708-713.
68. Chestnut, D. B. Phosphorus-31 NMR Spectroscopy in Stereochemical Analysis: Organic Compounds and Metal Complexes; Verkade, J. G., Quin, L. D., Eds.; VCH Publishers: Deerfield Beach, FL, 1987; pp 185-204.
69. Prado, F. R.; Geissner-Prettre, C.; Pullman, B.; Daudey, J. P. J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 1737-1742.
70. Giessner-Pettre, C.; Pullman, B.; Prado, F. R.; Cheng, D. M.; Ivomo, V.; Ts'O, P. O. Biopolymers 1984, 23, 377-388.
71. Gorenstein, D. G. J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 898-900.
72. Purdela, D. J. Magn. Reson. 1971, 5, 23-26.
73. Kumamoto, J.; Cox, J. R., Jr.; Westheimer, F. H. J. Am. Chem. Soc. 1956, 78, 4858-4860.
74. Blackburn, G. M.; Cohen, J. S.; Weatherall, I. Tetrahedron 1971, 27 2903-2912.
75. Martin, J.; Robert, J. B. Org. Magn. Reson. 1981, 15, 87-93.
76. Contractor, S. R.; Hursthouse, M. B.; Shaw, L. S.; Shaw, R. A.; Yilmaz, H. Personal communication.
77. Dutasta, J. P.; Robert, J. B.; Wiesenfeld, L. Phosphorus Chemistry; Quin, L. D., Verkade, J. G., Eds.; American Chemical Society: Washington, D.C., 1981; pp 581-584.
78. Smith, K. A.; Kirkpatrick, R. J.; Oldfield, E.; Henderson, D. M. Am. Mineral. 1983, 68, 1206.
79. Gorenstein, D. G.; Kar, D. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1975, 65, 1073-1080.
80. Gorenstein, D. G. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectroscop. 1983, 161, 1-98.
81. Prive, G. G.; Heinemann, U.; Chandrasegaran, S.; Kan, L.; Kopka, M. L.; Dickerson, R. E. Science 1987, 238, 498-504.
82. Gupta, G.; Bansal, M.; Sasisekharan, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1980, 77, 6486-6490.
83. Jain, S.; Sundaralingam, M. J. Biol. Chem. 1989, 264, 12780-12784.
84. Dickerson, R. E.; Goodsell, D. S.; Kopka, M. L.; Pjura, P. E. J. Biomol. Struct. Dyn. 1987, 5, 557-579.
85. Heinemann, U.; Mings, C. EMBO J. 1991, 10, 35-43.
86. Lemer, D. B.; Kearns, D. R. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 7612-7613.
87. Costello, A. J. R.; Glonek, T.; Van Wazer, J. R. J. Inorg. Chem. Soc. 1976, 15, 972-974.
88. Gorenstein, D. G.; Goldfield, E. M.; Chen, R.; Kovar, K.; Luxon, B. A. Biochemistry 1981, 20, 2141-2150.
89. Gorenstein, D. G. Jerusalem Symposium, NMR in Molecular Biology; Pullman, B., Ed.; D. Reidel Publishing Co.; 1978; pp 1-15.
90. Gorenstein, D. G.; Karslake, C.; Granger, J. N.; Cho, Y.; Piotto, M.E. Phosphorus Chemistry; Walsh, E. N., Griffith, E. J., Parry, R. W., Quin, L. D., Eds.; ACS Symposium Series; American Chemical Society: Washington, DC, 1992; pp 202-217.
91. Petersheim, M.; Mehdi, S.; Gerlt, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 439-440.
92. Connolly, B. A.; Eckstein, F. Biochemistry 1984, 23, 5523-5527.
93. Shah, D.O.; Lai, K.; Gorenstein, D. G. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 4302.
94. Fu, J. M.; Schroeder, S. A.; Jones, C. R.; Santini, R.; Gorenstein, D. G. J. Magn. Reson. 1988, 77, 577-582.
95. Joseph, A. P.; Bolton, P. H. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 437-439.
96. Cheng, D. M.; Kan, L. S.; Miller, P. S.; Leutzinger, E. E.; Ts'O, P. O. P. Biopolymers 1982, 21, 697-701.
97. Sklenár, V.; Miyashiro, H.; Zon, G.; Miles, H. T.; Bax, A. FEBS Lett. 1986, 208, 94-98.
98. Jones, C. R.; Schroeder, S. A.; Gorenstein, D. C. J. Magn. Reson. 1988 80 370-374.
99. Zagorski, M. G.; Norman, D. G. J. Magn. Reson. 1989, 83, 167-172.
100. Bearden, D. W.; Brown, L. R. Chem. Phys. Lett. 1989, 163, 432-436.
101. Morris, G. A.; Gibbs, A. J. Magn. Reson. 1991, 91, 444-449.
102. Artemov, D. Y. J. Magn. Reson. 1991, 91, 405-407.
103. Kellogg, G. W. J. Magn. Reson. 1992, 98, 176-182.
104. Kellogg, G. W.; Szewczak, A. A.; Moore, P. B. J. Am. Chem. Soc. 1992 114 2727-2728.
105. Hiroaki, H.; Uesugi, S. FEBS Lett. 1989, 244, 43-46.
106. Williamson, D.; Bax, A. J. Magn. Reson. 1988, 76, 174-177.
107. Chary, K. V. R.; Rastogi, V. K.; Govil, G. J. Magn. Reson. 1993, 102 81—83.
108. Kellogg, G. W.; Schweitzer, B. I. J. Biomol. 1993, 3, 577-595.
109. Nikonowicz, E. P.; Pardi, A. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 1082-1083.
110. Nikonowicz, E. P.; Pardi, A. Nature 1992, 355, 184-186.
111. Pardi, A.; Nikonowicz, E. P. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9202-9203.
112. Kessler, H.; Griesinger, C.; Zarbock, J.; Loosli, H.R. J. Magn. Reson. 1984, 57, 331-336.
113. Scheek, R. M.; Boelens, R.; Russo, N.; van Boom, J. H.; Kaptein, R. Biochemistry 1984, 23, 1371-1376.
114. Frey, M. H.; Leupin, W.; Sørensen, O. W.; Denney, W. A.; Ernst, R. R.; Wüthrich, Biopolymers 1985, 24, 2371-2380.
115. Schmieder, P.; Ippel, J. H.; Vandenelst, H.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Altona, C.; Kessler, H. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 4747-4751.
116. Sklenar, V.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 7525-7526.
117. Ragg, E.; Mondelli, R.; Garbesi, A.; Colonna, F. P.; Battistini, C.; Vioglio, S. Magn. Reson. Chem. 1989, 27, 640-646.
118. Roongta, V. A.; Jones, C. R.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1990, 29, 5245-5258.
119. Elantri, S.; Bittoun, P.; Mauffret, O.; Monnot, M.; Convert, O.; Lescot, E.; Fermandjian, S. Biochemistry 1993, 32, 7079-7088.
120. Lyubchenko, Y. L.; Shlyakhtenko, L. S.; Appella, E.; Harrington, R. E. Biochemistry 1993, 32, 4121-4127.
121. Lankhorst, P. P.; Haasnoot, C. A. G.; Erkelens, C.; Altona, C. J. Biomol. Struct. Dynam. 1984, 1, 1387-1405.
122. Hartmann, B.; Piazzola, D.; Lavery, R. Nucleic Acids Res. 1993, 21, 561-568.
123. Shakked, Z.; Rabinovitch, D. Prog. Biophys. Molec. Biol. 1986, 47, 159-195.
124. Chou, S. H.; Cheng, J. W.; Reid, B. R. J. Mol. Biol. 1992, 228, 138-155.
125. Nikonowicz, E. P.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1990, 29, 8845-8858.
126. Patel, D. J. Biochemistry 1974, 13, 2388-2395.
127. Schwalbe, H.; Samstag, W.; Engels, J. W.; Bermel, W.; Griesinger, C. J. Biomol. NMR 1993, 3, 479-486.
128. Gorenstein, D. G. Methods in Enzymology; James, T. L., Oppenheimer, N., Eds.; Academic Press, Inc.: San Diego, CA, 1989; pp 295-316.
129. Un, S.; Klein, M. P. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 5119-5124.
130. Gueron, M.; Shulman, R. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1975, 72, 3482-3485.
131. Gorenstein, D. G.; Goldfield, E. M. Mol. Cell. Biochem. 1982, 46, 97.
132. Gorenstein, D. G.; Luxon, B. A.; Findlay, J. B. Biochem. Biophys. Acta 1977, 475, 184-190.
133. Searle, M. S.; Lane, A. N. FEBS Lett. 1992, 297, 292-296.
134. Forster, M. J.; Lane, A. N. Eur. Biophys. J. 1990, 18, 347-355.
135. Mderfer, J. L.; Hazel, G. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 5925-5926.
136. Shindo, H.; Simpson, R. T.; Cohen, J. S. J. Biol. Chem. 1979, 254, 8125-8128.
137. Eckstein, F.; Jovin, T. M. Biochemistry 1983, 22, 4546-4550.
138. Chen, C. W.; Cohen, J. S.; Behe, M. Biochemistry 1983, 22, 2136-2142.
139. Patel, D. J.; Canuel, L. L.; Pohl, F. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1979, 76, 2508-2511.
140. Cohen, J. S.; Wooten, J. B.; Chatterjee, C. L. Biochemistry 1981, 20, 3049-3055.
141. Hall, K.; Cruz, P.; Tinoco, I., Jr.; Jovin, T. M.; van de Sande, J. H. Nature 1984, 311, 584-586.
142. Gorenstein, D. G.; Luxon, B. A.; Goldfield, E.; Lai, K.; Vegeais, D. Biochemistry 1982, 21, 580-589.
143. Rich, A.; Nordheim, A.; Wang, A. H. J. Ann. Rev. Biochem. 1984, 53, 791-846.
144. Drew, H.; Takano, T.; Tanaka, S.; Itakura, K.; Dickerson, R. E. Nature 1980, 286, 567-573.
145. Brennan, R. G.; Westhof, E.; Sundaralingam, M. J. Biomol. Struct. Dyn. 1986, 3, 649-663.
146. Sklenar, V.; Bax, A. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 2221-2222.
147. Patel, D. J.; Canuel, L. L. Proc. Natl. Acad. Sci. 1976, 73, 3343-3347.
148. Reinhardt, C. G.; Krugh, T. R. Biochemistry 1977, 16, 2890-2895.
149. Scott, E. V.; Jones, R. L.; Banville, D. L.; Zon, G.; Marzilli, L. G.; Wilson, W. D. Biochemistry 1988, 27, 915-923.
150. Sobell, H. M.; Jain, S. C. J. Mol. Biol. 1972, 68, 21-34.
151. Gorenstein, D. G.; Lai, K.; Shah, D. O. Biochemistry 1984, 23, 6717-6723.
152. Shieh, H. S.; Berman, H. M.; Dabrow, M.; Neidle, S. Nucleic Acids Res. 1980, 8, 85-97.
153. Goldfield, E. M.; Luxon, B. A.; Bowie, V.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1983, 22, 3336.
154. Patel, D. J. Acc. Chem. Res. 1979, 12, 118-125.
155. Wilson, W.D.; Jones, R.L. Nucleic Acids Res. 1982, 10, 1399-1410.
156. Wilson, W. D.; Keel, R. A.; Mariam, Y. H. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 6267-6269.
157. Lai, K.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1989, 28, 2804-2812.
158. Schroeder, S. A.; Roongta, V.; Fu, J. M.; Jones, C. R.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1989, 28, 8292-8303.
159. Ott, J.; Eckstein, F. Biochemistry 1985, 24, 2530-2535.
160. Fratini, A. V.; Kopka, M. L.; Drew, H. R.; Dickerson, R. E. J. Biol. Chem. 1982, 257, 14686-14707.
161. Calladine, C. R. J. Mol. Biol. 1982, 161, 343-352.
162. Sarai, A.; Mazur, J.; Nussinov, R.; Jemigan, R. L. Biochemistry 1988, 27, 8498-8502.
163. Baleja, J. D.; Pon, R. T.; Sykes, B. D. Biochemistry 1990, 29, 4828-4839.
164. Nilges, M.; Clore, G. M.; Gronenbom, A. M.; Piel, N.; McLaughlin, L. W. Biochemistry 1987, 26, 3734-3744.
165. Powers, R.; Olsen, R. K.; Gorenstein, D. G. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 7, 515-556.
166. Lefevre, J. F.; Lane, A. N.; Jardetzky, O. Biochemistry 1987, 26, 5076-5090.
167. Heinemann, U.; Mings, C. J. Mol. Biol. 1989, 210, 369-381.
168. Nikonowicz, E. P.; Meadows, R. P.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1990, 29, 4193-4204.
169. Pardi, A.; Hare, D. R.; Wang, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 8785-8789.
170. Kaluarachchi, K.; Meadows, R. P.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1991, 30, 8785-8797.
171. Ott, J.; Eckstein, F. Biochemistry 1985, 24, 253.
172. Connolly, B. A.; Eckstein, F. Biochemistry 1984, 23, 5523-5527.
173. Ott, J.; Eckstein, F. Nucleic Acids Res. 1985, 13, 6317-6330.
174. Deslongchamps, P.; Atlani, P.; Frehel, D.; Malaval, A.; Moreau, C. Can. J. Chem. 1974, 52, 3651.
175. Kollman, P.; Keepers, J. W.; Weiner, P. Biopolymers 1982, 21, 2345.
176. Post, C. B.; Meadows, R. P.; Gorenstein, D. G. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6796-6803.
177. Nikonowicz, E. P.; Meadows, R.; Post, C.; Jones, C.; Gorenstein, D. G. Bull. Magn. Reson. 1989, 11, 226-229.
178. Gorenstein, D. G. Organophosphorus Chemistry; Marcel Dekker, Inc.: New York, 1993.
179. Boelens, R.; Koning, T. M. G.; Kaptein, R. J. Mol. Struct. 1988, 173, 299-311.
180. Boelens, R.; Koning, T. M. G.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Kaptein, R. J. Magn. Reson. 1989, 82, 290-308.
181. Borgias, B. A.; James, T. L. J. Magn. Reson. 1990, 87, 475-487.
182. Benevides, J. M.; Wang, A. H. J.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Thomas, G. J., Jr. Biochemistry 1988, 27, 931-938.
183. Yanagi, K.; Prive, G. G.; Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1991, 217, 201-214.
184. Nikonowicz, E. P.; Roongta, V.; Jones, C. R.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1989, 28, 8714-8725.
185. Patel, D. J.; Kozlowski, S. A.; Ikuta, S.; Itakura, K. Biochemistry 1984, 23, 3207-3217.
186. Patel, D. J.; Kozlowski, S. A.; Ikuta, S.; Itakura, K. Biochemistry 1984, 23, 3218-3226.
187. Kalnik, M. W.; Norman, D. G.; Zagorski, M. G.; Swann, P. F.; Patel, D. J. Biochemistry 1989, 28, 294-303.
188. Hare, D.; Shapiro, L.; Patel, D. J. Biochemistry 1986, 25, 7456-7464.
189. Chen, F. M. Biochemistry 1990, 29, 7684-7690.
190. Chou, S. H.; Cheng, J. W.; Fedoroff, O. Y.; Chuprina, V. P.; Reid, B. R. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 3114-3115.
191. Lane, A.; Martin, S. R.; Ebel, S.; Brown, T. Biochemistry 1992, 31, 12087-12095.
192. Kaluarachchi, K.; Gorenstein, D. G. Manuscript in preparation, 1994.
193. Grzeskowiak, K.; Yanagi, K.; Prive, G. G.; Dickerson, R. E. J. Biol. Chem. 1991, 266, 8861-8883.
194. Mauffret, O.; Hartmann, B.; Convert, O.; Lavery, R.; Fermandjian, S. J. Mol. Biol. 1992, 227, 852-875.
195. Withka, J. M.; Swaminathan, S.; Beveridge, D. L.; Bolton, P. H. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5041-5049.
196. Brahms, S.; Fritsch, V.; Brahms, J. G.; Westhof, E. J. Mol. Biol. 1993.
197. Baleja, J. D.; Germann, M. W.; van de Sande, J. H.; Sykes, B. D. J. Mol. Biol. 1990, 215, 411-428.
198. Karslake, C.; Schroeder, S.; Wang, P. L.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1990, 29, 6578-6584.
199. Karslake, C.; Botuyan, M. V.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1992, 31, 1849-1858.
200. Gilbert, W.; Gralla, J.; Major, J.; Maxam, A. Protein-Ligand Interactions; de Gruyter: Berlin, 1975; pp 270-288.
201. Lehming, N.; Sartorius, J.; Oehler, S.; von Wilcken-Bergmann, B.; Müller-Hill, B. Proc. Natl. Acad. Sci. 1988, 85, 7947-7951.
202. Lehming, N.; Sartorius, J.; Kisters-Woike, B.; von Wilcken-Bergmann, B.; Müller-Hill, B. EMBO J. 1990, 9, 615-621.
203. Caruthers, M. H. Acc. Chem. Res. 1980, 13, 155-160.
204. Ptashne, M. A Genetic Switch; Cell Press: Cambridge, MA, 1986.
205. Wharton, R. P.; Ptashne, M. Nature 1985, 316, 601-605.
206. Wharton, R. P.; Ptashne, M. Nature 1987, 326, 888.
207. Betz, J. L. Gene 1986, 42, 283-292.
208. Betz, J. L. J. Mol. Biol. 1987, 195, 495-504.
209. Ebright, R. H. Protein Structure Folding and Design; Oxender, D., Ed.; Alan R. Liss: New York, 1986; pp 207-219.
210. Eisenbeis, S. J.; Nasoff, M. S.; Noble, S. A.; Bracco, L. P.; Dodds, D. R.; Caruthers, M. H. Proc. Natl. Acad. Sci. 1985, 82, 1084-1088.
211. Koudelka, G. B.; Harrison, S. C.; Ptashne, M. Nature 1987, 326, 886.
212. Lehming, N.; Sartorius, J.; Niemoller, M.; Genenger, G.; von Wilcken-Bergmann, B.; Müller-Hill, B. EMBO J. 1987, 6, 3145-3153.
213. Adler, K.; Beyreuther, K.; Fanning, E.; Geisler, N.; Gronenborn, B.; Klemm, A.; Müller-Hill, B.; Pfahl, M. Nature (London) 1972, 72, 322-327.
214. Wade-Jardetzky, N.; Bray, R. P.; Conover, W. W.; Jardetzky, O.; Geisler, N.; Weber, K. J. Mol. Biol. 1979, 128, 259-264.
215. Buck, F.; Rüterjans, H.; Beyreuther, K. FEBS Lett. 1978, 96, 335-338.
216. Wemmer, D.; Kallenbach, N. R. Biochemistry 1983, 22, 1901-1906.
217. Zuiderweg, F.; Scheek, R.; Boelens, R.; van Gunsteren, R.; Kaptein, R. Biochemie 1985, 67, 707-715.
218. Simons, A.; Tils, D.; von Wilcken-Bergmann, B.; Müller-Hill, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1984, 81, 1624-1628.
219. Sadler, J. R.; Sasmor, H.; Betz, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1983, 80, 6785-6789.
220. Betz, J.; Sasmor, H.; Buck, F.; Insley, M.; Caruthers, M. Gene 1986, 50, 123-132.
221. Botuyan, M. V.; Keire, D. A.; Kroen, C.; Gorenstein, D. G. Biochemistry 1993, 32, 6863-6874.
222. Karslake, C.; Wisniowski, P.; Spangler, B. D.; Moulin, A. C.; Wang, P. L.; Gorenstein, D. G. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 4003-4005.
223. de Vlieg, J.; Berendsen, H. J. C.; van Gunsteren, W. F. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1989, 6, 104-127.
224. Boelens, R.; Scheek, R. M.; van Boom, J. H.; Kaptein, R. J. Mol. Biol. 1987, 193, 213-234.
225. Donlan, M. E.; Lu, P. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 525-532.
226. Cheung, S.; Arndt, K.; Lu, P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1984, 81, 3665-3669.
227. Patel, D. J.; Shapiro, L.; Hare, D. Q. Rev. Biophys. 1987, 20, 35-112.
228. Barber, A. M.; Zhurkin, V. B. J. Biomol. Struct. Dyn. 1990, 8, 213-232.
229. Page, M. I.; Jencks, W. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1971, 68, 1678-1683.
230. Pearlman, D. A.; Kollman, P. A. J. Mol. Biol. 1991, 220, 457-479.
231. Brown, I. D.; Shannon, R. D. Acta Crystallogr. Sect. A: Cryst. Phys. Diffr. Theor. Gen. Crystallogr. 1973, 29, 226.
232. Jurnak, F. A.; McPherson, A. Biological Macromolecules and Assemblies; John Wiley and Sons: New York, 1984; pp 471-494.
233. Pjura, P. E.; Grezeskowiak, K.; Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1987, 197, 257-271.
234. Hunter, W. N.; Brown, T.; Kneale, G.; Anand, N. N.; Rabinovich, D.; Kennard, O. J. Biol. Chem. 1987, 262, 9962-9970.
235. Delepierre, M.; Van Heijenoort, C.; Igolen, J.; Pothier, J.; Le Bret, M.; Roques, B. P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 7, 557-589.