High-resolution structure (1.33 Å) of a HEW lysozyme tetragonal crystal grown in the APCF apparatus. Data and structural comparison with a crystal grown under microgravity from spaceHab-01 mission

Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography

Volumn 52, Issue 3, 1996, Pages 505-517

  Vaney, M C ^a   Maignan, S ^a   Ries Kautt M ^a   Ducruix, A ^a  

^a UNIVERSITÉ PARIS SACLAY   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0000695363     PISSN: 09074449     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S090744499501674X     Document Type: Article

References (87)

1. Abola, E. E., Bernstein, F. C., Bryant, S. H., Koetzle, T. F. & Weng, J. (1987). Crystallographic Databases - Information Content, Software Systems, Scientific Applications, edited by F. H. Allen, G. Bergerhoff & R. Sievers, pp. 107-132 Bonn/Cambridge/Chester: IUCr.
2. Artymiuk, P. J., Blake, C. C. F., Rice, D. W. & Wilson K. S. (1982). Acta Cryst. B38, 778-783.
3. Ataka, M. & Asai, M. (1988). J. Cryst. Growth, 90, 86-93.
4. Baudet-Nessler, S., Jullien, M., Crosio, M.-P. & Janin, J (1993). Biochemistry, 32, 8457-8464.
5. Beddell, C. R., Blake, C. C. F. & Oatley, S. J. (1975). J. Mol. Biol. 97, 643-654.
6. Bell, J. A., Wilson, K. P., Zhang, X.-J., Faber, H. R., Nicholson, H. & Matthews, B.W. (1991). Proteins Struct. Funct. Genet. 10, 10-21.
7. Bernstein, F. C., Koetzle, T. F., Williams, G. J. B., Meyer, E. F., Brice, M. D., Rodgers, J. R., Kennard, O., Shimanouchi, T. & Tasumi, M. (1977). J. Mol. Biol. 112, 535-542.
8. Berthou, J., Lifchitz, A., Artymiuk, P. & Jollès, P. (1983). Proc. R. Soc. London Ser. B, 217, 471-489.
9. Black, C. B., Huang, H. W. & Cowan, J. A. (1994). Coordination Chem. Rev., 135/136, 165-202.
10. Blake, C. C. F., Fenn, R. H., North, A. C. T., Phillips, D. C. & Poljak, R. J. (1962). Nature (London), 196, 1173-1176.
11. Blake, C. C. F., Johnson, L. N., Mair, G. A., North, A. C. T., Phillips, D. C. & Sarma, V. R. (1967). Proc. R. Soc. London Ser. B, 167, 378-388.
12. Blake, C. C. F., Koening, D. F., Mair, G. A., North, A. C. T., Phillips, D. C. & Sarma, V. (1965). Nature (London), 206, 757-761.
13. Blake, C. C. F., Mair, G., North, A. C. T., Phillips, D. C. & Sarma, V. R. (1967). Proc. R. Soc. London Ser. B, 167, 365-377.
14. Bolin, J. T., Filman, D. J., Matthews, D. A., Hamlin, R. C. & Kraut, J. (1982). J. Biol. Chem. 257, 13650-13662.
15. Bosch, R., Lautenschlager, P., Potthast, L. & Stapelmann, J. (1992). J. Cryst. Growth, 122, 310-316.
16. Broutin, L, Riès-Kautt, M. & Ducruix, A. (1996). In preparation.
17. Brünger, A. T. (1992a). Nature (London), 355, 472-475.
18. Brünger, A. T. (1992b). X-PLOR Manual. Version 3.1. A System for X-ray Crystallography and NMR. New Haven and London: Yale University Press.
19. Buisson, G., Duée, E., Haser, R. & Payan, F. (1987). EMBO J. 6, 3909-3916.
20. Cesario, M., Guilhem, J., Lehn, J.-M., Méric, R., Pascard, C. & Vigneron, J.-P. (1993). J. Chem. Soc. 6, 540-543.
21. Cheetham, J. C., Artymiuk, P. J. & Phillips, D. C. (1992). J. Mol. Biol. 224, 613-628.
22. Chevrier, B., Dock, A. C., Hartmann, B., Leng, M., Moras, D., Thuong, M. T. & Westhof, E.-(1986). J. Mol. Biol. 188, 707-719.
23. Collaborative Computational Project, Number 4 (1994). Acta Cryst. D50, 760-763.
24. DeMattei, R. C. & Feigelson, R. S. (1992). J. Cryst. Growth, 122, 21-30.
25. Diamond, R. (1974). J. Mol. Biol. 82, 371-391.
26. Eneh R. A. & Huber, R. (1991). Acta Cryst. A47, 392-100.
27. Feher G. & Kam, Z. (1985). Methods Enzymol. 114, 77-112.
28. Forsythe, E. & Pusey, M. L. (1994). J. Cryst. Growth, 139, 89-94.
29. Fourme, R., Dhez, P., Benoit, J.-P., Kahn, R., Dubuisson, J.-M., Besson, P. & Frouin, J. (1992). Rev. Sci. Instrum. 63, 982-987.
30. Guilloteau, J.-P., Riès-Kautt, M. M. & Ducruix, A. F. (1992). J. Cryst. Growth, 122, 223-230.
31. Hadfield, A. T., Harvey, D. J., Archer, D. B., MacKenzie, D. A Jeenes, D. J., Radford, S. E., Lowe, G., Dobson, C. M. & Johnson, L. N. (1994). J. Mol. Biol. 243, 856-872.
32. Harata, K. (1993). Acta Cryst. D49, 497-504.
33. Harata, K. (1994). Acta Cryst. D50, 250-257.
34. Harata, K. & Muraki, M. (1995). Acta Cryst. D51, 718-724.
35. Herzberg, O. & Sussman, J. L. (1983). J. Appl. Cryst. 16, 144-150.
36. Hill, C. P., Johnston, N. L. & Cohen, R. E. (1993). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 90, 4136-4140.
37. Hodsdon, J. M., Brown, G. M., Sieker, L. C. & Jensen, L. H. (1990). Acta Cryst. B46, 54-62.
38. Houdusse, A., Bentley, G. A., Poljak, R. J., Souchon, H. & Zhang, Z. (1996). In preparation.
39. Howard, S. B., Twigg, P. J., Baird, J. K. & Meehan, E. J. (1988). J. Cryst. Growth, 90, 94-104.
40. Howell, P. L. (1995). Acta Cryst. D51, 654-662.
41. Howell, P. L., Almo, S., Parsons, M. R., Hadju, J. & Petsko, G. A. (1992). Acta Cryst. B48, 200-207.
42. Janin, J., Wodak, S., Levitt, M. & Maigret, B. (1978). J. Mol. Biol. 125, 357-386.
43. Kavanaugh, J. S., Rogers, P. H., Case, D. A. & Armone, A. (1992). Biochemistry 31, 4111-4121.
44. Kelly, J. A., Sielecki, A. R., Sykes, B. D., James, M. N. G. & Phillips, D. C. (1979). Nature (London), 282, 875-878.
45. Kodandapani, R., Suresh, C. G. & Vijayan, M. (1990). J. Biol. Chem. 265, 16126-16131.
46. Kraulis, P. J. (1991). J. Mol. Biol 227, 9-14.
47. Kundrot, C. E. & Richards, F. M. (1987). J. Mol. Biol. 193, 157-170.
48. Kurachi, K., Siecker, L. C. & Jensen, L. H. (1976). J. Mol. Biol. 101, 11-24.
49. Kurinov, I. V. & Harrison, R. W. (1995). Acta Cryst. D51, 98-109.
50. Larson, S. B., Greenwood, A., Cascio, D., Day, J. & McPherson, A. (1994). J. Mol. Biol. 235, 1560-1584.
51. Laskowski, R. A., MacArthur, M. W., Moss, D. S. & Thornton, J. M. (1993). J. Appl. Cryst. 26, 283-291.
52. Lescar, J., Souchon, H. & Alzari, P. M. (1994). Protein Sci. 3, 788-798.
53. Leslie, A. G. W. (1987). Computational Aspects of Protein Crystal Data Analysis, Proceedings of the Daresbury Study Weekend, pp. 39-50, Daresbury, Warrington: Daresbury Laboratory.
54. Lumb, K. J., Cheetham, J. C. & Dobson, C. M. (1994). J. Mol. Biol. 235, 1072-1087.
55. Luzzati, P. V. (1952). Acta Cryst. 5, 802-810.
56. Madhusudan, Kodandapani, R. & Vijayan, M. (1993). Acta Cryst. D49, 234-245.
57. Maenaka, K., Matsushima, M., Song, H., Sunada, F., Watanabe, K. & Kumagai, I. (1996). In preparation.
58. Mikol, V., Hirsch, E. & Giegé, R. (1990). J. Mol. Biol. 213, 187-195.
59. Monaco, L. A. & Rosenberger, F. (1993). J. Cryst. Growth, 129, 465-484.
60. Moult, J., Yonath, A., Traub, W., Smilansky, A., Podjarny, A., Rabinovich, D. & Saya, A. (1976). J. Mol. Biol. 100, 179-195.
61. Nicholson, H., Becktel, W.J. & Matthews, B.W. (1988). Nature (London), 336, 651-656.
62. Parsons, M. R. & Phillips, S. E. V. (1988). Protein Data Bank, entry code 2LZ2.
63. Perkins, S. T., Johnson, L. N., Machin, P. A. & Phillips, D. C. (1978). Biochem. J. 173, 607-616.
64. Phillips, D. C. (1966). Sci. Am. 215, 78-90.
65. Phillips, D. C. (1967). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 57, 484-495.
66. Pike, A. C. W. & Acharya, K. R. (1994). Protein Sci. 3, 706-710.
67. Post, C. B., Brooks, B. R., Karplus, M., Dobson, C. M., Artymiuk, P. J., Cheetham, J. C. & Phillips, D. C. (1986). J. Mol. Biol. 190, 455-479.
68. Post, C. B., Dobson, C. M. & Karplus, M. (1989). Proteins Struct. Funct. Genet. 5, 337-354.
69. Qian, M., Haser, R. & Payan, F. (1993). J. Mol. Biol. 231, 785-799.
70. Ramachandran, G. N. & Sasisekharan, V. (1968). Adv. Protein Chem. 23, 283-437.
71. Ramanadham, M., Sieker, L. C. & Jensen, L. H. (1990). Acta Cryst. B46, 63-69.
72. Rao, S. T., Hogle, J. & Sundaralingam, M. (1983). Acta Cryst. C39, 237-240.
73. Retailleau, P., Riès-Kautt, M. & Ducruix, A. (1996). In preparation.
74. Riès-Kautt, M., Broutin, I., Ducruix, A., Shephard, W., Kahn, R., Lorber, B., Theobald, A., Giegé, R., Chayen, N., Blow, D., Paal, K. & Littke, W. (1996). In preparation.
75. Riès-Kautt, M. M. & Ducruix, A. F. (1989). J. Biol. Chem. 264, 745-748.
76. Riès-Kautt, M. M., Ducruix, A. F. & Van Dorsselaer, A. (1994). Acta Cryst. D50, 366-369.
77. Roussel, A. & Cambillau, C. (1989). Silicon Graphics Geometry Partner Directory, Silicon Graphics, Mountain View, CA, USA.
78. Rypniewski, W. R., Holden, H. M. & Rayment, I. (1993). Biochemistry 32, 9851-9858.
79. Sarma, R. & Bott, R. (1977). J. Mol. Biol. 113, 555-565.
80. Shin, P., Holland, D. R. & Kirsch, J. F. (1996). In preparation.
81. Sibille, L. & Pusey, M. L. (1994). Acta Cryst. D50, 393-397.
82. Smith, L. J., Sutcliffe, M. J., Redfield, C. & Dobson, C. M. (1993). J. Mol. Biol. 229, 930-944.
83. Strynadka, N. C. J. & James, M. N. G. (1991). J. Mol. Biol. 220, 401-424.
84. Turner, M. A. & Howell, P. L. (1995). Protein Sci. 4, 442-449.
85. Wilson, K. P., Malcolm, B. A. & Matthews, B. W. (1992). J. Biol. Chem. 267, 10842-10849.
86. Young, A. C. M., Dewan, J. C., Nave, C. & Tilton, R. F. (1993). J. Appl. Cryst. 26, 309-319.
87. Young, A. C. M., Tilton, R. F. & Dewan, J. C. (1994). J. Mol. Biol. 235, 302-317.