Interaction between Aromatic Residues. Molecular Dynamics and ab Initio Exploration of the Potential Energy Surface of the Tryptophan-Histidine Pair

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 104, Issue 5, 2000, Pages 1108-1114

  Gervasio, Francesco Luigi ^a,c   Procacci, Piero ^a,c   Cardini, Gianni ^a,c   Guarna, Antonio ^a   Giolitti, Alessandro ^b   Schettino, Vincenzo ^a,c  

^a UNIVERSITY OF FLORENCE   (Italy)

^b Menarini Ricerche SpA   (Italy)

^c UNIVERSITY OF FLORENCE   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0000596518     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp992208g     Document Type: Article

References (33)

1. Evans, D. A.; Chapman, K. T.; Hung, D. T.; Kawaguchi, A. T. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1987, 26, 1184.
2. Muehldorf, A. V.; Engen, D. V.; Warner, J. C.; Hamilton, A. D. J. Am Chem. Soc. 1988, 29, 5255.
3. Hobza, P.; Sezle, H. L.; Shlag, E. W. J. Phys. Chem. 1996 100, 18790-18794.
4. Hall, D.; Williams, D. E. Acta Crystallogr. 1975, A31, 56.
5. Kratochvil, M.; Engkvist, O.; Sponer, J.; Jungwirth, P.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1998, 102, 6921-6926.
6. Dewar, M. J. S.; Thiel, W. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 4899.
7. Stewart, J. J. P. J. Comput. Chem. 1989, 10, 209.
8. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902.
9. Hobza, P.; Kabelac, M.; Sponer, J.; Mejzlik, P.; Vondrasek, J. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1136-1150.
10. Hobza, P.; Hubalek, F.; Kabelac, M.; Mejzlik, P.; Sponer, J.; Vondrasek, J. Chem. Phys. Lett. 1996, 257, 31-35.
11. Alagona, G.; Ghio, C.; Monti, S. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1998, 433, 203-216.
12. Alagona, G.; Ohio, C.; Monti, S. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6152-6160.
13. Mitchell, J. B. O.; Nandi, C. L.; McDonald, I. K.; Thornton, J. M.; Price, S. L. J. Mol. Biol. 994, 259, 315-331.
14. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollmann, P. A. J. Am. Chem. Soc 1995, 117, 5179-5197.
15. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellot, M.; Dunbrack, R. L. Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; III, W. E. R.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, W.; Wiorkiewicz-Kunczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
16. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280.
17. Procacci, P.; Darden, T. A.; Paci, E.; Marchi, M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1848-1862.
18. Press, W. H.; Flannery, B. P.; Teukolsky, S. A.; Vetterling, W. T. Numerical Recipes; Cambridge University Press: Cambridge, MA, 1986.
19. Brocchieri, L.; Karlin, S. Proc. Natkl. Acad. Sci. USA. 1994, 91, 9297-9301.
20. Burley, S. K.; Petsko, G. A. Science 1985, 229, 23.
21. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery Jr., J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, Revision A. 3; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
22. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
23. van Duijneveldt, F. B.; van Duijneveldt van de Rijdt, J. G. C. M.; van Lenthe, J. H. Chem. Rev. 1994, 94, 1873.
24. Bukowski, R.; Jeziorski, B.; Szalewicz, K. J. J. Chem. Phys. 1996, 104, 3306.
25. Hobza, P.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. Chem. Rev. 1994, 94, 1767-1785.
26. Sponer, J.; Leszczyncki, J.; Hobza, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 14, 117-135.
27. Johnson, R. C.; Power, T. D.; Holt, J. S.; Immaraporn, B.; Monat, J. E.; Sisoko, A. A.; Yanik, M. M.; Zagordny, A. V.; Cybulski, S. M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 18875.
28. Hobza, P.; Sponer, J.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. 1997, 101B, 8038-8039.
29. Davidson, E. R. Chem. Phys. Lett. 1996, 260, 514.
30. Kroon-Batenburg, L. M. J.; van Duijneveldt, F. B. J. J. Mol. Struct. 1985, 121, 185.
31. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. GAMESS version 6 MAY 1998; Iowa State University, 1998.
32. Hellwege, K. H. Landolt-Bornstein, Numerical Data and functional Relationships in Science and Tecnology; Springer-Verlag: Heidelberg, 1974.
33. Caminati, W.; Bernardo, S. D. J. Mol. Struct. 1990, 240, 253-262.