Salt dependence of the free energy, enthalpy, and entropy of nonsequence specific DNA binding

Journal of Physical Chemistry

Volumn 100, Issue 44, 1996, Pages 17690-17695

  Lundbäck, Thomas ^a   Härd, Torleif ^b  

^a KAROLINSKA INSTITUTE   (Sweden)

^b ROYAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0000162429     PISSN: 00223654     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp9614613     Document Type: Article

References (52)

1. For reviews see: (a) Record, M. T.; Anderson, C. F.; Lohman, T. M. Q. Rev. Biophys. 1978, 11, 103-178.
2. (b) Record, M. T.; Ha, J.-H.; Fisher, M. A. Meth. Enzymol. 1991, 208, 291-343.
3. (c) Anderson, C. F.; Record, M. T. Annu. Rev. Phys. Chem. 1995, 46, 657-700.
4. (a) Poliakow, M. C.; Champagne, M. H.; Daune, M. P. Eur. J. Biochem. 1972, 26, 212-219.
5. (b) deHaseth, P. L.; Lohman, T. M.; Record, M. T. Biochemistry 1977, 16, 4783-4790.
6. (c) Barkley, M. D.; Lewis, P. A.; Sullivan, G. E. Biochemistry 1981, 20, 3842-3851.
7. (d) Jen-Jacobsen, L.; Kurpiewski, M.; Lesser, D.; Grable, J.; Boyer, H. W.; Rosenberg, J. M.; Greene, P. J. J. Biol. Chem. 1983, 258, 14638-14646.
8. (e) Leirmo, S.; Harrison, C.; Cayley, D. S.; Burgess, R. R.; Record, M. T. Biochemistry 1987, 26, 2095-2101.
9. (f) Martin, K. J.; Schleif, R. F. J. Mol. Biol. 1987, 195, 741-744.
10. (g) Griep, M. A.; McHenry, C. S. J. Biol. Chem. 1989, 264, 11294-11301.
11. (h) Prince, W. S.; Villarejo, M. R. J. Biol. Chem. 1990, 265, 17673-17679.
12. (i) Koblan, K. S.; Ackers, G. K. Biochemistry 1991, 30, 7822-7827.
13. (j) Senear, D. R; Batey, R. Biochemistry 1991, 30, 6677-6688.
14. (k) Ha, J.-H.; Capp, M. W.; Hohenwalter, M. D.; Baskerville, M.; Record, M. T. J. Mol. Biol. 1992, 228, 252-264.
15. (l) Menetski, J. P.; Varghese, A.; Kowalczykowski, S. C. J. Biol. Chem. 1992, 267, 10400-10404.
16. Braunlin, W. H.; Strick, T. J.; Record, M. T. Biopolymers 1982, 21, 1301-1314.
17. obs.
18. (a) Chaires, J. B. Biopolymers 1985, 24, 403-419.
19. (b) Breslauer, K. J.; Remeta, D. P.; Chou, W.-Y.; Ferrante, R.; Curry, J.; Zaunczkowski, D.; Snyder, J. G.; Marky, L. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 8922-8926.
20. (c) Chou, W. Y.; Marky, L. A.; Zaunczkowski, D.; Breslauer, K. J. J. Biomol. Struct. Dyn. 1987, 5, 345-359.
21. (d) Marky, L. A.; Breslauer, K. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1987, 84, 4359-4363.
22. (e) Wilson, W. D.; Tanious, F. A.; Barton, H. J.; Jones, R. L.; Fox, K.; Wydra, R. L.; Strekowski, L. Biochemistry 1990, 29, 8452-8461.
23. (f) Barcelo, F.; Miro, A. Int. J. Biol. Macromol. 1991, 13, 235-240.
24. Overman, L. B.; Bujalowski, W.; Lohman, T. M. Biochemistry 1988, 27, 456-471.
25. Record, M. T.; Lohman, T. M.; deHaseth, P. J. Mol. Biol. 1976, 107, 145-158.
26. Anderson, C. F.; Record, M. T. J. Phys. Chem. 1993, 97, 7116-7126.
27. (a) Misra, V. K.; Sharp, K. A.; Friedman, R. A.; Honig, B. J. Mol. Biol. 1994, 238, 245-263.
28. (b) Misra, V. K.; Hecht, J. L.; Sharp, K. A.; Friedman, R. A.; Honig, B. J. Mol. Biol. 1994, 238, 264-280.
29. Sharp, K. A.; Friedman, R. A.; Misra, V.; Hecht, J.; Honig, B. Biopolymers 1995, 36, 245-262.
30. (a) Manning, G. S. J. Chem. Phys. 1969, 51, 924-933.
31. (b) Manning, G. S. Q. Rev. Biophys. 1978, 11, 179-246.
32. (a) Anderson, C. F.; Record, M. T. Biophys. Chem. 1980, 11, 353-360.
33. (b) Anderson, C. F.; Record, M. T. Annu. Rev. Phys. Chem. 1982, 33, 191-222.
34. Baumann, H.; Knapp, S.; Lundbäck, T.; Ladenstein, R.; Härd, T. Nature Struct. Biol. 1994, 1, 808-819.
35. Baumann, H.; Knapp, S.; Karshikoff, A.; Ladenstein, R.; Hard, T. J. Mol. Biol. 1995, 247, 840-846.
36. Cantor, C. R.; Schimmel, P. R. Biophysical Chemistry, Part II; W. H. Freeman: San Francisco, 1980.
37. Wiseman, T.; Williston, S.; Brandts, J. F.; Lin, L.-N. Anal. Biochem. 1989, 179, 131-137.
38. McGhee, J. D.; von Hippel, P. H. J. Mol. Biol. 1974, 86, 469-489.
39. 0.
40. McAfee, J. G.; Edmondson, S. P.; Zegar, I.; Shriver, J. W. Biochemistry 1996, 35, 4034-4045.
41. Mascotti, D. P.; Lohman, T. M. Biochemistry 1992, 31, 8932-8946.
42. Lohman, T. M.; deHaseth, P. L.; Record, M. T. Biochemistry 1980, 19, 3522-3530.
43. Chakraborty, S.; Nandi, R.; Maiti, M. Biochem. Pharmacol. 1990, 39, 1181-1186.
44. Hopkins, H. P.; Wilson, W. D. Biopolymers 1987, 26, 1347-1355.
45. Record, M. T.; deHaseth, P. L.; Lohman, T. M. Biochemistry 1977, 16, 4791-4796.
46. Fried, M. G.; Stickle, D. F. Eur. J. Biochem. 1993, 218, 469-475.
47. Welfle, H.; Misselwitz, R.; Welfle, K.; Groch, N.; Heinemann, U. Eur. J. Biochem. 1992, 204, 1049-1055.
48. See for example: Dill, K. A. Biochemistry 1990, 29, 7133-7155.
49. Choli, T.; Henning, P.; Wittman-Liebold, B.; Reinhardt, R. Biochim. Biophys. Acta 1988, 950, 193-203.
50. Record, M. T.; Mazur, S. J.; Melancon, P.; Roe, J.-H.; Shaner, S. L.; Unger, L. Annu. Rev. Biochem. 1981, 50, 997-1024.
51. Murphy, K. P.; Xie, D.; Garcia, K. C.; Amzel, L. M.; Freire, E. Proteins: Struct., Funct. Genet. 1993, 15, 113-120.
52. Janssen, L. H. M.; Nelen, T. H. A. J. Biol. Chem. 1979, 254, 5300-5303.