Mechanism of the unfolding of transmembrane α-helical segment (1-36)-bacteriorhodopsin studied by molecular dynamics simulations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 103, Issue 33, 1999, Pages 7036-7043

  Korzhnev, Dmitry M ^a   Orekhov, Vladislav Yu ^a   Arseniev, Alexander S ^a   Gratias, Rainer ^b   Kessler, Horst ^b  

^a SHEMYAKIN OVCHINNIKOV INSTITUTE OF BIOORGANIC CHEMISTRY   (Russian Federation)

^b TECHNICAL UNIVERSITY OF MUNICH   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0000011122     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp990262r     Document Type: Article

References (49)

1. Popot, J. L.; Engleman, D. M. Biochemistry 1990, 29, 4031.
2. Popot, J. L.; Gerchman, S. E.; Engelman, D. M. J. Mol. Biol. 1987, 198, 655.
3. Kahn, T. W.; Engleman, D. M. Biochemistry 1992, 31, 6144.
4. Marti, T. J. Biol. Chem. 1998, 273, 9312.
5. Pervushin, K. V.; Arseniev, A. S. Bioorg. Khim. (Russia) 1995, 21, 83.
6. Tobias, D. J.; Brooks, C. L. Biochemistry 1991, 30, 6059.
7. Young, W. S.; Brooks, C. L. J. Mol. Biol. 1996, 259, 560.
8. Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. Biochemistry 1991, 30, 3864.
9. Soman, K. V.; Karimi, A.; Case, D. A. Biopolymers 1991, 31, 1351.
10. Dagget, V.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1992, 233, 1121.
11. De Loof, H.; Nilsson, N.; Rigler, R. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4028.
12. DiCapua, F. M.; Swaminathan, S.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6145.
13. Hirst, J. D.; Brooks, C. L. Biochemistry 1995, 34, 7614.
14. Scholtz, J. M.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1992, 21, 95.
15. van Buuren, A. R.; Berendsen, H. J. C. Biopolymers 1993, 33, 1159.
16. Kovacs, H.; Mark, A. E.; Johanson, J.; van Gunsteren, W. F. J. Mol. Biol. 1995, 247, 808.
17. Shen, L.; Bassolino, D.; Stouch, T. Biophys J. 1997, 73, 3.
18. Woolf, T. B. Biophys. J. 1997, 73, 2376.
19. Belohorcova, K.; Davis, J. H.; Woolf, T. B.; Rouh, B. Biophys. J. 1997, 73, 3039.
20. Tieleman, D. P.; Forrest, L. R.; Sansom, M. S.; Berendsen, H. J. C. Biochemistry 1998, 37, 17554.
21. Tieleman, D. P.; Sansom, M. S.; Berendsen, H. J. C. Biophys. J. 1999, 76, 40.
22. Duneau, J. P.; Grouzy, S.; Garnier, N.; Charpon, Y.; Genest, M. Biophys. Chem. 1999, 76, 35.
23. Duneau, J. P.; Genest, D.; Genest, M. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 13, 753.
24. Deber, C. M.; Li, S. C. Biopolymers 1995, 37, 295.
25. Liu, L. P.; Li, S. C.; Goto, N. K.; Deber, C. M. Biopolymers 1996, 39, 465.
26. Li, S. C.; Deber, C. M. FEBS Lett. 1992, 311, 217.
27. Li, S. C.; Goto, N. K.; Williams, K. A.; Deber, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 6676.
28. Gratias, R.; Kessler, H. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 2027.
29. Pervushin, K. V.; Sobol, A. G.; Musina, L. Yu.; Abdulaeva, G. V.; Arseniev, A. S. Mol. Biol. (Russia) 1992, 26, 920.
30. Orekhov, V. Yu.; Pervushin, K. V.; Korzhnev, D. M.; Arseniev, A. S. J. Biomol. NMR 1995, 6, 113.
31. Orekhov, V. Yu.; Korzhnev, D. M.; Diercks, T.; Kessler, H.; Arseniev, A. S. J. Biomol. NMR, submitted.
32. Dauber-Osguthorpe, P.; Roberts, V. A.; Osguthorpe, D. J.; Wolff, J.; Genest, M.; Hagler, A. T. Proteins 1988, 4, 31.
33. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
34. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swamiathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
35. van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C. Mol. Phys. 1977, 34, 1311.
36. Brune, R. M.; van Gunsteren, W. F.; Bruschweiler, R.; Ernst, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 4764.
37. Schmidt, M. J.; Bruschweiler, R.; Ernst, R.; Dunbrack, R. L.; Joseph, D.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 8747.
38. Bremi, T.; Bruschweiler, R.; Ernst, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 4272.
39. Pervushin, K. V.; Orekhov, V. Yu.; Popov, A. I.; Musina, L. Yu.; Arseniev, A. S. Eur. J. Biochem. 1994, 219, 571.
40. Keefe, L. J.; Sondek, J.; Shortle, D.; Lattman, E. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 3275.
41. Eriksson, A. E.; Baase, W. A.; Zhang, X. J.; Heinz, D. W.; Blaber, M.; Baldwin, E. P.; Matthews, B. W. Science 1992, 255, 178.
42. Yang, A. S.; Honig, B. J. Mol. Biol. 1995, 252, 351.
43. Karasz, F. E.; Gajnos, G. E. J. Phys. Chem. 1973, 77, 1139.
44. Bixon, M.; Lifson, S. Biopolymers 1966, 4, 815.
45. Chakrabartty, A.; Baldwin, R. L. Adv. Protein Chem. 1995, 46, 141.
46. Pervushin, K. V.; Orekhov, V. Yu.; Korzhnev, D. M.; Arseniev, A. S. J. Biomol. NMR 1995, 5, 383.
47. Iyer, L. K.; Vishveshwara, S. Biopolymers 1996, 38, 401.
48. Creamer, T. P.; Rose, G. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 5937.
49. Pela, L.; Nemethy, G.; Sheraga, H. A. Biopolymers 1987, 26, 1273.